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- PDB-1jbf: Hairpin Peptide that Inhibits IgE Activity by Binding to the High... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbf
タイトルHairpin Peptide that Inhibits IgE Activity by Binding to the High Affinity IgE Receptor
要素IGE06
キーワードPROTEIN BINDING / beta-hairpin / type I turn
手法溶液NMR / Hybrid distance geometry, simulated annealing, restrained molecular dynamics.
データ登録者Nakamura, G.R. / Starovasnik, M.A. / Reynolds, M.E. / Lowman, H.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: A novel family of hairpin peptides that inhibit IgE activity by binding to the high-affinity IgE receptor.
著者: Nakamura, G.R. / Starovasnik, M.A. / Reynolds, M.E. / Lowman, H.B.
履歴
登録2001年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGE06


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7761
ポリマ－1,7761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド IGE06


分子量: 1776.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. It was based on naive phage-peptide library sorted for binding IgE receptor
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
1312D TOCSY
1412D COSY-35
1512D ROESY
1622D NOESY
1722D COSY-35
NMR実験の詳細Text: 3JHNHa were obtained by fitting Lorentzian lines to the antiphase doublets of HN-Ha peaks in a 2QF-COSY spectrum processed to high digital resolution in F2. 3JHNHa for Gly8 and Gly11 were ...Text: 3JHNHa were obtained by fitting Lorentzian lines to the antiphase doublets of HN-Ha peaks in a 2QF-COSY spectrum processed to high digital resolution in F2. 3JHNHa for Gly8 and Gly11 were obtained from analysis of the COSY-35 spectrum acquired in H2O. 3JHaHb were extracted from a COSY-35 spectrum acquired in D2O.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM IGE0692% H2O/8% D2O, pH 5.7, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS
22 mM IGE06100% D2O, pH 5.7, 0.1 mM NaN3, 0.1 mM DSS
試料状態イオン強度: no salt / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97Molecular Simulations, Inc.データ解析
UXNMRBruker, Inc.collection
DGII97Havel構造決定
Discover97Molecular Simulations, Inc.精密化
精密化手法: Hybrid distance geometry, simulated annealing, restrained molecular dynamics.
ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated based on a total of 109 distance and 16 dihedral angle restraints. The final ensemble of 20 models has no distance or dihedral angle restraint violations greater ...詳細: Structures were calculated based on a total of 109 distance and 16 dihedral angle restraints. The final ensemble of 20 models has no distance or dihedral angle restraint violations greater than 0.1 angstrom or 2 degrees, respectively.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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