+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hga | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of 4-Se-Uridine Derivatized RNA | ||||||||||||||||||
Components | 5'-R(*Keywords | RNA / 4-Se-U RNA | Function / homology | RNA | Function and homology information Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.3 Å | Authors | Sheng, J. / Soares, A. / Huang, Z. | Citation | Journal: To be Published | Title: Oxygen Replacement with Selenium at the Uridine 4-Position for RNA Structure Study and Visualization Authors: Sheng, J. / Soares, A. / Huang, Z. History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hga.cif.gz | 13.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hga.ent.gz | 8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hga.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hga | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 1931.110 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: the 4-Se-Uridine was chemically synthesized and incorporated into RNA by solid phase synthesis |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: MPD,sodium cacodylate,spermine tetra-HCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X12C / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 23, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SAD / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. obs: 3773 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 31.605 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.5 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3→14.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU B: 2.002 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.068 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.919 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→14.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.3→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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