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- PDB-4mh1: Crystal structure and functional studies of quinoprotein L-sorbos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mh1
タイトルCrystal structure and functional studies of quinoprotein L-sorbose dehydrogenase from Ketogulonicigenium vulgare Y25
要素Sorbose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-keto-L-gulonic acid / Ketogulonicigenium vulgare / L-sorbose dehydrogenase / Beta-Propeller / Hydrolase / Carbohydrate/Sugar Binding / periplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Sorbose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ketogulonicigenium vulgare (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Han, X. / Liu, X.
引用ジャーナル: Biotechnol.Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of L-sorbose dehydrogenase, a pyrroloquinoline quinone-dependent enzyme with homodimeric assembly, from Ketogulonicigenium vulgare
著者: Han, X. / Xiong, X. / Jiang, D. / Chen, S. / Huang, E. / Zhang, W. / Liu, X.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbose dehydrogenase
B: Sorbose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8974
ポリマ－122,5272
非ポリマー3702
水00
1
A: Sorbose dehydrogenase
B: Sorbose dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Sorbose dehydrogenase
B: Sorbose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,7948
ポリマ－245,0544
非ポリマー7414
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_554-y,-x,-z-11
Buried area9220 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area63500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.530, 201.530, 201.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432

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要素

#1: タンパク質 Sorbose dehydrogenase / L-sorbose dehydrogenase


分子量: 61263.410 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-578 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Ketogulonicigenium vulgare (バクテリア)
株: Y25 / 参照: UniProt: E3F069
#2: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.7M ammonium sulfate, 5mM PQQ, 5mM CaCl2, 0.1M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 37049 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.7-2.851100
2.85-3.21100
3.2-4.291100
4.29-7.321100
7.32-501100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YiQ

1yiq


解像度: 2.7→41.137 Å / FOM work R set: 0.8451 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1991 5.14 %random
Rwork0.226 ---
obs0.2263 36754 99.48 %-
all-38745 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 9.07 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 141.59 Å2 / Biso mean: 38.69 Å2 / Biso min: 3.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7685 0 25 0 7710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42110772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5722728
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7003-2.76780.28761390.302325722711100
2.7678-2.84260.29551400.296625812721100
2.8426-2.92630.27211400.277825972737100
2.9263-3.02070.28231400.259525722712100
3.0207-3.12860.25161410.250426022743100
3.1286-3.25380.26631400.225326012741100
3.2538-3.40180.25411410.238926042745100
3.4018-3.58110.23121430.226326222765100
3.5811-3.80530.29671360.27562500263695
3.8053-4.09890.19941390.21062568270798
4.0989-4.51090.16581430.16926532796100
4.5109-5.16260.16641460.167926752821100
5.1626-6.50020.24541470.228927202867100
6.5002-41.14190.21941560.209428873043100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.8943 Å / Origin y: -32.0454 Å / Origin z: -77.2712 Å
111213212223313233
T0.0288 Å2-0.0069 Å2-0.005 Å2-0.0517 Å20.0085 Å2--0.0158 Å2
L0.099 °20.0672 °20.1123 °2-0.2322 °20.0401 °2--0.2759 °2
S-0.0015 Å °0.0514 Å °0.0694 Å °-0.0084 Å °0.0156 Å °0.0152 Å °0.0029 Å °0.0847 Å °0.0339 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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