PDB-2x3f: Crystal Structure of the Methicillin-Resistant Staphylococcus aur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x3f

タイトル

Crystal Structure of the Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Sar2676, a Pantothenate Synthetase.

要素

PANTHOTHENATE SYNTHETASE

キーワード

LIGASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PANTOTHENATE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x3f.cif.gz	234.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x3f.ent.gz	190.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x3f_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x3f_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2x3f_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	2x3f_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C 1v8fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i3l-d 3erp-d 4e2j-d 5j0a-d 1sww-d 5zkb-d 3hfk-d 6l2z-d 2eer-d 2b61-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PANTHOTHENATE SYNTHETASE

B: PANTHOTHENATE SYNTHETASE

ヘテロ分子

64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.194, 86.560, 141.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PANTHOTHENATE SYNTHETASE / PANTOATE--BETA-ALANINE LIGASE / PANTOATE-ACTIVATING ENZYME / PS 分子量: 31584.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6GDK5, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming)
#2: 化合物	ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 10% PEG 8000, 0.1M NA MES PH6.5, 0.2M ZN ACETATE WITH 11.5MGML-1 AMP-CPP. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH OIL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日 / 詳細: TOROIDAL ZERODUR MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→28.59 Å / Num. obs: 39073 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0090	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V8F

1v8f

解像度: 1.95→28.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 8.227 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS THE STRUCTURE IS ONLY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23752	2066	5 %	RANDOM
R_work	0.20023	-	-	-
obs	0.2021	39073	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.115 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4390	0	67	222	4679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.237	1.982	6213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	7444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.715	5	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.878	24.925	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.278	15	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.098	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.514	1.5	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.127	1.5	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.943	2	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.686	3	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.864	4.5	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.002 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	152	-
R_work	0.207	2770	-
obs	-	-	98.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1677	-0.3886	0.0812	2.0472	0.0409	1.9796	-0.0773	-0.0289	0.2283	0.0291	0.0125	-0.0533	-0.1765	0.0496	0.0647	0.0202	-0.0062	-0.0166	0.0058	0.0032	0.0315	40.545	52.306	47.837
2	2.4028	0.6247	0.2464	0.6958	0.4242	1.2209	-0.1063	0.0244	-0.1066	-0.1181	0.0593	-0.2092	0.1018	0.189	0.047	0.0551	0.0131	0.0658	0.0364	0.0132	0.1028	45.723	44.101	48.529
3	0.4789	0.3315	-0.5989	0.4969	0.1022	2.7369	-0.0833	0.0857	-0.0372	-0.1046	0.0317	-0.0409	0.0724	-0.0709	0.0516	0.0287	-0.0075	0.0059	0.0295	0.0042	0.0167	35.142	41.569	39.945
4	7.1047	-3.5322	-6.7521	1.8365	3.972	11.1822	0.2579	0.1686	-0.0249	-0.1113	-0.0583	-0.0225	-0.1418	-0.0078	-0.1997	0.1273	-0.0409	-0.0127	0.1401	0.0077	0.1384	39.56	45.117	36.469
5	3.1096	0.6365	-0.0869	1.8918	0.4069	2.8376	0.0098	0.2016	-0.1697	-0.212	-0.0441	0.0454	0.1009	-0.0811	0.0344	0.0968	-0.0146	-0.0019	0.0285	-0.0098	0.047	32.844	33.265	23.912
6	1.9708	0.5016	-0.0439	2.2054	0.0719	1.5235	-0.0303	-0.0187	0.2511	0.0692	0.0609	0.0242	-0.1865	-0.1131	-0.0307	0.0303	0.0219	-0.0031	0.0178	-0.0023	0.0426	17.159	50.319	66.586
7	2.7966	-1.4309	-0.9188	2.104	0.1717	0.8889	-0.161	0.0812	-0.1305	0.2062	0.0974	0.2686	0.2257	-0.2715	0.0636	0.1172	-0.056	0.0308	0.1282	-0.0215	0.0678	12.412	43.008	63.932
8	0.544	-0.2365	-0.8263	0.451	-0.5191	3.6823	-0.0712	-0.031	-0.1131	0.0533	0.0244	0.1071	0.1154	-0.0745	0.0469	0.0463	-0.0159	0.0043	0.0474	-0.0107	0.0612	22.783	37.982	72.243
9	8.7389	0.4897	-5.2639	3.4649	0.8726	3.5683	-0.1015	-0.1407	0.0132	0.1551	0.0954	0.0668	0.1155	0.124	0.0062	0.0897	0.0151	-0.007	0.0862	-0.004	0.0779	18.098	40.626	76.095
10	2.4344	-0.674	-1.1857	3.2675	0.3647	2.6112	-0.0064	-0.0544	-0.1549	-0.0019	-0.0926	0.106	0.1186	0.0685	0.0991	0.0605	0.0061	-0.0214	0.0202	-0.0101	0.0391	26.082	26.438	85.64

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	112 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1283
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	197 - 282
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	67 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	112 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1283
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	197 - 282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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