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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x3f | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Sar2676, a Pantothenate Synthetase. | ||||||
![]() | PANTHOTHENATE SYNTHETASE | ||||||
![]() | LIGASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PANTOTHENATE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs. 著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Purification, Crystallization and Data Collection of Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus Sar2676, a Pantothenate Synthetase. 著者: Seetharamappa, J. / Oke, M. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Johnson, K.A. / Carter, L. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Overton, I.M. / Van Niekirk, C.A.J. / Graham, S. / Botting, C.H. / Taylor, G. ...著者: Seetharamappa, J. / Oke, M. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Johnson, K.A. / Carter, L. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Overton, I.M. / Van Niekirk, C.A.J. / Graham, S. / Botting, C.H. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Barton, G.J. / Coote, P.J. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 234.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ivyC ![]() 2jg5C ![]() 2jg6C ![]() 2vw8C ![]() 2vxzC ![]() 2wj9C ![]() 2x0oC ![]() 2x3dC ![]() 2x3eC ![]() 2x3gC ![]() 2x3lC ![]() 2x3mC ![]() 2x3nC ![]() 2x3oC ![]() 2x48C ![]() 2x4gC ![]() 2x4hC ![]() 2x4iC ![]() 2x4jC ![]() 2x4kC ![]() 2x4lC ![]() 2x5cC ![]() 2x5dC ![]() 2x5fC ![]() 2x5gC ![]() 2x5hC ![]() 2x5pC ![]() 2x5qC ![]() 2x5rC ![]() 2x5tC ![]() 2x7bC ![]() 2x7iC ![]() 2xu2C ![]() 1v8fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31584.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MRSA252 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6GDK5, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 10% PEG 8000, 0.1M NA MES PH6.5, 0.2M ZN ACETATE WITH 11.5MGML-1 AMP-CPP. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH OIL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日 / 詳細: TOROIDAL ZERODUR MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→28.59 Å / Num. obs: 39073 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1V8F 解像度: 1.95→28.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.227 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS THE STRUCTURE IS ONLY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS THE STRUCTURE IS ONLY ORDERED FROM RESIDUE 2 TO 282
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.115 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.59 Å
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拘束条件 |
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