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- PDB-2wbj: TCR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbj
タイトルTCR complex
要素
  • (HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, ...) x 2
  • (OB TCR) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / TRANSMEMBRANE / IMMUNE RESPONSE / T CELL RECEPTOR / MHC II / MEMBRANE / RECEPTOR / MOLECULAR MIMICRY / MULTIPLE SCLEROSIS / AUTOIMMUNITY / GLYCOPROTEIN / MHC CLASS II
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / epidermis development / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Harkiolaki, M. / Holmes, S.L. / Svendsen, P. / Gregersen, J.W. / Jensen, L.T. / McMahon, R. / Friese, M.A. / van Boxel, G. / Etzensperger, R. / Tzartos, J.S. ...Harkiolaki, M. / Holmes, S.L. / Svendsen, P. / Gregersen, J.W. / Jensen, L.T. / McMahon, R. / Friese, M.A. / van Boxel, G. / Etzensperger, R. / Tzartos, J.S. / Kranc, K. / Sainsbury, S. / Harlos, K. / Mellins, E.D. / Palace, J. / Esiri, M.M. / van der Merwe, P.A. / Jones, E.Y. / Fugger, L.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2009
タイトル: T Cell-Mediated Autoimmune Disease due to Low-Affinity Crossreactivity to Common Microbial Peptides.
著者: Harkiolaki, M. / Holmes, S.L. / Svendsen, P. / Gregersen, J.W. / Jensen, L.T. / Mcmahon, R. / Friese, M.A. / Van Boxel, G. / Etzensperger, R. / Tzartos, J.S. / Kranc, K. / Sainsbury, S. / ...著者: Harkiolaki, M. / Holmes, S.L. / Svendsen, P. / Gregersen, J.W. / Jensen, L.T. / Mcmahon, R. / Friese, M.A. / Van Boxel, G. / Etzensperger, R. / Tzartos, J.S. / Kranc, K. / Sainsbury, S. / Harlos, K. / Mellins, E.D. / Palace, J. / Esiri, M.M. / Van Der Merwe, P.A. / Jones, E.Y. / Fugger, L.
履歴
登録2009年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年8月22日Group: Database references / Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
B: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DRB1-15 BETA CHAIN
C: OB TCR
D: OB TCR
E: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
F: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DRB1-15 BETA CHAIN
G: OB TCR
H: OB TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,97016
ポリマ－201,8868
非ポリマー2,0848
水00
1
A: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
B: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DRB1-15 BETA CHAIN
C: OB TCR
D: OB TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5788
ポリマ－100,9434
非ポリマー6354
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14130 Å2
ΔGint-90.9 kcal/mol
Surface area38360 Å2
手法PISA
2
E: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
F: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DRB1-15 BETA CHAIN
G: OB TCR
H: OB TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3938
ポリマ－100,9434
非ポリマー1,4494
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14410 Å2
ΔGint-48.1 kcal/mol
Surface area38930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.706, 130.271, 180.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A5 - 180
2112E5 - 180
1122B3 - 104
2122F3 - 104
1222B114 - 164
2222F114 - 164
1322B172 - 188
2322F172 - 188
1132C10 - 36
2132G10 - 36
1232C59 - 124
2232G59 - 124
1332C134 - 199
2332G134 - 199
1142D1 - 12
2142H1 - 12
1242D24 - 72
2242H24 - 72
1342D88 - 268
2342H88 - 268

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN / MHC CLASS II ANTIGEN DRA


分子量: 22436.246 Da / 分子数: 2 / 断片: MHC CLASS II, RESIDUES 26-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 CELLS
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DRB1-15 BETA CHAIN / MHC CLASS I ANTIGEN DRB1*15 / DW2.2/DR2.2 / HLA-DR2


分子量: 23205.834 Da / 分子数: 2 / 断片: MHC CLASS II, RESIDUES 29-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 CELLS
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01911

-
抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 7分子 CGDH

#3: 抗体 OB TCR


分子量: 24474.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E. COLI ENGA PEPTIDE COVALENTLY BOUND / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: PATIENT DERIVED SEQUENCE / プラスミド: PET22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 OB TCR


分子量: 30826.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E. COLI ENGA PEPTIDE COVALENTLY BOUND / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: PATIENT DERIVED SEQUENCE / プラスミド: PET22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
糖 , 2種, 5分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.3
詳細: 0.2 M LISO4, 0.8 M K2HPO4, 1.2 M NAH2PO4, 0.1 M CAPS PH 10.5, 8 % 1,1,1,3,3, 3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. obs: 45361 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YMM

1ymm


解像度: 3→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 45.999 / SU ML: 0.408 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28778 2659 5.1 %RANDOM
Rwork0.24697 ---
obs0.24909 49485 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2---3.29 Å20 Å2
3---4.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→105.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13103 0 132 0 13235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02213601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg11.94218491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.40751624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.2923.89671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.277152176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8791590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.22023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.25079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.28961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.01938338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.672413282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94445940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.08865209
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A704tight positional0.020.05
12E704tight positional0.020.05
21B680tight positional0.020.05
22F680tight positional0.020.05
31C636tight positional0.030.05
32G636tight positional0.030.05
41D964tight positional0.030.05
42H964tight positional0.030.05
11A744medium positional0.350.5
12E744medium positional0.350.5
21B719medium positional0.270.5
22F719medium positional0.270.5
31C600medium positional0.40.5
32G600medium positional0.40.5
41D959medium positional0.40.5
42H959medium positional0.40.5
11A704tight thermal0.030.5
12E704tight thermal0.030.5
21B680tight thermal0.030.5
22F680tight thermal0.030.5
31C636tight thermal0.030.5
32G636tight thermal0.030.5
41D964tight thermal0.030.5
42H964tight thermal0.030.5
11A744medium thermal0.352
12E744medium thermal0.352
21B719medium thermal0.342
22F719medium thermal0.342
31C600medium thermal0.322
32G600medium thermal0.322
41D959medium thermal0.332
42H959medium thermal0.332
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 184 -
Rwork0.329 3493 -
obs--96.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30250.1372-0.0412.84430.2262.78790.0704-0.01250.04430.1216-0.12380.1453-0.0994-0.0450.0533-0.2696-0.0101-0.0602-0.18060.0954-0.220328.372434.287289.6618
212.07982.02352.8052.90410.37263.51380.2911-0.6145-0.03160.4739-0.2486-0.27460.0128-0.0839-0.04250.0473-0.0643-0.0703-0.11450.1322-0.21942.062931.0141113.7133
33.89920.4208-0.35939.4955-6.579810.4636-0.0872-0.2905-0.83340.2263-0.7559-0.54390.65130.7580.8431-0.2917-0.0925-0.0492-0.04740.21260.126857.475314.8849103.3966
44.8342-3.24834.53624.4668-3.810910.56430.1140.39790.1226-0.7467-0.0735-0.14940.14330.3081-0.0406-0.1422-0.0312-0.05-0.1530.0542-0.105128.626745.533759.796
52.86481.0028-0.844310.745-4.27264.3933-0.0819-0.00030.06250.2066-0.1066-0.424-0.29220.03590.1886-0.28590.0365-0.0881-0.11370.0723-0.169735.995962.213873.2093
67.67894.00581.341514.38382.01286.427-0.2690.2660.4115-0.76620.3148-0.08-0.74320.498-0.0458-0.03360.0389-0.024-0.01980.0364-0.295219.655370.55436.4614
77.83133.2145.01463.74732.66267.1432-0.04580.06360.1628-0.2317-0.17540.1622-0.3252-0.12670.2212-0.0420.11150.0437-0.29790.0243-0.191418.131877.612951.7834
83.0056-0.39990.16621.85150.0172.46260.129-0.1084-0.18060.0886-0.18940.0387-0.24060.01640.0604-0.12820.01930.0281-0.17020.0003-0.269123.14460.663711.6742
94.6951-3.7135-1.32678.44843.51385.22440.38130.6095-0.2442-0.8857-0.4973-0.1084-0.0195-0.28870.116-0.02280.01280.0838-0.09730.0388-0.234834.4267-14.8606-22.4295
104.00930.3061-3.33463.2376-1.75318.4529-0.072-0.1311-0.3336-0.2073-0.0697-0.1903-0.16690.50610.1417-0.24170.0273-0.0033-0.282-0.0219-0.081546.4561-4.8186-2.1938
113.0041-2.94620.472911.15250.74971.67750.12690.15980.3035-0.40820.0256-0.4988-0.24070.1774-0.1526-0.10320.00120.0966-0.1013-0.0821-0.189714.174832.857410.9634
125.80771.9437-3.54524.5873-1.9996.00730.2325-0.582-0.06320.5019-0.29320.07750.0494-0.01440.06070.0518-0.0228-0.0477-0.1765-0.0885-0.3005-3.076248.662332.2875
139.4122-2.4705-5.94291.82351.5124.21180.1470.05440.2085-0.2232-0.14790.3907-0.3024-0.16390.0009-0.08950.0247-0.022-0.1362-0.0159-0.1254-3.352518.962414.201
1411.16722.3451.009510.0759-1.15954.03860.02090.01810.58140.6706-0.07571.4877-0.1213-0.1880.0548-0.04760.05740.15580.05060.002-0.0259-20.402545.729629.6471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 79
2X-RAY DIFFRACTION1B8 - 92
3X-RAY DIFFRACTION2A84 - 180
4X-RAY DIFFRACTION3B94 - 108
5X-RAY DIFFRACTION3B111 - 165
6X-RAY DIFFRACTION3B171 - 188
7X-RAY DIFFRACTION4C8 - 111
8X-RAY DIFFRACTION5D25 - 140
9X-RAY DIFFRACTION6C114 - 200
10X-RAY DIFFRACTION7D146 - 269
11X-RAY DIFFRACTION8E4 - 80
12X-RAY DIFFRACTION8F5 - 92
13X-RAY DIFFRACTION9F95 - 190
14X-RAY DIFFRACTION10E85 - 180
15X-RAY DIFFRACTION11H23 - 139
16X-RAY DIFFRACTION12H146 - 268
17X-RAY DIFFRACTION13G10 - 111
18X-RAY DIFFRACTION14G113 - 125
19X-RAY DIFFRACTION14G129 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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