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- PDB-6mng: 4738 TCR bound to IAb Padi4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mng
タイトル4738 TCR bound to IAb Padi4
要素
  • 4738 TCR alpha chain
  • 4738 TCR beta chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • Padi4 (92-105) peptide and MHCII I-Ab beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / Major Histocompatibility Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / Chromatin modifying enzymes / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / Chromatin modifying enzymes / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / stem cell population maintenance / antigen processing and presentation / response to type II interferon / toxic substance binding / multivesicular body / post-translational protein modification / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / cellular response to type II interferon / nucleosome assembly / chromatin organization / adaptive immune response / early endosome / lysosome / immune response / chromatin remodeling / external side of plasma membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 ...Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Cupredoxin / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain / Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.662 Å
データ登録者Blevins, S.J. / Stadinski, B.D. / Huseby, E.S.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2019
タイトル: A temporal thymic selection switch and ligand binding kinetics constrain neonatal Foxp3+Tregcell development.
著者: Stadinski, B.D. / Blevins, S.J. / Spidale, N.A. / Duke, B.R. / Huseby, P.G. / Stern, L.J. / Huseby, E.S.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: Padi4 (92-105) peptide and MHCII I-Ab beta chain
A: 4738 TCR alpha chain
B: 4738 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2364
ポリマ－95,2364
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area34600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)250.917, 69.163, 64.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-202-

HOH

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要素

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 20242.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14434
#2: タンパク質 Padi4 (92-105) peptide and MHCII I-Ab beta chain / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV


分子量: 25027.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Padi4, Pad4, Pdi4, H2-Ab1, H2-iabeta
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Z183, UniProt: P14483, protein-arginine deiminase
#3: タンパク質 4738 TCR alpha chain


分子量: 23208.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 4738 TCR beta chain


分子量: 26756.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 12% PEG 4000, 100mM NaCacodylate, 100 mM NaCitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→29.66 Å / Num. obs: 31505 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 56.95 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 218095
反射 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Num. unique obs: 2074 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.306 / Rrim(I) all: 0.821 / % possible all: 90.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P23

4p23


解像度: 2.662→29.66 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 1991 6.32 %
Rwork0.2296 --
obs0.2321 31481 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.6 Å2 / Biso mean: 50.2462 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.662→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6076 0 0 13 6089
Biso mean---39.94 -
残基数----805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7088558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.492106
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6622-2.72870.35971290.31841911204092
2.7287-2.80240.37111460.3062105225199
2.8024-2.88480.38551350.299220982233100
2.8848-2.97780.34141330.295921142247100
2.9778-3.08420.39931470.292520802227100
3.0842-3.20750.33851440.279621282272100
3.2075-3.35330.31541460.253520902236100
3.3533-3.52980.31411430.24721192262100
3.5298-3.75060.28811420.23621212263100
3.7506-4.03950.24431460.227121162262100
4.0395-4.44480.22351450.196521112256100
4.4448-5.08520.18531440.174621462290100
5.0852-6.39620.23061440.213521502294100
6.3962-29.66450.26231470.211722012348100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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