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万見
- PDB-2w3m: HUMAN DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH AND FOLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w3m
タイトルHUMAN DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH AND FOLATE
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NONCLASSICAL ANTIFOLATES / ONE-CARBON METABOLISM / LIPOPHILIC ANTIFOLATES / NADP / REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / one-carbon metabolic process / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Leung, A.K.W. / Reynolds, R.C. / Borhani, D.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for Selective Inhibition of Mycobacterium Avium Dihydrofolate Reductase by a Lipophilic Antifolate
著者: Leung, A.K.W. / Ross, L.J. / Zywno-Van Ginkel, S. / Reynolds, R.C. / Seitz, L.E. / Pathak, V. / Barrow, W.W. / White, E.L. / Suling, W.J. / Piper, J.R. / Borhani, D.W.
履歴
登録2008年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
B: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3356
ポリマ－42,9612
非ポリマー2,3744
水8,899494
1
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6683
ポリマ－21,4811
非ポリマー1,1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6683
ポリマ－21,4811
非ポリマー1,1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.552, 94.269, 96.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2249-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.066385, 0.997007, -0.039625), (-0.995989, -0.0686, -0.057445), (-0.059991, 0.035653, 0.997562)
ベクター: -2.26216, 47.58594, 23.24623)

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE


分子量: 21480.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PDFR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (NDP): THE NADPH MAY BE A MIXTURE WITH ...NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (NDP): THE NADPH MAY BE A MIXTURE WITH THE OXIDIZED CO-FACTOR, NADP(+). SEE NOTE ON FOLATE. FOLIC ACID (FOL): THE OXIDATION STATE OF THE FOLATE LIGAND IS UNCLEAR FROM THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY MAPS. GIVEN THAT THE CRYSTAL WAS PREPARED WITH NADPH PRESENT, THE LIGAND MAY BE A MIXTURE OF FOLATE, 7,8-DIHYDROFOLATE, AND 5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE. IN ADDITION, THE OCCUPANCY ASSIGNED TO FOLATE, 0.8, WAS CHOSEN SO THAT THE AVERAGE TEMPERATURE FACTOR FOR THE PTERIDINE RING WAS SIMILAR TO SURROUNDING RESIDUES IN THE ACTIVE SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75
詳細: HUMAN DHFR/FOLATE COMPLEX WAS MIXED WITH NADPH (2 MM FINAL). CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 277 K BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN/NADPH/FOLATE WITH RESERVOIR (24% ...詳細: HUMAN DHFR/FOLATE COMPLEX WAS MIXED WITH NADPH (2 MM FINAL). CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 277 K BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN/NADPH/FOLATE WITH RESERVOIR (24% PEG 4000, 200 MM LI2SO4, 100 MM TRIS.HCL, PH 8.75). TRUNCATED TRIANGULAR CRYSTALS APPEARED SLOWLY, IN ABOUT A MONTH. THE CRYSTAL WAS CRYOPROTECTED WITH 15% GLYCEROL AND FLASH-COOLED IN LIQUID N2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM-1 / 検出器: CCD / 日付: 1996年6月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→10.7 Å / Num. obs: 52618 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Agrovataデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DRF

1drf


解像度: 1.6→10.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.7 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE OXIDATION STATE OF THE FOLATE LIGAND IS UNCLEAR FROM THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY MAPS. GIVEN THAT THE CRYSTAL WAS PREPARED WITH ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE OXIDATION STATE OF THE FOLATE LIGAND IS UNCLEAR FROM THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY MAPS. GIVEN THAT THE CRYSTAL WAS PREPARED WITH NADPH PRESENT, THE LIGAND MAY BE A MIXTURE OF FOLATE, 7,8-DIHYDROFOLATE, AND 5,6,7,8- TETRAHYDROFOLATE. IN ADDITION, THE OCCUPANCY ASSIGNED TO FOLATE, 0.8, WAS CHOSEN SO THAT THE AVERAGE TEMPERATURE FACTOR FOR THE PTERIDINE RING WAS SIMILAR TO SURROUNDING RESIDUES IN THE ACTIVE SITE. ACCORDINGLY, THE NADPH MAY BE A MIXTURE WITH THE OXIDIZED CO-FACTOR, NADP(+).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2660 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 49931 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2946 0 160 494 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5832.0324650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.23335744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9175414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50524.964139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.56515595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8451514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.22186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21620
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3431.52633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59223283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4731693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1484.51367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.249 173
Rwork0.177 3311
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46470.1952-0.03381.39310.21981.20290.0338-0.1334-0.04220.2164-0.0654-0.04710.1041-0.05420.0317-0.0361-0.0455-0.0185-0.03630.001-0.04240.7123.719-1.371
21.5321-0.2719-0.75581.3630.4472.0168-0.153-0.26120.04090.14460.0512-0.01930.17990.11680.1018-0.0270.06460.0125-0.02660.0001-0.069621.47445.21922.827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1188
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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