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- PDB-1hfq: COMPARISON OF TERNARY CRYSTAL COMPLEXES OF HUMAN DIHYDROFOLATE RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hfq
タイトルCOMPARISON OF TERNARY CRYSTAL COMPLEXES OF HUMAN DIHYDROFOLATE REDUCTASE WITH NADPH AND A CLASSICAL ANTITUMOR FUROPYRIMDINE
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ONE-CARBON METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / one-carbon metabolic process / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MOT / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Blakley, R.L. / Gangjee, A.
引用
ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1998
タイトル: Comparison of ternary crystal complexes of F31 variants of human dihydrofolate reductase with NADPH and a classical antitumor furopyrimidine.
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Blakley, R.L. / Gangjee, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Comparison of Ternary Complexes of Pneumocystis Carinii and Wild-Type Human Dihydrofolate Reductase with a Novel Classical Antitumor Furo[2,3-D]Pyrimidine Antifolate
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Gangjee, A. / Devraj, R. / Queener, S.F. / Blakley, R.L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Methotrexate-Resistant Variants of Human Dihydrofolate Reductase with Substitutions of Leucine 22. Kinetics, Crystallography, and Potential as Selectable Markers
著者: Lewis, W.S. / Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Chunduru, S.K. / Spencer, H.T. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Methotrexate-Resistant Variants of Human Dihydrofolate Reductase. Effects of Phe31 Substitutions
著者: Chunduru, S.K. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L.
#4: ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure Determination at 2.3 A of Recombinant Human Dihydrofolate Reductase Ternary Complex with Nadph and Methotrexate-Gamma-Tetrazole
著者: Cody, V. / Luft, J.R. / Ciszak, E. / Kalman, T.I. / Freisheim, J.H.
履歴
登録1997年11月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年12月11日Group: Non-polymer description
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4773
ポリマ－21,2891
非ポリマー1,1882
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.120, 87.120, 77.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE / DHFR


分子量: 21289.430 Da / 分子数: 1 / 変異: F31S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NADPH AND FURO[2,3D]FUROPYRIMIDINE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POTENTIAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM107, F31S MUTANT / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MOT / N-[4-[(2,4-DIAMINOFURO[2,3D]PYRIMIDIN-5-YL)METHYL]METHYLAMINO]-BENZOYL]-L-GLUTAMATE / MTXO


分子量: 442.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月10日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→8 Å / Num. obs: 13350 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROFFT精密化
R-AXISIIデータ削減
精密化Rfactor Rwork: 0.175 / 最高解像度: 2.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1497 0 80 51 1628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0250.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0580.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0620.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5391.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0031.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6091
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.3991.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2180.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1970.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2770.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2240.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.63
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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