[日本語] English
万見
- PDB-3bcn: Crystal structure of a papain-like cysteine protease Ervatamin-A ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bcn
タイトルCrystal structure of a papain-like cysteine protease Ervatamin-A complexed with irreversible inhibitor E-64
要素Ervatamin-A
キーワードHYDROLASE / protease-inhibitor complex / papain-like fold / plant cysteine protease / Ervatamin / Thiol protease
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. ...Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-E64 / Ervatamin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Tabernaemontana divaricata (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Ghosh, R. / Chakrabarti, C. / Dattagupta, J.K. / Biswas, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into the substrate specificity and activity of ervatamins, the papain-like cysteine proteases from a tropical plant, Ervatamia coronaria
著者: Ghosh, R. / Chakraborty, S. / Chakrabarti, C. / Dattagupta, J.K. / Biswas, S.
履歴
登録2007年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2007年11月27日ID: 2PSC
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ervatamin-A
B: Ervatamin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5055
ポリマ－45,7062
非ポリマー7993
水72140
1
A: Ervatamin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2923
ポリマ－22,8531
非ポリマー4392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ervatamin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2142
ポリマ－22,8531
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.168, 105.587, 73.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ervatamin-A / papain-like cysteine protease


分子量: 22853.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tabernaemontana divaricata (植物)
参照: UniProt: A5YVK8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS PROTEIN IS ISOLATED FROM THE NATIVE SOURCE. THE RESIDUE 12 TO 195 IS FROM CDNA SEQUENCE. CDNA ...THIS PROTEIN IS ISOLATED FROM THE NATIVE SOURCE. THE RESIDUE 12 TO 195 IS FROM CDNA SEQUENCE. CDNA SEQUENCE IS EF591130. 144TH RESIDUE IS GLY FROM THE ELECTRON DENSITY MAP.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Lithium acetate dihydrate, 20%(w/v) PEG 3350, 12% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月10日 / 詳細: Mar multilayer confocal system
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 14392 / Num. obs: 13929 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 1.97 % / Biso Wilson estimate: 42.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0743 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.1463 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 914 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PNS

2pns


解像度: 2.85→30 Å / Data cutoff high absF: 1788723.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 460 4.2 %CNS SCRIPT MAKE_CV_TWIN.INP, ENSURES THAT TWIN-RELATED PAIRS OF REFLECTIONS ARE EITHER BOTH IN TEST OR BOTH IN WORK SET
Rwork0.2398 ---
obs0.2398 8207 75 %-
all-10943 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.0984 Å2 / ksol: 0.356501 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3208 0 54 40 3302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.98 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 66 -
Rwork0.341 1046 -
obs-1046 84.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3e64.parame64.top
X-RAY DIFFRACTION4bme.parambme.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る