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- PDB-2vxu: Crystal structure of murine reference antibody 125-2H Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxu
タイトルCrystal structure of murine reference antibody 125-2H Fab fragment
要素(MURINE IGG 125-2H) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB / IL-18 / AUTOIMMUNITY / TH1/TH2 CELLS
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Xiang, T. / Wu, C. / Ghayur, T. / Borhani, D.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Unusual Water-Mediated Antigenic Recognition of the Proinflammatory Cytokine Interleukin-18.
著者: Argiriadi, M.A. / Xiang, T. / Wu, C. / Ghayur, T. / Borhani, D.W.
履歴
登録2008年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MURINE IGG 125-2H
I: MURINE IGG 125-2H
L: MURINE IGG 125-2H
M: MURINE IGG 125-2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7724
ポリマ－93,7724
非ポリマー00
水8,791488
1
H: MURINE IGG 125-2H
L: MURINE IGG 125-2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8862
ポリマ－46,8862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-26.1 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PQS
2
I: MURINE IGG 125-2H
M: MURINE IGG 125-2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8862
ポリマ－46,8862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-26.4 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.061, 92.490, 137.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.998317, -0.052668, 0.024272), (-0.051372, -0.997364, -0.051239), (0.026907, 0.049906, -0.998391)40.25486, -0.73686, -53.20919
2given(0.997173, -0.066201, 0.035532), (-0.064449, -0.996747, -0.048396), (0.03862, 0.045969, -0.998196)40.40932, -0.29462, -53.47594

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要素

#1: 抗体 MURINE IGG 125-2H


分子量: 23260.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 MURINE IGG 125-2H


分子量: 23625.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 7.5
詳細: FAB (13 MG/ML, 2 MICROLITERS [UL]) WAS MIXED WITH 2 UL OF RESERVOIR (10% POLYETHYLENEGLYCOL (PEG) 6000, 100 MM HEPES, PH 7.5, 5% 2, 4-METHYLPENTANEDIOL) AND SUSPENDED OVER THE RESERVOIR AT ...詳細: FAB (13 MG/ML, 2 MICROLITERS [UL]) WAS MIXED WITH 2 UL OF RESERVOIR (10% POLYETHYLENEGLYCOL (PEG) 6000, 100 MM HEPES, PH 7.5, 5% 2, 4-METHYLPENTANEDIOL) AND SUSPENDED OVER THE RESERVOIR AT 277 K. ROD-LIKE CRYSTALS APPEARED WITHIN ONE DAY.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月20日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→17.5 Å / Num. obs: 41229 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 25.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FNS

1fns


解像度: 2.36→17.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 13.513 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MOLECULE A (CHAINS H AND L) AND A CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY MATE OF MOLECULE B (CHAINS I AND M) ARE RELATED BY TRANSLATIONAL PSEUDO-SYMMETRY. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MOLECULE A (CHAINS H AND L) AND A CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY MATE OF MOLECULE B (CHAINS I AND M) ARE RELATED BY TRANSLATIONAL PSEUDO-SYMMETRY. MOLECULE A IS TRANSFORMED ONTO MOLECULE B_SYM BY ROTATION OF 4.4 DEGREES ABOUT AN AXIS WITH DIRECTION COSINES (-0.6574, 0.3326, 0. 6762) FOLLOWED BY TRANSLATION OF (0.7249, 46.9819, 53.2092) ANGSTROM UNITS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2091 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 39136 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→17.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6588 0 0 488 7076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.959411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4915882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93124.4275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.303151102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0831526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.24581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5511.54483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90627110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41632795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1894.52285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.42 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.251 120
Rwork0.201 2161
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6886-1.39981.36585.7158-3.77555.9209-0.06840.0984-0.0423-1.0551-0.1304-0.32671.01280.13170.19880.14380.0260.1182-0.22880.0134-0.261528.87-10.496-47.686
20.7524-0.4661-0.86532.80260.79414.37050.0553-0.0232-0.04340.1696-0.12140.0832-0.0256-0.24940.066-0.09160.0009-0.0261-0.11540.0008-0.227119.36-12.243-12.21
32.36071.2975-1.56683.9212-2.6575.29770.1343-0.1923-0.03260.6482-0.4167-0.2373-0.83180.60820.28250.1326-0.1564-0.1055-0.07510.0399-0.214568.50310.665-5.478
41.09330.12040.53392.23730.75313.9552-0.0771-0.0095-0.0305-0.01760.0655-0.0144-0.1834-0.10170.01160.02650.01110.0272-0.10970.0312-0.202259.81311.127-40.886
52.4148-1.073-0.07725.5651-1.954.94-0.2467-0.10640.19540.40380.2834-0.1454-0.7853-0.3981-0.03670.06620.0709-0.0312-0.1935-0.0049-0.261823.02212.415-41.61
62.3351-2.10241.25913.7044-1.93334.97010.03040.02170.04940.2391-0.0501-0.1487-0.52280.2580.0196-0.0173-0.0559-0.0286-0.1272-0.0115-0.247329.1-0.008-7.348
71.18780.67550.50322.8679-0.18163.2528-0.1067-0.0528-0.0926-0.0288-0.0461-0.12580.2432-0.06230.15280.038-0.00370.0386-0.0980.0417-0.175360.987-12.111-10.593
83.17522.1523-2.99853.4179-2.17376.1679-0.1242-0.1186-0.1757-0.12940.0274-0.27840.40890.44610.0968-0.00240.06490.0351-0.1143-0.0033-0.181369.276-1.786-44.926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2H114 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3I1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4I114 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5L1 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6L108 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7M1 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8M108 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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