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- PDB-2uyc: HhaI DNA methyltransferase R163N mutant complex with 13mer GCGC-G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uyc
タイトルHhaI DNA methyltransferase R163N mutant complex with 13mer GCGC-GMGC oligonucleotide and SAH
要素
  • 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP *CP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*GP*AP*TP*GP*5CMP*GP*CP*TP *GP*AP*C)-3'
  • MODIFICATION METHYLASE HHAI
キーワードTRANSFERASE / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / BASE FLIPPING / METHYLTRANSFERASE / RESTRICTION SYSTEM / DNA METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase ...: / DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / Type II methyltransferase M.HhaI
類似検索 - 構成要素
生物種HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Daujotyte, D. / Grazulis, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: HhaI DNA Methyltransferase R163N Mutant Complex with 13mer Gcgc-Gmgc Oligonucleotide and Sah
著者: Daujotyte, D. / Grazulis, S.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MODIFICATION METHYLASE HHAI
C: 5'-D(*TP*GP*GP*AP*TP*GP*5CMP*GP*CP*TP *GP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP *CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,06515
ポリマ－44,6443
非ポリマー1,42112
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-74.3 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.990, 94.990, 312.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2116-

HOH

詳細REMARK: BASED ON PREVIOUS STRUCTURES OF HHAI METHYLTRANSFERASEAND BIOCHEMICAL EXPERIMENTS, THE TERNARY COMPLEX HHAIMETHYLTRANSFERASE-DNA-SAH IS MONOMERIC

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MODIFICATION METHYLASE HHAI / CYTOSINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE HHAI / MHHAI / HHAI DNA METHYLTRANSFERASE


分子量: 36999.117 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS (バクテリア)
プラスミド: PHH5.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267
参照: UniProt: P05102, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*GP*AP*TP*GP*5CMP*GP*CP*TP *GP*AP*C)-3'


分子量: 4021.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP *CP*C)-3'


分子量: 3623.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 246分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 163 TO ASN
配列の詳細MUTATION R163N

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 5% GLUCOSE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8063
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8063 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.15 Å / Num. obs: 36938 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MHT

3mht


解像度: 2→36.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 32293104.37 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED OTHER REFINEMENT REMARKS BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 3722 10.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 36937 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.5062 Å2 / ksol: 0.397357 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.92 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2603 511 86 234 3434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.572.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 555 9.5 %
Rwork0.235 5299 -
obs--95.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION42AP.PAR2AP.TOP
X-RAY DIFFRACTION55MC.PAR5MC.TOP
X-RAY DIFFRACTION6SAH.PARSAH.TOP
X-RAY DIFFRACTION7SO4.PARSO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION8GOL.PARGOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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