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万見
- PDB-2z6a: S-Adenosyl-L-methionine-Dependent Methyl Transfer: Observable Pre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z6a
タイトルS-Adenosyl-L-methionine-Dependent Methyl Transfer: Observable Precatalytic Intermediates during DNA Cytosine Methylation
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
  • Modification methylase HhaI
キーワードTRANSFERASE/DNA / Protein-DNA complex / Methyltransferase / Restriction system / S-adenosyl-L-methionine / Transferase / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase ...: / DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / Type II methyltransferase M.HhaI
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / Simulation annealing / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Shieh, F.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: S-Adenosyl-l-methionine-Dependent Methyl Transfer: Observable Precatalytic Intermediates during DNA Cytosine Methylation
著者: Youngblood, B. / Shieh, F.K. / Buller, F. / Bullock, T. / Reich, N.O.
履歴
登録2007年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / reflns_shell
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
A: Modification methylase HhaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0244
ポリマ－44,6393
非ポリマー3841
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.490, 98.490, 323.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 3966.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Modification methylase HhaI / HHAI METHYLTRANSFERASE / Cytosine-specific methyltransferase HhaI / M.HhaI


分子量: 37010.145 Da / 分子数: 1 / Mutation: C81A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
遺伝子: hhaIM / プラスミド: pHSHW-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P05102, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 50mM Sodium Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Sulfate11
2Sodium Citrate11
3H2O11
4Ammonium Sulfate12
5Sodium Citrate12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→20 Å / Num. obs: 14120 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 65.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.88→2.98 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2034 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Simulation annealing
開始モデル: PDB Entry 2HR1

2hr1


解像度: 2.88→8.85 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 441 -
Rwork0.22 --
all0.297 --
obs0.239 12688 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→8.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 506 26 55 3192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0074
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 350 -
Rwork0.345 --
obs-441 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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