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- PDB-2clv: MHC Class I Natural Mutant H-2Kbm8 Heavy Chain Complexed With bet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2clv
タイトルMHC Class I Natural Mutant H-2Kbm8 Heavy Chain Complexed With beta-2 Microglobulin and pBM8 peptide
要素
  • BETA-2 MICROGLOBULIN
  • H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN
  • RBM5 PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE RESPONSE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / ALLOREACTIVITY / MHC I / H-2KBM8 / MEMBRANE / CLASS I MHC / POLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Splicing - Major Pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / spliceosomal complex assembly ...mRNA Splicing - Major Pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / spliceosomal complex assembly / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / spliceosomal complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / mRNA binding / apoptotic process / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others ...RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger C2H2 type domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Zinc finger C2H2-type / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / RNA-binding domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / RNA-binding protein 5 / RNA-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mazza, C. / Auphan-Anezin, N. / Guimezanes, A. / Barrett-Wilt, G.A. / Montero-Julian, F. / Roussel, A. / Hunt, D.F. / Schmitt-Verhulst, A.M. / Malissen, B.
引用
ジャーナル: Eur. J. Immunol. / 年: 2006
タイトル: Distinct orientation of the alloreactive monoclonal CD8 T cell activation program by three different peptide/MHC complexes.
著者: Auphan-Anezin, N. / Mazza, C. / Guimezanes, A. / Barrett-Wilt, G.A. / Montero-Julian, F. / Roussel, A. / Hunt, D.F. / Malissen, B. / Schmitt-Verhulst, A.M.
#1: ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2003
タイトル: Cdr3 Loop Flexibility Contributes to the Degeneracy of Tcr Recognition
著者: Reiser, J.B. / Darnault, C. / Gregoire, C. / Mosser, T. / Mazza, G. / Kearney, A. / Van Der Merwe, P.A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Housset, D. / Malissen, B.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: RBM5 PROTEIN
H: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN
M: RBM5 PROTEIN
P: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6406
ポリマ－89,6406
非ポリマー00
水11,602644
1
A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: RBM5 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8203
ポリマ－44,8203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
H: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN
M: RBM5 PROTEIN
P: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8203
ポリマ－44,8203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.146, 90.461, 89.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN / H-2K(B)


分子量: 32078.799 Da / 分子数: 2
断片: EXTRACELLULAR DOMAINS (ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3), RESIDUES 22-300
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド RBM5 PROTEIN


分子量: 1037.082 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 189-196 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99KV9, UniProt: Q91YE7*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 22 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 23 TO ILE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 22 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 23 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 30 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, TYR 22 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, MET 23 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, GLU 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, ASP 30 TO ASN
Has protein modificationY
配列の詳細THE Y22F, M23I, E24S, D30N QUADRUPLE MUTANT IS CALLED BM8, A NATURALLY OCCURING MUTANT IN MICE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化pH: 6.3 / 詳細: 14% PEG 10000, 100 MM MES PH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.009
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 78205 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NAN

1nan


解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.36 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 3930 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 74179 100 %-
溶媒の処理VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å2-0.52 Å2
2--2.16 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6306 0 0 644 6950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226496
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.9448834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8595764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00223.554332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.946151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3651548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6451.53979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11726234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47332968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3864.52600
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 282
Rwork0.269 5400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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