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- PDB-2bjc: NMR structure of a protein-DNA complex of an altered specificity ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bjc
タイトルNMR structure of a protein-DNA complex of an altered specificity mutant of the lac repressor headpiece that mimics the gal repressor
要素
  • 5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*GP *CP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
  • LACTOSE OPERON REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / SYMMETRIC DNA-BINDING / DNA-BINDING / HTH / LAC OPERON / LAC REPRESSOR / ALTERED SPECIFICITY / MUTANT / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / GAL REPRESSOR / GAL OPERON / LAC HEADPIECE / SYMMETRIC DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / HADDOCK
データ登録者Salinas, R.K. / Folkers, G.E. / Bonvin, A.M.J.J. / Das, D. / Boelens, R. / Kaptein, R.
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2005
タイトル: Altered Specificity in DNA Binding by the Lac Repressor: A Mutant Lac Headpiece that Mimics the Gal Repressor
著者: Salinas, R.K. / Folkers, G.E. / Bonvin, A.M.J.J. / Das, D. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Plasticity in Protein-DNA Recognition: Lac Repressor Interacts with its Natural Operator O1 Through Alternative Conformations of its DNA Binding Domain
著者: Kalodimos, C.G. / Bonvin, A.M.J.J. / Salinas, R.K. / Wechselberger, R. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1987
タイトル: The Interaction of the Recognition Helix of Lac Repressor with Lac Operator
著者: Lehming, N. / Sartorius, J. / Niemoler, M. / Genenger, G. / Wilcken-Bergmann, B. / Muller-Hill, B.
履歴
登録2005年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACTOSE OPERON REPRESSOR
B: LACTOSE OPERON REPRESSOR
C: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*GP *CP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*GP *CP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9044
ポリマ－26,9044
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 50RMSD TO AVERAGE STRUCTURE AND LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #3

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要素

#1: タンパク質 LACTOSE OPERON REPRESSOR


分子量: 6701.661 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING DOMAIN, LAC HEADPIECE RESIDUES 1-62 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN IS A DIMER. DISULFIDE BOND BETWEEN CYS52 IN TWO MONOMERS FORMS A COVALENT DIMER
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH9 / プラスミド: PET3A / PGP1-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH9 / 参照: UniProt: P03023
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*GP *CP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3' / LAC-GAL OPERATOR


分子量: 6750.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ALTERED LAC SYML OPERATOR
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES TYR 17 VAL, GLN 18 ALA AND VAL 52 CYS IN CHAINS A AND B
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 1-62 OF LAC REPRESSOR (P03023) WITH THE SUBSTITUTIONS Y17V Q18A AND V52C ALTERED ...RESIDUES 1-62 OF LAC REPRESSOR (P03023) WITH THE SUBSTITUTIONS Y17V Q18A AND V52C ALTERED PALINDROME OF THE LEFT SIDE OF THE LAC OPERATOR O1 LACKING THE CENTRAL BASE PAIR.ORIGINAL BASE PAIR GC7 WAS SUBSTITUTED BY AT

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 15N NOESY-HSQC 3D 13C NOESY-HSQC 2D NOESY 2D NOESY WITH X-FILTERS 3D CBCA(CO)NH 3D HNCO 3D HBHA(CO)NH 3D (H)CC(CO)NH 3D (H)CCH-TOCSY 2D 1H-13C HSQC 2D 1H-15N HSQC 2D 1H-15N J- MODULATED HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON A 13C, 15N LABELED PROTEIN AND UNLABELED DNA.

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試料調製

詳細内容: 95% WATER/5% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM / pH: 6 / 圧: 1.0 atm / 温度: 315.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: HADDOCK / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RMSD TO AVERAGE STRUCTURE AND LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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