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Yorodumi- PDB-5z8o: Structural of START superfamily protein MSMEG_0129 from Mycobacte... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z8o | ||||||
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Title | Structural of START superfamily protein MSMEG_0129 from Mycobacterium smegmatis | ||||||
Components | Cyclase/dehydrase | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / MSMEG_0129 / START domain / Mycobacterium smegmatis | ||||||
Function / homology | Coenzyme Q-binding protein COQ10, START domain / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START-like domain superfamily / Cyclase/dehydrase Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Zheng, S. / Liu, W. / Bi, L. | ||||||
Citation | Journal: FEBS Lett. / Year: 2018 Title: Structural and genetic analysis of START superfamily protein MSMEG_0129 from Mycobacterium smegmatis. Authors: Zheng, S. / Zhou, Y. / Fleming, J. / Zhou, Y. / Zhang, M. / Li, S. / Li, H. / Sun, B. / Liu, W. / Bi, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z8o.cif.gz | 140 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z8o.ent.gz | 109.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z8o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5z8o_validation.pdf.gz | 438.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5z8o_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | Display | |
Data in XML | 5z8o_validation.xml.gz | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5z8o_validation.cif.gz | 28.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/5z8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/5z8o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3tfzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16341.506 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) Strain: mc(2)155 / Gene: MSMEI_0126 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: I7FVL6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 2.0 M sodium formate, 0.1 M MES, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 55131 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7.6 % / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19.12 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rrim(I) all: 0.622 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3TFZ Resolution: 1.95→50 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 24.67
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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