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万見
- PDB-1lbg: LACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lbg
タイトルLACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR DNA, ALPHA CARBONS ONLY
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
  • PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / REPRESSOR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Lewis, M. / Chang, G. / Horton, N.C. / Kercher, M.A. / Pace, H.C. / Lu, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the lactose operon repressor and its complexes with DNA and inducer.
著者: Lewis, M. / Chang, G. / Horton, N.C. / Kercher, M.A. / Pace, H.C. / Schumacher, M.A. / Brennan, R.G. / Lu, P.
履歴
登録1996年1月3日処理サイト: NDB
改定 1.01996年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
A: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)
B: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)
C: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)
D: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,4778
ポリマ－180,4778
非ポリマー00
水00
1
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
A: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)
B: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2384
ポリマ－90,2384
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
C: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)
D: PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2384
ポリマ－90,2384
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.300, 224.400, 112.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6462.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 38657.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GM1 / 遺伝子: LACI / プラスミド: PIQ / 遺伝子 (発現宿主): LACI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03023

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 65.5 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8.5 / 手法: macro seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
132 %PEG30001drop
20.05 Mpotassium phosphate1drop
30.075 Msodium potassium tartrate1drop
40.055 mMprotein1drop
50.194 mMDNA1drop
629-31 %PEG30001reservoir
70.05 Mpotassium phosphate1reservoir
80.075 Msodium potassium tartrate1reservoir

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データ収集

検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 11283 / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射
*PLUS
最高解像度: 4.8 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 43976

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
精密化解像度: 4.8→15 Å / Rfactor Rwork: 0.26 / Rfactor obs: 0.26 / σ(F): 0
詳細: GENERATED SYMMETRY MOLECULES YIELD CLOSE CONTACTS IN CRYSTAL PACKING. THIS IS PARTICULARLY TRUE FOR ATOMS OF LAC RESIDUES 351 AND 350 OF CHAIN D WHICH CONFLICT WITH END BASE G IN CHAIN G. THE ...詳細: GENERATED SYMMETRY MOLECULES YIELD CLOSE CONTACTS IN CRYSTAL PACKING. THIS IS PARTICULARLY TRUE FOR ATOMS OF LAC RESIDUES 351 AND 350 OF CHAIN D WHICH CONFLICT WITH END BASE G IN CHAIN G. THE ELECTRON DENSITY FOR THE ENDS OF THE DNA STRANDS IS WEAK. THE POSITION OF THE END BASE G IN DNA CHAIN G SHOULD BE USED WITH CAUTION.
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1428 1716 0 0 3144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 4.8 Å / 最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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