+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o26 | ||||||
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Title | Crystal structure of the TRBD domain of TERT and the CR4/5 of TR | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN/RNA / telomerase / telomerase RNA / protein-RNA interaction / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA strand elongation / telomerase catalytic core complex / telomerase RNA reverse transcriptase activity / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryzias latipes (Japanese medaka) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.001 Å | ||||||
Authors | Huang, J. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2014 Title: Structural basis for protein-RNA recognition in telomerase. Authors: Huang, J. / Brown, A.F. / Wu, J. / Xue, J. / Bley, C.J. / Rand, D.P. / Wu, L. / Zhang, R. / Chen, J.J. / Lei, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4o26.cif.gz | 308.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4o26.ent.gz | 259.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4o26.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o26 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29989.141 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: TRBD (UNP residues 318-572) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryzias latipes (Japanese medaka) / Gene: TERT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ScarabXpress T7lac / References: UniProt: Q1PS67 #2: RNA chain | Mass: 16356.654 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: CR4/5 / Source method: obtained synthetically Details: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase Source: (synth.) Oryzias latipes (Japanese medaka) #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.89 Å3/Da / Density % sol: 68.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 100 mM sodium acetate, pH 4.5, 1 M ammonium sulfate, 0.3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 3, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→100 Å / Num. obs: 30608 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.9 / Net I/σ(I): 10.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.001→41.971 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 337.82 Å2 / Biso mean: 101.1978 Å2 / Biso min: 25.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.001→41.971 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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