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- PDB-2ai0: Anti-Cocaine Antibody 7.5.21, Crystal Form III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ai0
タイトルAnti-Cocaine Antibody 7.5.21, Crystal Form III
要素
  • Immunoglobulin Heavy Chain
  • Immunoglobulin Light Chain kappa
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Flexibility of Packing: Four Crystal Forms of an Anti-Cocaine Antibody 7.5.21
著者: Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
履歴
登録2005年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,69339
ポリマ－192,7318
非ポリマー2,96231
水9,566531
1
L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,03911
ポリマ－48,1832
非ポリマー8579
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
2
M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,04311
ポリマ－48,1832
非ポリマー8619
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
3
N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7558
ポリマ－48,1832
非ポリマー5726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
4
O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8559
ポリマ－48,1832
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
5
L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,69339
ポリマ－192,7318
非ポリマー2,96231
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545-x+1/2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation3_554-x+1/2,y+1/2,-z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24300 Å2
ΔGint-451 kcal/mol
Surface area75270 Å2
手法PISA
6
L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,69339
ポリマ－192,7318
非ポリマー2,96231
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,-y-1,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22930 Å2
ΔGint-417 kcal/mol
Surface area76650 Å2
手法PISA
7
L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,69339
ポリマ－192,7318
非ポリマー2,96231
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_554-x,-y,z-11
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23030 Å2
ΔGint-408 kcal/mol
Surface area76540 Å2
手法PISA
8
M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,69339
ポリマ－192,7318
非ポリマー2,96231
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area22450 Å2
ΔGint-429 kcal/mol
Surface area77130 Å2
手法PISA
9
M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,89920
ポリマ－96,3664
非ポリマー1,53316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-218 kcal/mol
Surface area38860 Å2
手法PISA
10
L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,79519
ポリマ－96,3664
非ポリマー1,42915
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
Buried area10810 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area38850 Å2
手法PISA
11
N: Immunoglobulin Light Chain kappa
J: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

O: Immunoglobulin Light Chain kappa
K: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,61017
ポリマ－96,3664
非ポリマー1,24513
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x+1/2,y-1/2,-z-11
Buried area10270 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area38700 Å2
手法PISA
12
M: Immunoglobulin Light Chain kappa
I: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

L: Immunoglobulin Light Chain kappa
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,08322
ポリマ－96,3664
非ポリマー1,71718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area39730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.979, 216.355, 58.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11K-696-

HOH

-
要素

#1: 抗体
Immunoglobulin Light Chain kappa


分子量: 24035.725 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: BALB/C
#2: 抗体
Immunoglobulin Heavy Chain


分子量: 24147.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q6PIP8
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG8000, 0.3M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.89996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 101629 / Num. obs: 101629 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured obs: 9380 / Num. unique all: 9380 / Χ2: 1.217 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A1W, constant and variable domains used separately

2a1w


解像度: 2.2→129.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 15.307 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 5097 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.225 101532 --
obs-101532 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→129.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13384 0 159 531 14074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02213864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.96118880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.74951733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7123.413545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.69152178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5551576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.25695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.29063
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5441.58887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.935214085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2835735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.934.54795
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 367 -
Rwork0.295 6547 -
all-6914 -
obs-6547 91.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9858-0.60290.52681.91-0.6312.0392-0.09580.0478-0.02640.05130.0857-0.1649-0.18790.01460.0101-0.1133-0.00460.0163-0.1442-0.1073-0.030922.903839.72449.4209
20.9897-0.64640.38663.3217-0.86563.08860.0131-0.1725-0.07780.2490.13840.36670.07540.0844-0.1514-0.09240.02750.0382-0.0717-0.0233-0.083512.476667.467428.1167
30.5044-0.48810.87991.457-0.29582.3454-0.0754-0.0429-0.1144-0.05820.101-0.1535-0.07530.0914-0.0256-0.20830.04790.041-0.1115-0.0880.303223.7122-67.6581-21.2369
42.6959-1.17650.41242.4806-1.04512.4430.16620.0246-0.56140.11740.01150.43830.07890.5253-0.1777-0.2508-0.0116-0.0043-0.1557-0.0538-0.078712.6741-38.649-3.0365
50.9330.5666-0.63062.70980.59813.5409-0.0745-0.05640.27270.2626-0.19240.12040.2512-0.16420.2669-0.1716-0.0330.0747-0.0655-0.06440.10824.5553-99.1379-39.6636
61.0280.2357-0.58043.287-1.97343.5330.06780.34770.0496-0.58440.07630.24780.24610.1504-0.14420.0316-0.11140.004-0.0259-0.0164-0.211516.2008-127.2434-59.6662
70.99910.0197-0.77051.2591-0.14233.6044-0.1184-0.02410.1198-0.20.046-0.12740.12890.00480.0724-0.0934-0.02910.0706-0.2509-0.0722-0.161720.23329.9528-12.0925
80.36710.2251-0.49681.9098-1.43233.6170.13670.0662-0.1132-0.2621-0.11070.00030.14240.4992-0.0261-0.0122-0.10340.01440.0382-0.0377-0.226314.0912-17.086-32.5857
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LA1 - 1121 - 112
21HB1 - 1231 - 123
32LA113 - 216113 - 216
42HB124 - 224124 - 224
53MC1 - 1121 - 112
63ID1 - 1231 - 123
74MC113 - 216113 - 216
84ID124 - 223124 - 223
95NE1 - 1121 - 112
105JF1 - 1231 - 123
116NE113 - 216113 - 216
126JF124 - 223124 - 223
137OG1 - 1121 - 112
147KH1 - 1231 - 123
158OG113 - 216113 - 216
168KH124 - 223124 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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