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- PDB-1vyw: Structure of CDK2/Cyclin A with PNU-292137 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyw
タイトルStructure of CDK2/Cyclin A with PNU-292137
要素
  • CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
  • CYCLIN A2
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE-COMPLEX / PROTEIN KINASE-COMPLEX / PROTEIN KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION / CELL DIVISION / CYCLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon ...: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / centrosome duplication / G0 and Early G1 / cochlea development / Telomere Extension By Telomerase / animal organ regeneration / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / cellular response to estradiol stimulus / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G1/S transition of mitotic cell cycle / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / peptidyl-serine phosphorylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Orc1 removal from chromatin / potassium ion transport / Meiotic recombination / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / Regulation of TP53 Degradation / cellular senescence / nuclear envelope / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein phosphorylation / Ub-specific processing proteases / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA-templated transcription / centrosome / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like ...Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-292 / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pevarello, P. / Brasca, M.G. / Amici, R. / Orsini, P. / Traquandi, G. / Corti, L. / Piutti, C. / Sansonna, P. / Villa, M. / Pierce, B.S. ...Pevarello, P. / Brasca, M.G. / Amici, R. / Orsini, P. / Traquandi, G. / Corti, L. / Piutti, C. / Sansonna, P. / Villa, M. / Pierce, B.S. / Pulici, M. / Giordano, P. / Martina, K. / Fritzen, E.L. / Nugent, R.A. / Casale, E. / Cameron, A. / Ciomei, M. / Roletto, F. / Isacchi, A. / Fogliatto, G. / Pesenti, E. / Pastori, W. / Marsiglio, A. / Leach, K.L. / Clare, P.M. / Fiorentini, F. / Varasi, M. / Vulpetti, A. / Warpehoski, M.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: 3-Aminopyrazole Inhibitors of Cdk2/Cyclin a as Antitumor Agents. Part 1. Lead Finding
著者: Pevarello, P. / Brasca, M.G. / Amici, R. / Orsini, P. / Traquandi, G. / Corti, L. / Piutti, C. / Sansonna, P. / Villa, M. / Pierce, B.S. / Pulici, M. / Giordano, P. / Martina, K. / Fritzen, E. ...著者: Pevarello, P. / Brasca, M.G. / Amici, R. / Orsini, P. / Traquandi, G. / Corti, L. / Piutti, C. / Sansonna, P. / Villa, M. / Pierce, B.S. / Pulici, M. / Giordano, P. / Martina, K. / Fritzen, E.L. / Nugent, R.A. / Casale, E. / Cameron, A. / Ciomei, M. / Roletto, F. / Isacchi, A. / Fogliatto, G. / Pesenti, E. / Pastori, W. / Marsiglio, A. / Leach, K.L. / Clare, P.M. / Fiorentini, F. / Varasi, M. / Vulpetti, A. / Warpehoski, M.A.
履歴
登録2004年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
B: CYCLIN A2
C: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
D: CYCLIN A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8378
ポリマ－131,0624
非ポリマー7754
水7,386410
1
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
B: CYCLIN A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9184
ポリマ－65,5312
非ポリマー3872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
2
C: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
D: CYCLIN A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9184
ポリマ－65,5312
非ポリマー3872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.223, 184.223, 214.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.23592, -0.87854, 0.41533), (-0.87121, 0.00188, -0.49091), (0.4305, -0.47766, -0.76584)95.81634, 216.77879, 275.58487
2given(-0.25951, -0.85849, 0.44233), (-0.86401, 0.00177, -0.50348), (0.43145, -0.51283, -0.7422)88.10458, 218.2545, 279.97919

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要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 / P33 PROTEIN KINASE


分子量: 35251.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質 CYCLIN A2 / CYCLIN A


分子量: 30278.967 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-TERMINAL PORTION, RESIDUES 174-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-292 / N-(3-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-5-YL)-2-(2-NAPHTHYL)ACETAMIDE / PNU-292137 INHIBITOR / N-(5-シクロプロピル-1H-ピラゾ-ル-3-イル)-2-ナフタレンアセトアミド


分子量: 291.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17N3O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CDK KINASE IS PROBABLY INVOLVED IN THE CONTROL OF THE CELL CYCLE. INTERACTS WITH CYCLINS A, D, OR E. ...CDK KINASE IS PROBABLY INVOLVED IN THE CONTROL OF THE CELL CYCLE. INTERACTS WITH CYCLINS A, D, OR E. ACTIVITY OF CDK2 IS MAXIMAL DURING S PHASE AND G2. CYCLIN A2 IS ESSENTIAL FOR THE CONTROL OF THE CELL CYCLE AT THE G1/S (START) AND THE G2/M (MITOSIS) TRANSITIONS.
配列の詳細5 AMINO ACIDS EXTRA AT THE N-TERMINUS RESIDUES 174-432, CHAINS B AND D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 20% AMMONIUM SULPHATE, 1M KCL, 40MM HEPES PH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 94577 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→29.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THERE IS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP ATTACHED TO ASP 28 OF BOTH CDK2 MOLECULES THAT COULD NOT BE ASSIGNED TO ANY MOLECULE IN THE CRYSTALLISATION MIXTURE. ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THERE IS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP ATTACHED TO ASP 28 OF BOTH CDK2 MOLECULES THAT COULD NOT BE ASSIGNED TO ANY MOLECULE IN THE CRYSTALLISATION MIXTURE. THIS HAS BEEN MODELLED BY WATER MOLECULES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1908 2 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs-94195 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.4784 Å2 / ksol: 0.342118 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.48 Å29.08 Å20 Å2
2--5.48 Å20 Å2
3----10.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8978 0 54 410 9442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 308 2 %
Rwork0.303 14771 -
obs--96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEINPROTEIN
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_RWATER.T
X-RAY DIFFRACTION4PNU-292137.PARPNU-292137.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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