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- PDB-1okv: Cyclin A binding groove inhibitor H-Arg-Arg-Leu-Ile-Phe-NH2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1okv
タイトルCyclin A binding groove inhibitor H-Arg-Arg-Leu-Ile-Phe-NH2
要素
  • CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
  • CYCLIN A2
  • H-ARG-ARG-LEU-ILE-PHE-NH2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE-CYCLIN COMPLEX / CYCLIN A / INHIBITOR / LIGAND EXCHANGE / DRUG DESIGN / PEPTIDOMIMETICS / CELL CYCLE / KINASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / response to glucagon / cellular response to cocaine ...: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / response to glucagon / cellular response to cocaine / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / centrosome duplication / cochlea development / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / animal organ regeneration / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / cellular response to estradiol stimulus / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / potassium ion transport / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Orc1 removal from chromatin / positive regulation of fibroblast proliferation / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / peptidyl-serine phosphorylation / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / endosome / Ub-specific processing proteases / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like ...Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kontopidis, G. / Andrews, M. / McInnes, C. / Cowan, A. / Powers, H. / Innes, L. / Plater, A. / Griffiths, G. / Paterson, D. / Zheleva, D. ...Kontopidis, G. / Andrews, M. / McInnes, C. / Cowan, A. / Powers, H. / Innes, L. / Plater, A. / Griffiths, G. / Paterson, D. / Zheleva, D. / Lane, D. / Green, S. / Walkinshaw, M. / Fischer, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Insights Into Cyclin Groove Recognition. Complex Crystal Structures and Inhibitor Design Through Ligand Exchange
著者: Kontopidis, G. / Andrews, M. / Mcinnes, C. / Cowan, A. / Powers, H. / Innes, L. / Plater, A. / Griffiths, G. / Paterson, D. / Zheleva, D. / Lane, D. / Green, S. / Walkinshaw, M. / Fischer, P.
履歴
登録2003年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年9月16日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
B: CYCLIN A2
C: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
D: CYCLIN A2
E: H-ARG-ARG-LEU-ILE-PHE-NH2
F: H-ARG-ARG-LEU-ILE-PHE-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0966
ポリマ－129,0966
非ポリマー00
水13,637757
1
A: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
B: CYCLIN A2
E: H-ARG-ARG-LEU-ILE-PHE-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5483
ポリマ－64,5483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
D: CYCLIN A2
F: H-ARG-ARG-LEU-ILE-PHE-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5483
ポリマ－64,5483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.193, 113.879, 155.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 / P33 PROTEIN KINASE


分子量: 33976.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質 CYCLIN A2 / CYCLIN A


分子量: 29867.512 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 173 - 432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248
#3: タンパク質・ペプチド H-ARG-ARG-LEU-ILE-PHE-NH2


分子量: 703.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLIN GROOVE-BOUND PEPTIDE H-ARG-ARG-LEU-ILE-PHE-NH2
由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細1OKV B SWS P20248 1 - 172 NOT IN ATOMS LIST 1OKV D SWS P20248 1 - 172 NOT IN ATOMS LIST

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M NA3-CIT, PH 7.80
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17-8 mg/mlprotein1drop
240 mMHEPES1droppH7.0
3200 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
518 %PEG33501reservoir
6100 mMtrisodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→24 Å / Num. obs: 574133 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 84.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. all: 563579 / Num. obs: 52345 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FIN

1fin


解像度: 2.4→17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 15.583 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2569 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.201 47769 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.37 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9030 0 0 757 9787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0229255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.96812560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.038319926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.70831112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.606151743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.21422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0210029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.12557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.19288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0230.32
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2480.61216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1620.626
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2590.164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3370.629
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.070.61
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2581.55608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6329118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.55733647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0344.53442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 160
Rwork0.249 2991

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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