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- PDB-1it9: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTIGEN-BINDING FRAGMENT FROM A HUMANIZED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1it9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTIGEN-BINDING FRAGMENT FROM A HUMANIZED VERSION OF THE ANTI-HUMAN FAS ANTIBODY HFE7A
要素
  • HUMANIZED ANTIBODY HFE7A, HEAVY CHAIN
  • HUMANIZED ANTIBODY HFE7A, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / FAB / ANTI_FAS / AGONISTIC_ANTIBODY / APOPTOSIS / ANTIBODY_HUMANIZATION
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ito, S. / Takayama, T. / Hanzawa, H. / Takahashi, T. / Miyadai, K. / Serizawa, N. / Hata, T. / Haruyama, H.
引用
ジャーナル: BIOL.PHARM.BULL. / 年: 2002
タイトル: Humanization of the Mouse Anti-Fas Antibody HFE7A and Crystal Structure of the Humanized HFE7A Fab Fragment
著者: Haruyama, H. / Ito, S. / Miyadai, K. / Takahashi, T. / Kawaida, R. / Takayama, T. / Hanzawa, H. / Hata, T. / Yamaguchi, J. / Yoshida-Kato, H. / Ichikawa, K. / Ohsumi, J. / Yonehara, S. / Serizawa, N.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY STUDIES OF THE FAB FRAGMENT FROM A HUMANIZED VERSION OF THE MOUSE ANTI-HUMAN FAS ANTIBODY HFE7A
著者: Ito, S. / Takayama, T. / Hanzawa, H. / Takahashi, T. / Miyadai, K. / Serizawa, N. / Haruyama, H. / Hata, T.
#2: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the Antigen-Binding Fragment of Apoptosis-Inducing Mouse Anti-Human Fas Monoclonal Antibody HFE7A
著者: Ito, S. / Takayama, T. / Hanzawa, H. / Ichikawa, K. / Ohsumi, J. / Serizawa, N. / Hata, T. / Haruyama, H.
履歴
登録2002年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_description ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_genus

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: HUMANIZED ANTIBODY HFE7A, LIGHT CHAIN
H: HUMANIZED ANTIBODY HFE7A, HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0952
ポリマ－47,0952
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.365, 82.746, 104.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 HUMANIZED ANTIBODY HFE7A, LIGHT CHAIN


分子量: 23501.871 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種: , / 株: , / 解説: humanized mouse / プラスミド: pEE / 細胞株 (発現宿主): cos-1 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q6GMV9
#2: 抗体 HUMANIZED ANTIBODY HFE7A, HEAVY CHAIN


分子量: 23593.266 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種: , / 株: , / 解説: humanized mouse / プラスミド: pEE / 細胞株 (発現宿主): cos-1 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q6PJA4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, SODIUM ACETATE, METHANOL, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 %PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
330 %methanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 12285 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 77.1
反射
*PLUS
Num. obs: 11136 / % possible obs: 91 % / Num. measured all: 61689 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 71.3 % / Num. unique obs: 927 / Num. measured obs: 3790 / Rmerge(I) obs: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1144 10.3 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 11089 91 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3313 0 0 6 3319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.55
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.841.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.592
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 178 12.7 %
Rwork0.242 1399 -
obs--79.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 9 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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