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- PDB-1h9h: COMPLEX OF EETI-II WITH PORCINE TRYPSIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h9h
タイトルCOMPLEX OF EETI-II WITH PORCINE TRYPSIN
要素
  • TRYPSIN
  • TRYPSIN INHIBITOR II
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / TRYPSIN / SQUASH INHIBITOR / CYSTINE KNOT / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant trypsin inhibitors / Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Plant trypsin inhibitors / Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin / Trypsin inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
ECBALLIUM ELATERIUM (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kraetzner, R. / Wentzel, A. / Kolmar, H. / Uson, I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Ecballium Elaterium Trypsin Inhibitor II (Eeti-II): A Rigid Molecular Scaffold
著者: Kraetzner, R. / Debreczeni, J.E. / Pape, T. / Schneider, T.R. / Wentzel, A. / Kolmar, H. / Sheldrick, G.M. / Uson, I.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Sequence Requirements of the Gpng Beta-Turn of the Ecballium Elaterium Trypsin Inhibitor II Explored by Combinatorial Library Screening
著者: Wentzel, A. / Christmann, A. / Kraetzner, R. / Kolmar, H.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Min-21 and Min-23, the Smallest Peptides that Fold Like a Cystine-Stabilized Beta-Sheet Motif: Design, Solution Structure, and Thermal Stability
著者: Heitz, A. / Le-Nguyen, D. / Chiche, L.
#3: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1989
タイトル: Use of Restrained Molecular Dynamics in Water to Determine Three-Dimensional Protein Structure: Prediction of the Three-Dimensional Structure of Ecballium Elaterium Trypsin Inhibitor II
著者: Chiche, L. / Gaboriaud, C. / Heitz, A. / Mornon, J.P. / Castro, B. / Kollman, P.A.
履歴
登録2001年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "B" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "B" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRYPSIN
I: TRYPSIN INHIBITOR II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4363
ポリマ－27,3962
非ポリマー401
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-9.5 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.050, 121.050, 121.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN


分子量: 23493.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: PANCREAS / Secretion: SALIVA / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド TRYPSIN INHIBITOR II / EETI-II


分子量: 3902.500 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 詳細: C-TERMINAL TAG OF 6 HISTIDINES / 由来: (合成) ECBALLIUM ELATERIUM (植物) / 参照: UniProt: P12071
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION MET 7 ILE IN CHAIN I DUE TO RADIATION DAMAGE CYSTEINES WERE MODELLED PARTLY ...ENGINEERED MUTATION MET 7 ILE IN CHAIN I DUE TO RADIATION DAMAGE CYSTEINES WERE MODELLED PARTLY CLEAVED AND OXYDIZED TO SERINE
配列の詳細THE MICROHETEROGENEITY FOR THE CYSTEINE/SERINES AT RESIDUES 22,42,58, 136, 157, 191, 201, 220 ...THE MICROHETEROGENEITY FOR THE CYSTEINE/SERINES AT RESIDUES 22,42,58, 136, 157, 191, 201, 220 (CHAIN E) AND RESIDUES 15, 27 (CHAIN I) ARE THE RESULT OF RADIATION DAMAGE DURING DATA COLLECTION THAT CAUSED THE REDUCTION OF THE DI-SUPHIDES AND OXIDATION OF THE CYS TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: pH 6.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9326
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月4日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 49533 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.05 % / Rmerge(I) obs: 0.0532 / Rsym value: 0.0278 / Net I/σ(I): 19.24
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 4.48 % / Rmerge(I) obs: 0.3755 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / Rsym value: 0.2779 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LDT

1ldt


解像度: 1.5→10 Å / Num. parameters: 8170 / Num. restraintsaints: 7778 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2758 2475 5 %RANDOM
all0.2349 49346 --
obs0.2331 -99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 17 / Occupancy sum hydrogen: 1746.9 / Occupancy sum non hydrogen: 1994.85
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 1 177 2065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0294
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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