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- PDB-1an1: LEECH-DERIVED TRYPTASE INHIBITOR/TRYPSIN COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1an1
タイトルLEECH-DERIVED TRYPTASE INHIBITOR/TRYPSIN COMPLEX
要素
  • TRYPSIN
  • TRYPTASE INHIBITOR
キーワードCOMPLEX (SERINE PROTEASE/INHIBITOR) / SERINE PROTEINASE INHIBITOR / TRYPTASE INHIBITION / NON-CLASSICAL KAZAL-TYPE INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / : ...: / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin / Leech-derived tryptase inhibitor C
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Priestle, J.P. / Di Marco, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structure of the complex of leech-derived tryptase inhibitor (LDTI) with trypsin and modeling of the LDTI-tryptase system.
著者: Di Marco, S. / Priestle, J.P.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Purification, Characterization and Biological Evaluation of Recombinant Leech-Derived Tryptase Inhibitor (Rldti) Expressed at High Level in the Yeast Saccharomyces Cerevisiae
著者: Pohlig, G. / Fendrich, G. / Knecht, R. / Eder, B. / Piechottka, G. / Sommerhoff, C.P. / Heim, J.
#2: ジャーナル: Biol.Chem.Hoppe-Seyler / 年: 1994
タイトル: A Kazal-Type Inhibitor of Human Mast Cell Tryptase: Isolation from the Medical Leech Hirudo Medicinalis, Characterization, and Sequence Analysis
著者: Sommerhoff, C.P. / Sollner, C. / Mentele, R. / Piechottka, G.P. / Auerswald, E.A. / Fritz, H.
履歴
登録1997年6月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRYPSIN
I: TRYPTASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2853
ポリマ－28,2452
非ポリマー401
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.700, 63.700, 130.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-393-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TRYPSIN / LDTI


分子量: 23494.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00761
#2: タンパク質・ペプチド TRYPTASE INHIBITOR


分子量: 4750.614 Da / 分子数: 1 / Mutation: N115D (D-ASPARTIC ACID FORM) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 器官: SALIVARY GLANDS / プラスミド: PDP34 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): H449 / Variant (発現宿主): TR1376, TR1417 / 参照: UniProt: P80424, trypsin
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 30% V/V 2-PROPANOL, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5 ROOM TEMPERATURE 27 MONTHS FOR GROWTH.
Temp details: room temp
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 %(v/v)2-propanol1reservoir
20.2 Mammonium acetate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→29.14 Å / Num. obs: 17213 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.73 % / Rmerge(I) obs: 0.1154 / Rsym value: 0.1154 / Net I/σ(I): 27.82
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4846 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.4846 / % possible all: 79.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 150264
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MARSCALEデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
MARSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PORCINE PANCREATIC BETA-TRYPSIN (PDB ENTRY 1EPT)

1ept


解像度: 2.03→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.0076 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUE 115 WAS REFINED AS D-ASPARTIC ACID. WATER MOLECULE 98 IS LOCATED ON A CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS AND THEREFORE HAS AN OCCUPANCY OF 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 909 5.5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 16406 94.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 1 138 2063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.978
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.75
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.481
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 68 4.8 %
Rwork0.267 15497 -
obs--81.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSXD.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.ASD
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X.SUPTOPH19.WAT
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.CAL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.757
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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