PDB-5cxu: Structure of the CE1 ferulic acid esterase AmCE1/Fae1A, from the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cxu

タイトル

Structure of the CE1 ferulic acid esterase AmCE1/Fae1A, from the anaerobic fungi Anaeromyces mucronatus in the absence of substrate

要素

ferulic acid esterase AmCE1/Fae1A

キーワード

HYDROLASE / Ferulic acid / esterase / induced fit / alpha/beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

feruloyl esterase / feruloyl esterase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaeromyces mucronatus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Gruninger, R.J. / Abbott, D.W.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Contributions of a unique beta-clamp to substrate recognition illuminates the molecular basis of exolysis in ferulic acid esterases.
著者: Gruninger, R.J. / Cote, C. / McAllister, T.A. / Abbott, D.W.

履歴

登録	2015年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cxu.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cxu.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cxu_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cxu_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	5cxu_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	5cxu_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/5cxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/5cxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxxC 1jt2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cxx-3 1t9n-d 1fsn-1 6luu-d 4oze-2 5ku6-2 4mll-2 6whl-12 2pj3-3 3hlp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ferulic acid esterase AmCE1/Fae1A

ヘテロ分子

31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.870, 101.870, 52.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	ferulic acid esterase AmCE1/Fae1A 分子量: 31078.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anaeromyces mucronatus (菌類) / 遺伝子: fae1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2YCB6, feruloyl esterase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM Ammonium acetate, 100 mM Sodium acetate (pH 4.6), 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→46.6 Å / Num. obs: 35462 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 20.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.0407 / R_sym value: 0.0455 / Net I/av σ(I): 21.9 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.5089 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JT2

1jt2

解像度: 1.6→46.6 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1649	1774	5 %	Random Selection
R_work	0.1396	-	-	-
obs	0.1408	35462	99.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2133	0	6	215	2354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.406	3037
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.487	831
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	396

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6433	0.2343	136	0.217	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6433-1.6916	0.2222	135	0.1934	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6916-1.7462	0.197	136	0.1776	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7462-1.8087	0.1867	137	0.1549	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8087-1.8811	0.1713	135	0.1504	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8811-1.9667	0.1576	137	0.1392	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-2.0704	0.1602	136	0.1344	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0704-2.2001	0.195	137	0.1337	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2001-2.3699	0.1555	135	0.1378	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.6084	0.1605	137	0.1417	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6084-2.9858	0.1694	137	0.1433	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9858-3.7616	0.1601	136	0.128	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7616-46.6729	0.1465	140	0.13	2645	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8977	1.1495	-0.1543	2.3545	-0.2981	1.808	-0.1653	0.5438	-0.1924	-0.5167	0.2069	-0.0426	0.134	-0.1796	-0.0889	0.2905	-0.0039	0.0115	0.2261	0.0268	0.1723	-1.8712	20.0274	-64.616
2	1.8303	0.4682	-0.2068	1.9245	-0.3323	1.2003	-0.0876	0.2612	0.0447	-0.2344	0.051	-0.1243	-0.0326	0.088	0.0456	0.208	-0.0093	0.0574	0.1748	0.0362	0.1704	6.2402	26.2208	-60.1433
3	4.413	-2.4236	1.0172	3.2389	-3.9592	7.5434	-0.0567	-0.2518	0.2402	0.465	-0.2066	-0.4177	-0.2173	0.2827	0.2484	0.2158	-0.0491	-0.0006	0.178	0.0043	0.1979	13.1044	29.6687	-46.8024
4	2.7962	-0.1058	0.4921	0.2148	-0.3552	0.754	-0.0937	0.2053	0.3675	-0.175	0.1057	0.0541	-0.2902	0.0142	0.0194	0.2947	-0.0319	0.0344	0.2519	0.0988	0.3105	7.1551	38.837	-63.1798
5	2.0205	0.0904	-0.2798	2.3439	-0.1866	2.2316	0.0263	-0.0643	0.1815	-0.0328	0.0039	0.0233	-0.2123	-0.0583	-0.0377	0.1809	0.0032	0.0302	0.1685	0.0092	0.1835	0.6818	30.1574	-48.7953
6	3.7282	-1.2785	0.4724	4.8122	0.9092	5.2845	-0.0848	-0.5743	0.3266	0.5585	0.2101	-0.5625	0.16	0.378	-0.1027	0.2524	0.0173	0.0122	0.3256	-0.0593	0.2924	1.0335	30.1045	-36.6179
7	2.587	-2.2399	0.2984	4.4759	0.3496	1.0604	-0.1045	-0.3081	-0.1132	0.2132	0.1186	0.1864	0.1039	-0.0486	-0.0106	0.165	0.0017	0.0447	0.2041	0.0327	0.1778	-4.549	19.835	-41.1921
8	2.1436	-0.1427	-0.3514	1.5466	0.127	2.0752	-0.0102	0.0098	0.0668	-0.1064	0.0838	0.1001	-0.0871	-0.1607	-0.0782	0.1595	-0.012	0.0119	0.1678	0.0265	0.1835	-7.8477	21.7988	-51.7173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 115 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 116 through 131 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 146 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 147 through 184 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 185 through 212 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 213 through 238 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 239 through 274 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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