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- PDB-3hlp: Carboxypeptidase A liganded to an organic small-molecule: conform... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hlp
タイトルCarboxypeptidase A liganded to an organic small-molecule: conformational changes
要素Carboxypeptidase A1 (Pancreatic)
キーワードHYDROLASE / alpha-beta hydrolase / protein-ligand complex / zinc-dependent protease / Carboxypeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase A / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase A1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fernandez, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Carboxypeptidase A liganded to an organic small-molecule: conformational
著者: Fernandez, D. / Montenegro, M. / Garcia, M. / Aviles, F.X. / Vendrell, J.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase A1 (Pancreatic)
B: Carboxypeptidase A1 (Pancreatic)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1659
ポリマ－69,4442
非ポリマー7227
水11,710650
1
A: Carboxypeptidase A1 (Pancreatic)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1425
ポリマ－34,7221
非ポリマー4204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carboxypeptidase A1 (Pancreatic)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0244
ポリマ－34,7221
非ポリマー3023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.790, 59.933, 72.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase A1 (Pancreatic)


分子量: 34721.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 111-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CPA1 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: A6H6Y4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6% PEG8000, 0.02M tris, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 72381 / Num. obs: 72299 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5194 / Rsym value: 0.211 / % possible all: 99.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CTB

2ctb


解像度: 1.6→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.178 / WRfactor Rwork: 0.157 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.892 / SU B: 1.435 / SU ML: 0.052 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / SU Rfree: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1446 2 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.158 72299 99.89 %-
all-72381 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.86 Å2 / Biso mean: 12.064 Å2 / Biso min: 3.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20.12 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4780 0 42 650 5472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9376818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.645604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.29323.75224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.12215798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8181520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.23510
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0010.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6471.53069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04524893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56832247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1734.51925
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 115 -
Rwork0.197 5194 -
all-5309 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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