+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ca4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of humanized D. rerio TDP2 by 14 mutations | |||||||||
Components | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / TDP2 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / : / convergent extension involved in gastrulation / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / determination of left/right symmetry / gastrulation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PML body ...tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / : / convergent extension involved in gastrulation / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / determination of left/right symmetry / gastrulation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.623 Å | |||||||||
Authors | Shi, K. / Aihrara, H. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Eur J Pharm Sci / Year: 2018 Title: New fluorescence-based high-throughput screening assay for small molecule inhibitors of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 (TDP2). Authors: Ribeiro, C.J.A. / Kankanala, J. / Shi, K. / Kurahashi, K. / Kiselev, E. / Ravji, A. / Pommier, Y. / Aihara, H. / Wang, Z. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ca4.cif.gz | 435.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ca4.ent.gz | 364 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ca4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4fpvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28334.445 Da / Num. of mol.: 3 Mutation: L136N, A139S, C239T, K240R, K309Q, K314L, T315G, V316I, P317T, Y318A, V319A, S320C, R321K, C322L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) Gene: tdp2, ttrap, ttrapl, si:ch211-81e5.5, si:dkey-218n20.5 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q5XJA0, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-MLI / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG3350, Sodium Malonate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.62→134.72 Å / Num. obs: 95228 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.62→1.65 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.864 / Num. unique obs: 8475 / CC1/2: 0.424 / Rpim(I) all: 1.587 / Rrim(I) all: 2.305 / Rsym value: 1.864 / % possible all: 83.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FPV Resolution: 1.623→79.391 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.44
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.623→79.391 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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