PDB-6ca4: Crystal structure of humanized D. rerio TDP2 by 14 mutations

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ca4

タイトル

Crystal structure of humanized D. rerio TDP2 by 14 mutations

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

キーワード

HYDROLASE / TDP2

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / convergent extension involved in gastrulation / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / determination of left/right symmetry / gastrulation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PML body / double-strand break repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.623 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihrara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM095558	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国

引用

ジャーナル: Eur J Pharm Sci / 年: 2018
タイトル: New fluorescence-based high-throughput screening assay for small molecule inhibitors of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 (TDP2).
著者: Ribeiro, C.J.A. / Kankanala, J. / Shi, K. / Kurahashi, K. / Kiselev, E. / Ravji, A. / Pommier, Y. / Aihara, H. / Wang, Z.

履歴

登録	2018年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ca4.cif.gz	435.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ca4.ent.gz	364 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ca4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fpvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ynu-1 4l0c-3 1uu4-d 4pcf-2 3lr2-d 3vhn-1 2x16-2 4l0c-6 4gdm-3 1h9h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

C: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

ヘテロ分子

85.9 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
28.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.034, 98.260, 134.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 / Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ...Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / TRAF and TNF receptor-associated protein homolog 分子量: 28334.445 Da / 分子数: 3 変異: L136N, A139S, C239T, K240R, K309Q, K314L, T315G, V316I, P317T, Y318A, V319A, S320C, R321K, C322L 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: tdp2, ttrap, ttrapl, si:ch211-81e5.5, si:dkey-218n20.5 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5XJA0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Sodium Malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→134.72 Å / Num. obs: 95228 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 1.864 / Num. unique obs: 8475 / CC_1/2: 0.424 / R_pim(I) all: 1.587 / R_rim(I) all: 2.305 / R_sym value: 1.864 / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FPV

4fpv

解像度: 1.623→79.391 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	4748	5.01 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.1842	94686	98.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.623→79.391 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5714	0	58	465	6237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5917
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.723	7985
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.077	3547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6232-1.6417	0.3991	113	0.3881	2045	X-RAY DIFFRACTION	68
1.6417-1.661	0.4016	152	0.3787	2710	X-RAY DIFFRACTION	91
1.661-1.6813	0.407	158	0.3629	2896	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6813-1.7025	0.3706	164	0.3328	2926	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7025-1.7249	0.3215	157	0.3059	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7249-1.7486	0.3358	148	0.2951	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7486-1.7736	0.3069	182	0.2862	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7736-1.8	0.3083	143	0.2738	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.8282	0.2923	159	0.2828	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8282-1.8581	0.3252	137	0.2812	3026	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8581-1.8902	0.2592	139	0.2289	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8902-1.9246	0.2329	184	0.2114	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9246-1.9616	0.2336	159	0.1936	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9616-2.0016	0.2302	154	0.1778	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0016-2.0451	0.1806	150	0.1795	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0451-2.0927	0.2167	132	0.176	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0927-2.1451	0.1911	173	0.171	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1451-2.2031	0.2047	145	0.1669	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2031-2.2679	0.2263	148	0.1911	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2679-2.3411	0.2283	148	0.1677	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3411-2.4248	0.1958	171	0.167	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4248-2.5219	0.1967	161	0.1682	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5219-2.6367	0.1916	188	0.1633	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6367-2.7757	0.1757	170	0.1616	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7757-2.9496	0.1691	172	0.1668	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9496-3.1773	0.2074	171	0.1707	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1773-3.4971	0.1965	168	0.1622	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4971-4.0031	0.18	176	0.1533	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0031-5.0434	0.1657	151	0.1443	3163	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0434-79.4865	0.2209	175	0.2043	3294	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2547	0.0835	-0.5335	0.5145	0.0778	0.3854	0.2078	0.1623	-0.2291	0.0721	-0.0179	-0.0312	0.332	0.1118	0	0.2088	0.032	-0.0438	0.2031	-0.0225	0.2355	24.784	11.1874	12.2373
2	0.0039	0.0348	-0.0118	0.0423	-0.0214	0.0692	0.1236	0.0624	-0.1636	0.1606	-0.0173	-0.0481	0.6014	0.1764	0	0.3089	0.0637	-0.0716	0.1951	-0.0507	0.2773	28.9466	4.8806	8.3186
3	0.0709	0.1101	0.1206	0.2876	-0.1599	0.2075	0.0392	0.0951	-0.0694	-0.0308	-0.0179	-0.1401	0.2794	0.2248	0	0.1601	0.0385	-0.0047	0.2462	-0.0225	0.244	30.1025	13.9386	7.1348
4	0.9151	0.0491	-0.2925	0.8801	0.1526	0.7144	-0.0493	0.0655	0.0581	-0.047	0.0105	0.0083	-0.0544	0.1004	0	0.1243	-0.007	-0.0043	0.1757	-0.0144	0.1958	24.2411	24.188	8.7319
5	0.3627	0.1715	-0.2177	0.227	0.2447	0.1962	-0.2941	-0.5348	0.1357	0.262	0.1278	0.0769	-0.3488	-0.4971	-0	0.175	0.0198	-0.0141	0.3222	-0.0426	0.2213	19.4106	28.8065	24.3291
6	0.5692	0.2275	-0.141	0.3858	0.2468	0.0951	-0.0007	-0.2509	0.0324	0.1171	-0.0839	0.088	-0.0105	-0.1685	-0	0.1431	-0.007	0.0113	0.2938	-0.0311	0.2152	13.761	24.6807	19.8732
7	0.1216	0.065	-0.1937	0.1596	0.0312	0.2066	-0.0303	-0.4944	-0.1701	0.3916	-0.0683	0.039	0.3822	-0.2969	-0	0.2862	-0.0474	0.0043	0.2969	0.0943	0.288	14.0268	10.1032	23.3774
8	0.3709	0.1516	-0.1578	0.1376	0.1485	0.2208	0.0206	-0.1118	-0.096	0.0929	-0.0217	0.1332	0.09	-0.2739	0	0.1512	-0.0254	-0.0132	0.2387	-0.0047	0.2386	8.8431	18.2789	11.5737
9	0.2487	0.1436	-0.174	0.2079	0.2582	0.2132	0.1474	-0.1367	-0.3213	-0.0307	-0.0342	0.0557	0.3755	-0.1534	-0	0.2854	-0.0012	-0.0605	0.1636	0.0326	0.3129	22.0078	5.5535	14.3724
10	0.4327	-0.4776	-0.4679	0.4475	-0.413	0.559	0.0204	-0.0653	-0.0277	-0.104	0.0189	-0.1289	0.1986	0.3445	-0	0.2179	0.0283	0.0235	0.2519	-0.0344	0.2333	27.4403	-10.2751	-11.7039
11	0.1951	-0.2058	0.0583	0.2035	-0.1248	0.2068	-0.0227	0.032	0.0503	-0.167	-0.0063	-0.0923	-0.011	0.2056	0	0.2658	-0.0135	0.0163	0.2053	-0.0244	0.2127	24.1898	-4.3483	-14.8548
12	0.9403	-0.2053	-0.5264	0.9747	-0.35	0.6265	0.043	0.1415	-0.0055	-0.1418	-0.0262	0.0823	-0.1743	-0.1713	0	0.2608	0.0165	-0.0049	0.2024	-0.0105	0.1897	12.6809	-4.1791	-13.5047
13	0.21	-0.0324	-0.3374	0.4319	-0.0044	0.1922	0.0663	-0.278	-0.0993	0.3416	-0.0913	0.1683	0.2644	-0.335	0	0.2874	0.0077	0.0433	0.2787	0.0029	0.2321	5.781	-6.7662	1.9269
14	0.7542	-0.299	-1.3597	1.5671	0.2438	0.9893	-0.1473	-0.099	-0.2195	0.1283	-0.0143	0.0454	0.3667	0.0108	-0	0.3206	-0.0087	0.0277	0.1501	0.0128	0.2403	12.7193	-18.3989	-3.6598
15	0.1878	-0.2137	-0.2993	0.3695	-0.0496	0.3535	0.0972	-0.087	-0.1861	0.1327	-0.0287	-0.1997	0.3383	0.1575	0	0.2404	0.0691	0.008	0.2548	0.0035	0.2873	27.3752	-15.7556	-8.0016
16	0.8523	-0.4601	-0.1572	0.1885	-0.4827	0.4545	0.1056	0.0908	-0.1959	-0.0382	0.0936	0.0152	0.2743	0.2638	0	0.2732	0.0583	-0.0807	0.208	-0.0225	0.2408	14.6738	-30.6682	34.7695
17	1.3163	-0.1178	0.5284	0.8828	-0.4052	0.9768	0.0706	-0.2163	-0.0403	-0.0129	0.0067	0.0622	0.2177	-0.2108	0	0.1938	-0.0462	-0.0217	0.2104	0.0012	0.1875	3.5283	-23.2042	36.3694
18	0.3853	0.1807	0.2288	0.1813	-0.2394	0.1907	-0.2079	0.0766	0.1189	-0.2094	0.0278	0.1437	-0.1141	0.1921	0	0.3141	-0.0302	-0.0355	0.2169	0.013	0.2153	1.4801	-13.8096	19.9522
19	0.7586	0.5156	1.1393	0.7348	-0.2915	0.6493	-0.1251	0.2513	0.0625	-0.2595	0.0545	-0.0734	-0.1396	0.2847	-0	0.2732	-0.0548	-0.0087	0.2347	0.0029	0.2199	11.3176	-10.9894	26.2547
20	0.049	-0.0597	0.128	0.0674	-0.1591	0.2456	-0.1694	-0.1283	0.1308	-0.0538	0.1658	-0.2263	-0.1262	0.1506	0	0.2455	-0.0272	-0.0352	0.2585	-0.0239	0.2771	16.695	-9.0931	36.7638
21	0.5505	0.0211	0.133	0.0746	-0.1273	0.2524	0.2154	0.1211	-0.0284	-0.2823	-0.0485	-0.433	0.136	0.0297	-0	0.2823	0.0824	-0.0452	0.3018	-0.0669	0.2958	19.6593	-27.9962	31.311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 120 through 137 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 138 through 152 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 153 through 173 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 174 through 239 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 240 through 259 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 260 through 288 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 289 through 324 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 325 through 346 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 347 through 369 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 120 through 152 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 153 through 173 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 174 through 239 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 240 through 259 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 260 through 346 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 347 through 369 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 120 through 152 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 153 through 239 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 240 through 258 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 259 through 330 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 331 through 346 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 347 through 369 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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