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- PDB-1gx9: BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN COMPLEXED WITH RETINOIC ACID, TRIGONAL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gx9
タイトルBOVINE BETA-LACTOGLOBULIN COMPLEXED WITH RETINOIC ACID, TRIGONAL LATTICE Z
要素BETA-LACTOGLOBULIN
キーワードLIPOCALIN / MILK / WHEY TRANSPORT / BOVINE / RETINOL-BINDING ALLERGEN / RETINOIC ACID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINOIC ACID / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kontopidis, G. / Sawyer, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The Ligand-Binding Site of Bovine Beta-Lactoglobulin: Evidence for a Function?
著者: Kontopidis, G. / Holt, C. / Sawyer, L.
履歴
登録2002年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6022
ポリマ－18,3011
非ポリマー3001
水2,504139
1
A: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子

A: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2034
ポリマ－36,6022
非ポリマー6012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.660, 53.660, 111.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2117-

HOH

詳細THE DIMER GIVEN HERE IS PHYSIOLOGICAL DIMERTHE STRAND AA10 CREATES A CONTINUOUS BETA SHEET BETWEENRESIDUES 147-150 IN THE DIMER

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTOGLOBULIN / BETA-LG / ALLERGEN BOS D 5


分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PROTEIN PURCHASED FROM SIGMA CHEMICALS, CAT.NO. L8005
由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: MAMMARY GLAND / Variant: GENETIC VARIANT B / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-REA / RETINOIC ACID / (2E,4E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)-2,4,6,8-ノナテトラエン酸


分子量: 300.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.495 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 290 K / pH: 7.3
詳細: 17 DEG C, 8MUL BLG-RET COMPLEX 20MM TRIS, PH 8 + 8MUL NA CITRATE 1.25M, 0.1M HEPES, PH7.3, PER DROP
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMTris1droppH8.0
220 mg/mlprotein1drop
31.25 Msodium citrate1reservoir
40.1 MHEPES1reservoirpH7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.542
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→15 Å / Num. obs: 8213 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 138409
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.25

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B0O

1b0o


解像度: 2.34→15 Å / Num. parameters: 5758 / Num. restraintsaints: 5312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: THE RESIDUE, LEU 1 IS NOT OBSERVED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 400 5 %RANDOM
all0.2271 7813 --
obs0.2259 -94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1439.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1272 0 22 139 1433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0224
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.122
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.227 / Rfactor obs: 0.298 / Rfactor Rfree: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_bond_d / Dev ideal: 0.005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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