[日本語] English
万見
- PDB-1b0o: BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN COMPLEXED WITH PALMITATE, LATTICE Z -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b0o
タイトルBOVINE BETA-LACTOGLOBULIN COMPLEXED WITH PALMITATE, LATTICE Z
要素BETA-LACTOGLOBULIN
キーワードLIPOCALIN / MILK WHEY PROTEIN / BOVINE / PALMITATE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, S.-Y. / Sawyer, L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: beta-lactoglobulin binds palmitate within its central cavity.
著者: Wu, S.Y. / Perez, M.D. / Puyol, P. / Sawyer, L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural Basis of the Tanford Transition of Bovine Beta-Lactoglobulin
著者: Qin, B.Y. / Bewley, M.C. / Creamer, L.K. / Baker, H.M. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Bovine Beta-Lactoglobulin at 1.8 A Resolution--Still an Enigmatic Lipocalin
著者: Brownlow, S. / Morais Cabral, J.H. / Cooper, R. / Flower, D.R. / Yewdall, S.J. / Polikarpov, I. / North, A.C. / Sawyer, L.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: 12-Bromododecanoic Acid Binds Inside the Calyx of Bovine Beta-Lactoglobulin
著者: Qin, B.Y. / Creamer, L.K. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
履歴
登録1998年11月11日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5582
ポリマ－18,3011
非ポリマー2561
水1,892105
1
A: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子

A: BETA-LACTOGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1154
ポリマ－36,6022
非ポリマー5132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)53.480, 53.480, 111.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 BETA-LACTOGLOBULIN


分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN PURCHASED FROM SIGMA CHEMICALS, LOT 13H7150 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 器官: MAMMARY GLAND / Secretion: MILK / Variant: GENETIC VARIANT B / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
2100 mMpalmitic acid1drop
41.34 Msodium citrate1reservoir
50.1 MHEPES1reservoir
1protein1dropa molar ratio of 10/protein dimer
3ethanol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月21日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 6888 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8.16 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 97142
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BEB

1beb


解像度: 2.5→10 Å / Num. parameters: 5583 / Num. restraintsaints: 5396 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 336 5 %RANDOM
obs0.2049 -99.9 %-
all-6685 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1395
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1272 0 18 105 1395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.28
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47.17 Å2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る