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万見
- PDB-6fxb: Bovine beta-lactoglobulin variant A at pH 4.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fxb
タイトルBovine beta-lactoglobulin variant A at pH 4.0
要素Major allergen beta-lactoglobulin
キーワードALLERGEN / lactoglobulin / milk protein
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Major allergen beta-lactoglobulin / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Khan, S. / Ipsen, R. / Almdal, K. / Svensson, B. / Harris, P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Research Council for Independent Research | Technical and Production SciencesHEXPIN デンマーク
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2018
タイトル: Revealing the Dimeric Crystal and Solution Structure of beta-Lactoglobulin at pH 4 and Its pH and Salt Dependent Monomer-Dimer Equilibrium.
著者: Khan, S. / Ipsen, R. / Almdal, K. / Svensson, B. / Harris, P.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_remark / pdbx_data_processing_status ...database_PDB_remark / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_PDB_remark.text
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major allergen beta-lactoglobulin
B: Major allergen beta-lactoglobulin
C: Major allergen beta-lactoglobulin
D: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7797
ポリマ－73,5494
非ポリマー2303
水3,369187
1
A: Major allergen beta-lactoglobulin
B: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8994
ポリマ－36,7752
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Major allergen beta-lactoglobulin
D: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8813
ポリマ－36,7752
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.110, 75.610, 140.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 2 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 2 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 2 and (name O or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILE(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA22
12LEULEU(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 1621 - 162
13LEULEU(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 1621 - 162
14LEULEU(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 1621 - 162
15LEULEU(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 1621 - 162
16LEULEU(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 1621 - 162
17LEULEU(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA1 - 1621 - 162
21ILEILE(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB22
22LEULEU(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 1621 - 162
23LEULEU(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 1621 - 162
24LEULEU(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 1621 - 162
25LEULEU(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 1621 - 162
26LEULEU(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 1621 - 162
27LEULEU(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 1621 - 162
31ILEILE(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC22
32LEULEU(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1621 - 162
33LEULEU(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1621 - 162
34LEULEU(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1621 - 162
35LEULEU(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1621 - 162
36LEULEU(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1621 - 162
37LEULEU(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC1 - 1621 - 162
41ILEILE(chain D and ((resid 2 and (name O or name...DD22
42LEULEU(chain D and ((resid 2 and (name O or name...DD1 - 1621 - 162
43LEULEU(chain D and ((resid 2 and (name O or name...DD1 - 1621 - 162
44LEULEU(chain D and ((resid 2 and (name O or name...DD1 - 1621 - 162
45LEULEU(chain D and ((resid 2 and (name O or name...DD1 - 1621 - 162
46LEULEU(chain D and ((resid 2 and (name O or name...DD1 - 1621 - 162
47LEULEU(chain D and ((resid 2 and (name O or name...DD1 - 1621 - 162

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要素

#1: タンパク質
Major allergen beta-lactoglobulin


分子量: 18387.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: B5B0D4, UniProt: P02754*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: BLGA (15 mg/ml) in 50 mM sodium citrate/citric acid pH 4.0 2 ul BLGA and 2 ul 12% PEG 4000, 150 mM magnesium nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→60.566 Å / Num. obs: 46190 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.291 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.99-2.043.7440.5292.6733970.8650.60993.6
2.04-2.13.8840.4273.233110.9290.48793.2
2.1-2.163.9680.3173.9932120.9520.36193.4
2.16-2.223.860.2524.7731110.9710.28892.8
2.22-2.33.9440.2165.6529970.9780.24691.6
2.3-2.384.3790.1716.8328760.9870.19292.1
2.38-2.474.5540.1458.0429250.9910.16295.1
2.47-2.574.5990.1259.7127860.9920.13895.2
2.57-2.684.6290.10811.3226600.9940.1294.4
2.68-2.814.6180.09312.825640.9940.10394.4
2.81-2.974.5190.08214.8824120.9940.09194.3
2.97-3.154.290.07116.6723000.9950.07993.3
3.15-3.364.1930.06718.7920650.9960.07590
3.36-3.634.5960.0621.3919670.9950.06791.5
3.63-3.984.7110.05822.8918230.9950.06591.4
3.98-4.454.6350.05423.5316550.9970.0691
4.45-5.144.5810.05223.7114330.9970.05789.2
5.14-6.294.20.05422.2412070.9950.06187.3
6.29-8.94.5780.04723.79430.9970.05386.8
8.9-60.5664.5880.04623.955460.9970.05181.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→60.566 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 29.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 2267 4.94 %
Rwork0.2321 43629 -
obs0.234 45896 93.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.29 Å2 / Biso mean: 41.0041 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→60.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5144 0 15 187 5346
Biso mean--51.42 42.71 -
残基数----648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8387111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6893307
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2654X-RAY DIFFRACTION11.029TORSIONAL
12B2654X-RAY DIFFRACTION11.029TORSIONAL
13C2654X-RAY DIFFRACTION11.029TORSIONAL
14D2654X-RAY DIFFRACTION11.029TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.04350.37871350.32112786292196
2.0435-2.0910.35051510.29632717286895
2.091-2.14330.31581670.2622724289196
2.1433-2.20130.3171410.2522757289895
2.2013-2.26610.28871380.23782690282894
2.2661-2.33920.26351470.21712627277491
2.3392-2.42280.30031390.22122750288995
2.4228-2.51980.31641270.22692802292996
2.5198-2.63450.31591260.23072748287496
2.6345-2.77340.341350.23742772290795
2.7734-2.94720.3051360.23912760289694
2.9472-3.17470.291520.22992718287093
3.1747-3.49420.2651440.22172634277890
3.4942-3.99970.24991400.22282734287492
3.9997-5.03880.20721490.20222684283390
5.0388-60.59390.2391400.24712726286687

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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