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万見
- PDB-1yup: Reindeer beta-lactoglobulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yup
タイトルReindeer beta-lactoglobulin
要素beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Rangifer tarandus (カリブー)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Goldman, A. / Oksanen, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Reindeer beta-lactoglobulin crystal structure with pseudo-body-centred noncrystallographic symmetry.
著者: Oksanen, E. / Jaakola, V.P. / Tolonen, T. / Valkonen, K. / Akerstrom, B. / Kalkkinen, N. / Virtanen, V. / Goldman, A.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactoglobulin
B: beta-lactoglobulin
C: beta-lactoglobulin
D: beta-lactoglobulin
E: beta-lactoglobulin
F: beta-lactoglobulin
G: beta-lactoglobulin
H: beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,3698
ポリマ－146,3698
非ポリマー00
水6,503361
1
A: beta-lactoglobulin
B: beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5922
ポリマ－36,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: beta-lactoglobulin
D: beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5922
ポリマ－36,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: beta-lactoglobulin
F: beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5922
ポリマ－36,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: beta-lactoglobulin
H: beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5922
ポリマ－36,5922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.240, 94.140, 64.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.76, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
beta-lactoglobulin


分子量: 18296.178 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rangifer tarandus (カリブー) / Secretion: milk / 参照: UniProt: Q00P86
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.6M Na malonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.73114 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73114 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BEB

1beb


解像度: 2.1→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.407 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31144 3186 5 %RANDOM
Rwork0.23503 ---
obs0.23879 60524 100 %-
all-63710 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20.18 Å23.87 Å2
2---3.51 Å20.01 Å2
3---5.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9684 0 0 361 10045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.98613385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.911321117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.19751255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.23759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.211560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1490.29037
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2170.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2660.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6931.56332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.281210154
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70433526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.84.53231
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.401 211
Rwork0.353 4017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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