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- PDB-1fai: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF TWO CRYSTAL FORMS OF FAB R19.9, FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fai
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF TWO CRYSTAL FORMS OF FAB R19.9, FROM A MONOCLONAL ANTI-ARSONATE ANTIBODY
要素
  • IGG2B-KAPPA R19.9 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG2B-KAPPA R19.9 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lascombe, M.B. / Alzari, P.M. / Poljak, R.J. / Nisonoff, A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional structure of two crystal forms of FabR19.9 from a monoclonal anti-arsonate antibody.
著者: Lascombe, M.B. / Alzari, P.M. / Poljak, R.J. / Nisonoff, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989
タイトル: Three-Dimensional Structure of Fab R19.9, A Monoclonal Murine Antibody Specific for the P-Azobenzenearsonate Group
著者: Lascombe, M.B. / Alzari, P.M. / Boulot, G. / Saludjian, P. / Tougard, P. / Berek, C. / Haba, S. / Rosen, E.M. / Nisonoff, A. / Poljak, R.J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: Crystallization of the Fab Fragments of Monoclonal Anti-P-Azophenylarsonate Antibodies and Their Complexes with Haptens
著者: Mariuzza, R.A. / Amit, A.G. / Boulot, G. / Saludjian, P. / Saul, F.A. / Tougard, P. / Poljak, R.J. / Conger, J. / Lamoyi, E. / Nisonoff, A.
履歴
登録1992年5月27日処理サイト: BNL
改定 1.01992年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2B-KAPPA R19.9 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2B-KAPPA R19.9 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2562
ポリマ－47,2562
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.000, 80.600, 75.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES PRO L 95, PRO L 141, PRO H 158, AND PRO H 200 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: 抗体 IGG2B-KAPPA R19.9 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23690.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837
#2: 抗体 IGG2B-KAPPA R19.9 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23566.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: took 9 from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
20.02 Mpotassium phosphate1drop
325 %(w/v)PEG60001reservoir
40.1 Mpottassium phosphate1reservoir
53 mM1reservoirNaN3
60.3 M1reservoirNaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 16492 / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 41617 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.7 Å

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.189 / 最高解像度: 2.7 Å
詳細: THE POSITIONS OF MANY LOOPS IN THE CONSTANT REGION AND OF THE THIRD COMPLEMENTARITY-DETERMINING REGION OF THE HEAVY CHAIN (RESIDUES H 101 - H 109) ARE SOMEWHAT ARBITRARY, AS INDICATED BY ...詳細: THE POSITIONS OF MANY LOOPS IN THE CONSTANT REGION AND OF THE THIRD COMPLEMENTARITY-DETERMINING REGION OF THE HEAVY CHAIN (RESIDUES H 101 - H 109) ARE SOMEWHAT ARBITRARY, AS INDICATED BY LARGE TEMPERATURE FACTORS.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 0 0 3320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 9855 / σ(F): 3 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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