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- PDB-1e6j: Crystal structure of HIV-1 capsid protein (p24) in complex with F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e6j
タイトルCrystal structure of HIV-1 capsid protein (p24) in complex with Fab13B5
要素
  • (IMMUNOGLOBULIN) x 2
  • CAPSID PROTEIN P24
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV CAPSID PROTEIN (P24) / P24 / FAB / HIV-1 / VIRUS ASSEMBLY / CAPSID / CA / ANTIGEN / ANTIBODY / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs ...Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / viral budding via host ESCRT complex / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / immunoglobulin complex / Binding and entry of HIV virion / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / viral nucleocapsid / adaptive immune response / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / : / Immunoglobulin V-Type ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Immunoglobulin V-set domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag protein / Gag polyprotein / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Berthet-Colominas, C. / Monaco, S. / Novelli, A. / Sibai, G. / Mallet, F. / Cusack, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Mutual Conformational Adaptations in Antigen and Antibody Upon Complex Formation between an Fab and HIV-1 Capsid Protein P24
著者: Monaco-Malbet, S. / Berthet-Colominas, C. / Novelli, A. / Battai, N. / Piga, N. / Cheynet, V. / Mallet, F. / Cusack, S.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Head-to-Tail Dimers and Interdomain Flexibility Revealed by the Crystal Structure of HIV-1 Capsid Protein (P24) Complexed with a Monoclonal Antibody Fab
著者: Berthet-Colominas, C. / Monaco, S. / Novelli, A. / Sibai, G. / Mallet, F. / Cusack, S.
#2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1993
タイトル: Overexpression of HIV-1 Proteins in E. Coli by a Modified Expression Vector and Their One-Step Purification
著者: Cheynet, V. / Verrier, B. / Mallet, F.
履歴
登録2000年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: IMMUNOGLOBULIN
L: IMMUNOGLOBULIN
P: CAPSID PROTEIN P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0283
ポリマ－70,0283
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-41.4 kcal/mol
Surface area39220 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)193.080, 45.600, 132.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23552.301 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN 1-219 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OBTAINED BY PAPAIN CLEAVAGE (FAB) / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q99LC4*PLUS
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23053.477 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN 1-210 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OBTAINED BY PAPAIN CLEAVAGE (FAB) / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 CAPSID PROTEIN P24 / CA


分子量: 23421.795 Da / 分子数: 1 / 断片: GAG POLYPROTEIN RESIDUES 143-352 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HIS6 TAG AT N-TERM, PRO1 AND ILE2 DELETED, C-TERMINUS MODIFIED
由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
解説: SEE REFERENCE 2 / Variant: CLONE 12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P04591, UniProt: H9A150*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
解説: PATTERSON CORRELATION ALGORITHM OF XPLOR USED IN CONJUNCTION WITH AMORE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN AT 7MG/ML IN 7% PEG8000, 0.1M TRIS-HCL PH=7.5, 5MM DTT, 0.5MM K2PTCL4 AT 4C USING THE HANGING DROP SYSTEM, pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.945
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→27.7 Å / Num. obs: 14742 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.094
反射 シェル最高解像度: 3 Å / 冗長度: 1.6 % / Rsym value: 0.276 / % possible all: 33.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 33.1 % / Rmerge(I) obs: 0.276

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FAB13B5, 1AFV, 1AM3

1afv

1am3
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: PARTIALLY DISORDERED REGIONS: L152 - L155 AND H134 - H140 MISSING RESIDUES IN P24: HIS TAG, 12 FIRSTS AA, P146, P86 TO P95
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1528 11.6 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 14740 84.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 0 0 0 4914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.201
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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