+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b86 | |||||||||
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Title | Crystal structure of M-Sec | |||||||||
Components | Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2 | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Helical protein / exocyst complex / exocytosis / membrane traffic | |||||||||
Function / homology | Exocyst complex component EXOC3/Sec6 / Exocyst complex component Sec6 / exocyst localization / exocyst / exocytosis / SNARE binding / angiogenesis / cell differentiation / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 2 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.017 Å | |||||||||
Authors | Yamashita, M. / Sato, Y. / Yamagata, A. / Fukai, S. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Distinct Roles for the N- and C-terminal Regions of M-Sec in Plasma Membrane Deformation during Tunneling Nanotube Formation. Authors: Kimura, S. / Yamashita, M. / Yamakami-Kimura, M. / Sato, Y. / Yamagata, A. / Kobashigawa, Y. / Inagaki, F. / Amada, T. / Hase, K. / Iwanaga, T. / Ohno, H. / Fukai, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5b86.cif.gz | 475.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5b86.ent.gz | 406.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5b86.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/5b86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/5b86 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 68573.109 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 42-691 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Tnfaip2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 (DE3) / References: UniProt: Q61333 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.83 Å3/Da / Density % sol: 67.92 % / Description: CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: PEG8000, Hepes-Na (pH 7), ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.97904 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 2, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97904 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 43284 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 3 % / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.017→46.439 Å / SU ML: 0.66 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 33.31 Details: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.017→46.439 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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