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- PDB-1tgx: X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tgx
タイトルX-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES
要素GAMMA-CARDIOTOXIN
キーワードCYTOTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Naja nigricollis (コブラ)
手法X線回折 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Bilwes, A. / Rees, B. / Moras, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: X-ray structure at 1.55 A of toxin gamma, a cardiotoxin from Naja nigricollis venom. Crystal packing reveals a model for insertion into membranes.
著者: Bilwes, A. / Rees, B. / Moras, D. / Menez, R. / Menez, A.
履歴
登録1993年11月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.62024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA-CARDIOTOXIN
B: GAMMA-CARDIOTOXIN
C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,01217
ポリマ－20,5153
非ポリマー49614
水2,954164
1
B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

A: GAMMA-CARDIOTOXIN
C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

A: GAMMA-CARDIOTOXIN
C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,02334
ポリマ－41,0316
非ポリマー99328
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area21100 Å2
手法PISA
2
A: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

A: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,02334
ポリマ－41,0316
非ポリマー99328
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_556x+1/2,y+1/2,z+11
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation3_454x-1/2,y+1/2,z-11
crystal symmetry operation4_657-x+3/2,y+1/2,-z+21
Buried area6690 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
3
A: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

A: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,02334
ポリマ－41,0316
非ポリマー99328
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-265 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
4
A: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

A: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

B: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子

C: GAMMA-CARDIOTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,02334
ポリマ－41,0316
非ポリマー99328
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_444x-1/2,y-1/2,z-11
crystal symmetry operation4_647-x+3/2,y-1/2,-z+21
crystal symmetry operation3_546x+1/2,y-1/2,z+11
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.670, 40.710, 56.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 9 / 2: CIS PROLINE - PRO B 9 / 3: CIS PROLINE - PRO C 9
4: SOLVENT MOLECULE IN SPECIAL POSITION ON CRYSTAL TWO-FOLD AXIS.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-120-

CL

21A-273-

HOH

31B-277-

HOH

41B-292-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.47938, -0.87748, -0.01495), (0.87616, -0.4795, 0.04924), (-0.05038, 0.01051, 0.99868)46.66, -11.16, 0.82
2given(-0.64021, 0.76745, 0.03388), (-0.7682, -0.63967, -0.02625), (0.00152, -0.04283, 0.99908)38.39, 37.31, 1.19
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *C* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 GAMMA-CARDIOTOXIN


分子量: 6838.462 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja nigricollis (コブラ) / 参照: UniProt: P01468
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細14 SOLVENT MOLECULES WERE IDENTIFIED AS CHLORIDE ANIONS, BASED ON THEIR HIGH OCCUPANCY, WHEN ...14 SOLVENT MOLECULES WERE IDENTIFIED AS CHLORIDE ANIONS, BASED ON THEIR HIGH OCCUPANCY, WHEN REFINED AS WATER, AND ON THEIR PROXIMITY TO POSITIVE CHARGES OF THE PROTEIN (THE MOTHER LIQUOR IS A SOLUTION OF NACL).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.76 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: macro seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
22.2-2.4 M1reservoirNaCl

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Num. obs: 17217 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 56659 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 1.6 Å / % possible obs: 40 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.55→5 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.172 -
obs0.172 16149
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1404 0 14 164 1582
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.74.7
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it9.79.7
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1111
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.050.044
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.070.057
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.030.021
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.160.111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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