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万見
- PDB-1awc: MOUSE GABP ALPHA/BETA DOMAIN BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1awc
タイトルMOUSE GABP ALPHA/BETA DOMAIN BOUND TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*(BRU)P*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*(CBR)P*AP*CP*(CBR)P*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*GP*(BRU)P*GP*(BRU)P*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*T)-3')
  • PROTEIN (GA BINDING PROTEIN ALPHA)
  • PROTEIN (GA BINDING PROTEIN BETA 1)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / ETS DOMAIN / ANKYRIN REPEATS / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / blastocyst formation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / mitochondrion organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / blastocyst formation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / mitochondrion organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Transcription factor, GA-binding, alpha subunit / GA-binding protein alpha subunit, N-terminal / GA-binding protein alpha chain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. ...: / Transcription factor, GA-binding, alpha subunit / GA-binding protein alpha subunit, N-terminal / GA-binding protein alpha chain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat-containing domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / GA-binding protein subunit beta-1 / GA-binding protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Batchelor, A.H. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: The structure of GABPalpha/beta: an ETS domain- ankyrin repeat heterodimer bound to DNA.
著者: Batchelor, A.H. / Piper, D.E. / de la Brousse, F.C. / McKnight, S.L. / Wolberger, C.
履歴
登録1997年10月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*AP*AP*(BRU)P*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*(CBR)P*AP*CP*(CBR)P*GP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*GP*(BRU)P*GP*(BRU)P*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*T)-3')
A: PROTEIN (GA BINDING PROTEIN ALPHA)
B: PROTEIN (GA BINDING PROTEIN BETA 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1384
ポリマ－43,1384
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)201.600, 34.550, 59.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.83, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*(BRU)P*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*AP*(CBR)P*AP*CP*(CBR)P*GP*GP*A)-3')


分子量: 6712.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*GP*(BRU)P*GP*(BRU)P*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量: 6525.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (GA BINDING PROTEIN ALPHA) / GABPALPHA / GABP-ALPHA SUBUNIT


分子量: 13065.230 Da / 分子数: 1 / Fragment: ETS DOMAIN PLUS 30 C-TERMINAL RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: GABP ALPHA / プラスミド: PALPHA8A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q00422
#4: タンパク質 PROTEIN (GA BINDING PROTEIN BETA 1) / GABPBETA1 / GABP-BETA-1 SUBUNIT / GABPB1


分子量: 16834.010 Da / 分子数: 1 / Fragment: ANKYRIN REPEAT DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: GABP BETA 1 / プラスミド: PBB-79 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q00420
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 9
詳細: 100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 9, 12 % PEG 1000, 5 MM COBALTIC HEXAMINE CHLORIDE, 1 MM DTT, 20 MM TRIS, 1 MM EDTA, 0.001 % SODIUM AZIDE, pH 9.0
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1BIS-TRIS PROPANE11
2PEG 100011
3[CO(NH3)6]Cl311
4DTT11
5TRIS11
6EDTA11
7SODIUM AZIDE11
8PEG 100012
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
30.5 mMEDTA1drop
40.5 mMdithiothreitol1drop
50.0005 %sodium azide1drop
650 mMBis-Tris propane1drop
72.5 mMcobaltic hexamine chloride1drop
84.5 %PEG10001drop
9100 mMBis-Tris propane1reservoir
105 mMcobaltic hexamine chloride1reservoir
119 %PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月15日 / 詳細: SPHERICAL RH COATED
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 18368 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 88
反射
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 88 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.15→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.7 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1714 10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs-17217 88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.68 Å20 Å2-4.44 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---9.269 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 852 5 46 2966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 152 10 %
Rwork0.282 1477 -
obs--69.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOM_BR_RNA-DNA.PARMTOM_BR_RNA-DNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19_MOD.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.222 / Rfactor obs: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.171
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.92
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.217
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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