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- PDB-4l48: Crystal structure of d78n mutant clavibacter michiganensis expans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l48
タイトルCrystal structure of d78n mutant clavibacter michiganensis expansin in complex with cellohexaose
要素cellulose binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Cellulose binding protein / Cell wall loosening
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / polysaccharide binding / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Lytic transglycolase / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Cellulose binding domain ...: / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Lytic transglycolase / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellohexaose / cellulase
類似検索 - 構成要素
生物種Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of wild type and d78n mutant clavibacter michiganensis expansin, in apo form and in complex with oligosaccharides
著者: Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.
履歴
登録2013年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Structure summary
改定 1.22015年10月21日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cellulose binding protein
C: cellulose binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5654
ポリマ-43,5832
非ポリマー1,9822
11,998666
1
A: cellulose binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7822
ポリマ-21,7921
非ポリマー9911
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: cellulose binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7822
ポリマ-21,7921
非ポリマー9911
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.758, 34.555, 81.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 cellulose binding protein


分子量: 21791.609 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 546-746 / 変異: d78n / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (バクテリア)
: NCPPB 382 / 遺伝子: celA, pCM1_0020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5CLK3, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellohexaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellohexaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.5M KCl, 12% PEG 8000, 10% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月17日 / 詳細: Varimax confocal optics
放射モノクロメーター: VARIMAX CONFOCAL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 21474 / Num. obs: 21474 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 14.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.09
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.142.20.1177.3193.5
2.14-2.180.113198.7
2.18-2.220.1051100
2.22-2.260.106199.6
2.26-2.310.1199.7
2.31-2.370.093199.8
2.37-2.420.092199.9
2.42-2.490.086199.6
2.49-2.560.086199.9
2.56-2.650.077199.9
2.65-2.740.071199.6
2.74-2.850.067199.9
2.85-2.980.06199.8
2.98-3.140.051199.5
3.14-3.330.05199.3
3.33-3.590.05199.1
3.59-3.950.047198.2
3.95-4.520.045197.4
4.52-5.70.045197.6
5.7-500.05193

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4JS7
解像度: 2.1→22.371 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1971 9.32 %Random
Rwork0.1953 ---
all0.201 21474 --
obs0.201 21142 96.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.371 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 134 666 3862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.634498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1291232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0956-2.1480.29251250.20811213X-RAY DIFFRACTION86
2.148-2.2060.27461420.20481373X-RAY DIFFRACTION99
2.206-2.27090.30511430.21241382X-RAY DIFFRACTION98
2.2709-2.34410.31141420.21151349X-RAY DIFFRACTION98
2.3441-2.42780.28681370.21531378X-RAY DIFFRACTION98
2.4278-2.52490.29681390.21491352X-RAY DIFFRACTION97
2.5249-2.63960.31591420.21671380X-RAY DIFFRACTION98
2.6396-2.77850.26131400.21351351X-RAY DIFFRACTION98
2.7785-2.95220.27411420.21551391X-RAY DIFFRACTION98
2.9522-3.17960.24261430.19291390X-RAY DIFFRACTION98
3.1796-3.49850.2151450.18031410X-RAY DIFFRACTION99
3.4985-4.00220.26131420.16081384X-RAY DIFFRACTION98
4.0022-5.03290.19661440.17071398X-RAY DIFFRACTION96
5.0329-22.37260.22891450.20141420X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6719-5.80371.58018.91093.03349.0220.20710.4810.18790.07580.2235-0.13180.02221.0659-0.31620.0720.003-0.08920.379-0.07010.089832.312410.489737.0825
20.84721.31371.24032.16832.2574.6245-0.1236-0.03930.1277-0.2340.1996-0.20450.2463-0.5878-0.04270.04570.1144-0.00250.13240.00750.198112.72694.407330.1133
30.4082-0.05790.14030.6826-0.07210.93980.10590.0903-0.0809-0.0918-0.04720.06980.19630.0339-0.05370.16010.0055-0.05790.1447-0.01840.101120.96643.4624.22
41.3156-0.1406-0.43840.47550.38292.1642-0.3735-0.1424-0.16520.1797-0.42070.07720.3262-0.0070.3293-0.2408-0.04980.14590.3801-0.00540.101926.66941.296341.3363
51.1892-0.2509-0.60310.7045-0.20350.4919-0.07350.2073-0.0846-0.0289-0.01060.1697-0.1204-0.04160.08850.16850.001-0.02740.129-0.02520.0822.23967.448831.5853
65.92680.33653.3416.3539-1.21986.6859-0.3838-0.40070.69830.36160.27320.9652-0.3871-0.55580.13730.14260.0395-0.03070.1777-0.00670.260816.53842.167641.3958
71.4791-0.28940.46011.09790.21681.531-0.0452-0.3773-0.03550.10620.07440.12160.1308-0.28910.01410.21240.0545-0.0060.2197-0.02350.103321.17088.768643.2028
8-0.077-0.0859-0.05190.4670.3541.5192-0.0497-0.2743-0.09380.01630.0471-0.09170.0976-0.088-0.0180.08970.00580.00230.20490.00470.109528.5161-3.196521.2242
91.7373-0.2187-0.76461.6875-0.43710.71030.0010.11050.2343-0.16540.07580.10910.003-0.0953-0.04830.13190.0065-0.01340.13710.00210.108724.12981.49218.9143
103.2425-1.2885-1.714.39651.6067.89140.1112-0.07790.1882-0.6685-0.0056-0.49910.19741.0776-0.08840.31910.03650.03240.22030.01250.107334.3120.38711.1668
113.16040.40940.42541.8431-0.72122.31730.00980.07050.0668-0.17240.0602-0.073-0.2802-0.2415-0.0720.15930.0173-0.00510.08180.01120.110327.1165.48325.2054
124.29961.40453.93774.17051.81458.4851-0.13740.8211-0.1052-0.3220.16180.057-0.25020.2490.09550.1530.0396-0.03880.2528-0.0270.157730.5882-3.64614.0921
132.1355-0.014-0.04620.4593-0.57220.78460.03960.03120.1020.05310.07550.00970.02910.0607-0.13710.17060.0222-0.0180.1341-0.02980.12627.6834-5.65199.3946
149.15820.18252.41134.65311.34478.8769-0.0156-0.6548-1.13560.31810.2788-0.15430.96360.2513-0.16010.30920.09190.07160.189-0.00910.163332.7966-12.01418.0425
158.59653.70240.21537.69342.61555.62150.3114-0.0889-0.00950.1770.0436-0.43350.08920.0521-0.28470.2379-0.0298-0.03040.1113-0.02610.12963.0749-5.93813.8726
160.4848-0.0112-1.01942.84342.10684.6766-0.09910.20770.0568-0.0365-0.04410.4233-0.1817-0.36520.16850.1134-0.01810.0030.2029-0.01690.1622-17.13172.225412.8265
172.98381.3755-0.14028.7480.00313.44880.03880.23650.3884-0.53830.09720.0536-0.6584-0.3927-0.10620.21390.0335-0.01480.13090.04310.1678-12.3516.3057.9983
180.88170.5123-0.32041.39970.18361.39630.02980.02940.04590.1626-0.0223-0.05690.03070.1768-0.03160.08650.0142-0.0040.1242-0.01220.1038-3.99930.46969.881
192.7748-0.0677-0.65711.37420.74262.8337-0.13230.0787-0.09670.0612-0.00080.0699-0.0202-0.3950.13550.07470.00560.01770.1448-0.0220.0935-9.9419-4.72486.5886
203.10812.6065-0.59199.14932.88233.7172-0.05350.2293-0.0245-0.5253-0.15440.2628-0.4387-0.16440.18930.18040.0115-0.01280.1963-0.01580.1576-11.6086-0.2869-5.3985
210.8181-0.9069-0.98681.17991.58472.1405-0.0295-0.08850.0944-0.04450.0518-0.08920.05250.0871-0.04850.1152-0.0033-0.02010.06090.00950.1434-4.56835.843615.7665
223.0380.4107-1.71322.5124-1.60912.84230.237-0.59590.14650.3033-0.05790.3312-0.30760.5152-0.0870.181-0.0283-0.02170.1436-0.01590.1481-9.04463.699230.2599
233.4496-0.7392-1.15134.5007-1.99461.5170.263-0.19850.07830.7738-0.0164-0.2872-0.4840.0529-0.09960.251-0.0194-0.00510.13810.03910.116-2.56195.24342.1597
243.1521-0.8704-0.86622.6506-0.8853.3514-0.3335-0.0946-0.27550.35690.08470.12390.3870.03030.16830.11430.0197-0.00120.06120.01130.0888-9.5841-2.103629.8458
254.0021.85542.03877.00312.6345.50980.5541-0.70510.38921.3940.1540.3966-0.61120.1247-0.48830.3426-0.0680.13690.2141-0.07310.1994-12.53954.735744.0156
264.0327-2.3912-2.02472.6041.86592.5962-0.17530.174-0.05180.13120.02110.18380.3964-0.37190.14260.1093-0.0373-0.00790.14020.01510.1104-0.44598.946531.0728
272.5886-0.2888-1.35971.69540.76076.3417-0.1189-0.062-0.04050.0588-0.7032-0.1909-0.6358-0.2560.68870.1556-0.0096-0.03190.18090.02860.2639-16.140912.618432.0543
282.0162-1.4278-1.97225.96040.39554.42190.07870.62990.6676-0.1205-0.29810.186-0.346-0.15150.16930.2139-0.007-0.08330.2289-0.05420.1754-0.45716.728922.5946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:6)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 7:16)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 17:52)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 53:58)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 59:81)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 82:90)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 91:98)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 99:115)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 116:135)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 136:143)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 144:163)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 164:173)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 174:192)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 193:202)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 1:6)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 7:28)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 29:36)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 37:65)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 66:84)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 85:94)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 95:116)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 117:137)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 138:146)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 147:159)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 160:165)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 166:182)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 183:192)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 193:202)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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