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- PDB-1ae6: IGG-FAB FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY CTM01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ae6
タイトルIGG-FAB FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY CTM01
要素
  • IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN / FAB FRAGMENT / HUMANISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig gamma-1 chain C region, membrane-bound form / : / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Banfield, M.J. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: VL:VH domain rotations in engineered antibodies: crystal structures of the Fab fragments from two murine antitumor antibodies and their engineered human constructs.
著者: Banfield, M.J. / King, D.J. / Mountain, A. / Brady, R.L.
履歴
登録1997年3月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6642
ポリマ－47,6642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.300, 66.550, 61.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 24194.924 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然
詳細: EACH OF THE FOUR DOMAINS ADOPT THE IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY FOLD
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VCI6
#2: 抗体 IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23469.332 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然
詳細: EACH OF THE FOUR DOMAINS ADOPT THE IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY FOLD
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01869, UniProt: Q99LC4*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 20-25% PEG4000, BUFFERED AT PH 5.6 WITH 20MM BIS-TRIS.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mMbis-Tris1drop
210 mg/mlprotein1drop
320-25 %PEG40001reservoir
420 mMBis-Tris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 7862 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3→3.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 88.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 15707 / Rmerge(I) obs: 0.138
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.252

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AD9 - STRUCTURE OF THE ENGINEERED HUMAN CONSTRUCT OF CTM01

1ad9


解像度: 3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED ELECTRON DENSITY IS WEAK FOR RESIDUES H 96 - H 100A OF THE H3 HYPERVARIABLE LOOP. ALL ATOMS FOR THIS LOOP ARE INCLUDED IN THE FINAL MODEL, BUT THE DENSITY ONLY ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED ELECTRON DENSITY IS WEAK FOR RESIDUES H 96 - H 100A OF THE H3 HYPERVARIABLE LOOP. ALL ATOMS FOR THIS LOOP ARE INCLUDED IN THE FINAL MODEL, BUT THE DENSITY ONLY ACCOUNTS FOR THE C-ALPHA TRACE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 538 6.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 7819 91.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.33 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3346 0 0 0 3346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 58 6.3 %
Rwork0.338 862 -
obs--86.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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