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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xtb | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human respiratory complex I matrix arm | ||||||||||||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Respiratory / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Complex I biogenesis / blastocyst hatching / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Respiratory electron transport / respiratory gaseous exchange by respiratory system / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding ...Complex I biogenesis / blastocyst hatching / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Respiratory electron transport / respiratory gaseous exchange by respiratory system / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / neural precursor cell proliferation / cardiac muscle tissue development / : / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / cellular respiration / ubiquinone-6 biosynthetic process / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / sodium ion transport / mitochondrial translation / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / positive regulation of execution phase of apoptosis / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / endopeptidase activator activity / RHOG GTPase cycle / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / cellular response to interferon-beta / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP metabolic process / response to cAMP / Mitochondrial protein degradation / substantia nigra development / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / neurogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic membrane / fatty acid binding / mitochondrial membrane / apoptotic signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / mitochondrial intermembrane space / brain development / negative regulation of cell growth / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / fatty acid biosynthetic process / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / positive regulation of fibroblast proliferation / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protease binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / nuclear body / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Gu, J. / Wu, M. / Yang, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV. 著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang / ![]() 要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 632.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 517.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 112.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 167.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6771MC ![]() 6772C ![]() 6773C ![]() 6774C ![]() 6775C ![]() 6776C ![]() 5xtcC ![]() 5xtdC ![]() 5xteC ![]() 5xthC ![]() 5xtiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 AKO
#1: タンパク質 | 分子量: 47323.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 27-457 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P49821, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3900.312 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 74-106 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 23430.881 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-247 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19404, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 6種, 6分子 BCLPQT
#2: タンパク質 | 分子量: 20314.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O00217, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 17887.928 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 58-213 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O75251, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#11: タンパク質 | 分子量: 13721.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 58-175 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 24432.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 43-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O75489, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#16: タンパク質 | 分子量: 43987.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 79-463 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O75306, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#17: タンパク質 | 分子量: 10578.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 7種, 7分子 EFHIJNW
#4: タンパク質 | 分子量: 13758.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-154 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 9535.905 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 14-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 13119.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 12282.051 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 4-113 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 38387.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 40-375 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 16880.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2560.952 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 7-28 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 GM
#6: タンパク質 | 分子量: 9845.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 75471.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 30-716 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P28331, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
-非ポリマー , 5種, 11分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/8Q1.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/8Q1.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
#19: 化合物 | ChemComp-SF4 / #20: 化合物 | ChemComp-FMN / | #21: 化合物 | ChemComp-8Q1 / | #22: 化合物 | ChemComp-NDP / | #23: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human respiratory complex I matrix arm / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167761 / 対称性のタイプ: POINT |