PDB-4tuy: Tubulin-Rhizoxin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tuy

タイトル

Tubulin-Rhizoxin complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / CYTOSKELETON / TUBULIN FOLD / RHIZOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス,

スペイン, 5件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	310030B_138659	スイス
Ministero de Economia y Competitividad	BIO2010-16351	スペイン
Ministero de Economia y Competitividad	BFU2011-23416	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S201/BMD-2457	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2353	スペイン

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: A new tubulin-binding site and pharmacophore for microtubule-destabilizing anticancer drugs.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2014年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tuy.cif.gz	921.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tuy.ent.gz	760.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tuy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tuy_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tuy_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4tuy_validation.xml.gz	88.9 KB	表示
CIF形式データ	4tuy_validation.cif.gz	125.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tv8C 4tv9C 4i4tS 4i50 4i55 4ihj 4iij 4o2a 4o2b 4o4h 4o4i 4o4j 4o4l S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m8g-d 5iyz-d 5la6-d 5kx5-d 5j2t-d 4tv9-d 5ezy-d 5yl2-d 5bmv-d 5ylj-d 5yz3-d 5ca0-d 5xke-d 5nfz-d 6brf-d 6fkj-d 5lxt-d 6br1-d 4i4t-d 4zhq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (27) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (27)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.310, 156.920, 181.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain / Tubulin alpha chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: STATHMIN-LIKE DOMAIN, Residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 1203分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-36L / (1R,2R,3E,5R,7R,8S,10S,13E,16R)-8-hydroxy-10-[(2S,3R,4E,6E,8E)-3-methoxy-4,8-dimethyl-9-(2-methyl-1,3-oxazol-4-yl)nona-4,6,8-trien-2-yl]-2,7-dimethyl-6,11,19-trioxatricyclo[14.3.1.0~5,7~]icosa-3,13-diene-12,18-dione / Rhizoxin 分子量: 609.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₇NO₈ / コメント: 抗腫瘍剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→68.4 Å / Num. obs: 173215 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.1→62.7 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	8659	5 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.186	173178	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→62.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17256	0	214	1189	18659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	18026
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.658	24500
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.531	6744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	2689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3172

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3404	287	0.313	5448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.2987	283	0.2999	5381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.3189	289	0.2959	5496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.2917	283	0.2826	5383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.3106	287	0.2718	5459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2622	0.2989	285	0.2689	5415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.2945	0.2764	286	0.2567	5424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.289	287	0.2546	5460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.3107	285	0.2494	5408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2858	287	0.2414	5464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.2747	289	0.2266	5478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4898	0.2384	287	0.2194	5452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.2738	285	0.2115	5423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2281	286	0.2019	5435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6458	0.2458	288	0.203	5469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.7074	0.2534	287	0.207	5445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7074-2.7751	0.2679	287	0.2054	5461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7751-2.8501	0.2467	288	0.1957	5475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-2.934	0.2343	288	0.1906	5466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.934-3.0287	0.2084	289	0.1823	5491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0287-3.1369	0.2211	288	0.1762	5470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1369-3.2625	0.2336	290	0.1843	5509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2625-3.411	0.2063	289	0.1783	5486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.411-3.5908	0.1985	290	0.1682	5514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5908-3.8157	0.1752	289	0.1563	5497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8157-4.1103	0.1864	291	0.1497	5521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1103-4.5238	0.1623	293	0.1382	5576	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5238-5.1782	0.1739	293	0.1391	5556	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1782-6.5228	0.1965	297	0.1747	5652	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5228-62.7302	0.1908	306	0.1675	5805	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2116	-0.1568	-0.0797	3.0191	1.1218	2.1014	0.0005	0.112	0.1792	-0.4356	0.2899	-0.3095	-0.668	0.4206	-0.2175	0.5023	-0.1404	0.1136	0.3943	-0.1283	0.3481	31.6808	87.9423	51.895
2	0.999	-0.337	-0.1075	2.3561	1.1374	2.7627	0.0396	0.0355	-0.0062	0.1876	-0.0036	0.1558	-0.155	-0.0407	-0.0454	0.3098	-0.0009	0.0498	0.2512	-0.063	0.2863	19.2053	81.8702	65.8778
3	0.8089	-0.2561	0.0776	3.512	1.3614	1.9473	0.0003	-0.0844	0.0766	0.4254	-0.0057	0.1131	-0.0926	-0.0124	0.0007	0.4075	-0.0024	0.0799	0.3369	-0.0516	0.3205	18.7432	82.9623	73.4377
4	0.7834	0.056	-0.1311	2.3687	1.7026	3.3057	0.0258	-0.0204	-0.186	0.4565	0.358	-0.3747	0.4764	0.7828	-0.373	0.3291	0.0833	-0.0625	0.3407	-0.1239	0.3827	32.6413	61.5058	60.5479
5	3.9922	0.0829	-0.5215	0.6692	2.2128	7.7685	0.0048	-0.3096	0.3079	0.2825	-0.1365	0.1504	-0.687	0.1038	0.0937	1.3858	0.0892	0.1071	0.8491	-0.0859	0.6841	24.2602	65.5627	84.7669
6	3.2721	-0.8229	-0.3374	3.1351	0.7895	2.9229	0.1811	0.257	0.602	-0.2458	-0.0997	0.0608	-0.7092	-0.1651	-0.0608	0.394	0.0393	0.0427	0.3044	-0.0031	0.4131	16.354	69.9597	19.4068
7	1.9991	-0.499	-0.7071	3.1734	0.3876	1.8067	0.11	0.359	-0.0148	-0.3026	0.0588	-0.2603	-0.3725	0.3712	-0.1526	0.3018	-0.0594	0.0286	0.4861	-0.0711	0.2804	29.0728	56.0886	14.5026
8	1.5199	0.7018	-0.4118	2.9323	0.9715	2.2176	0.0312	-0.1029	-0.0639	-0.0223	0.0586	-0.201	-0.0948	0.2275	-0.0707	0.1681	0.001	0.0276	0.3144	-0.0961	0.2918	24.3508	52.9216	25.987
9	3.1786	-1.1026	0.6951	0.6189	-0.5148	0.4797	-0.1678	-0.4282	-0.0344	0.0339	-0.2441	0.6554	0.1388	-0.8239	0.163	0.2469	-0.0723	0.0524	0.6722	-0.2962	0.5284	5.286	50.8064	28.0964
10	0.4317	-0.5171	-0.2049	1.4685	0.6602	1.7357	0.0068	-0.0832	-0.0091	-0.0047	-0.0697	0.2043	-0.2792	-0.3574	0.0551	0.2844	0.0137	0.0264	0.398	-0.1228	0.4058	10.0769	61.7311	35.6185
11	2.1131	-0.4711	0.7038	1.4405	0.2516	2.1295	-0.1436	-0.1595	0.0396	0.2343	-0.1044	0.2331	-0.0794	-0.7017	0.1942	0.3607	0.0394	0.0472	0.553	-0.157	0.4111	6.5108	60.6588	44.7281
12	1.1554	-1.068	-0.2013	2.5717	2.0789	2.2764	-0.0368	-0.0461	-0.1175	0.3154	-0.0445	0.3659	0.4329	-0.1714	0.1039	0.3155	-0.0381	0.0428	0.3058	-0.0514	0.308	15.2255	41.9709	34.0359
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21	0.1692	0.0552	-0.1517	1.2581	1.4754	2.07	-0.0384	-0.0369	-0.0015	0.4283	0.5389	-0.5694	0.5997	0.7355	-0.49	0.3694	0.0911	0.025	0.6461	-0.2016	0.5674	42.6451	29.057	5.7594
22	1.7251	1.2233	-0.9786	3.2423	0.2165	1.1155	-0.5126	0.5277	-0.5549	-0.374	0.1036	-0.0471	1.1141	-0.5519	0.2148	0.981	-0.1786	0.1699	0.5199	-0.1478	0.557	6.2526	54.2637	69.873
23	0.9574	-0.2977	0.1021	1.8877	-0.6418	2.5878	-0.182	-0.9238	-0.5674	0.6835	-0.4175	-0.9448	0.1115	1.5609	0.4428	0.7793	0.0574	-0.124	1.0527	0.3039	0.7586	14.8452	57.8816	106.0501
24	2.1788	0.706	-1.8831	1.3955	-0.4043	1.681	-0.4413	-0.0571	-0.6725	0.0972	0.1352	-0.0655	0.879	-0.0294	-0.0407	0.843	0.0337	0.156	0.343	0.0542	0.5688	-1.1884	52.8817	93.8378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 1:180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 181:311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 312:401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 402:436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 437:438)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 1:88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 89:127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 128:197)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 198:223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 224:295)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 296:373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 374:401)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 402:438)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 1:197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 198:440)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 1:88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 89:295)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 296:401)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 402:441)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'E' AND (RESSEQ 6:46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'E' AND (RESSEQ 47:140)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'F' AND (RESSEQ 1:66)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'F' AND (RESSEQ 67:198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'F' AND (RESSEQ 199:362)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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