PDB-5j2t: Tubulin-vinblastine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j2t

タイトル

Tubulin-vinblastine complex

要素

Stathmin-4
TUBULIN-TYROSINE LIGASE
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain

キーワード

CELL CYCLE / CYTOSKELETON / TUBULIN FOLD / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Waight, A.B. / Bargsten, K. / Doronina, S. / Steinmetz, M.O. / Sussman, D. / Prota, A.E.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Microtubule Destabilization by Potent Auristatin Anti-Mitotics.
著者: Waight, A.B. / Bargsten, K. / Doronina, S. / Steinmetz, M.O. / Sussman, D. / Prota, A.E.

履歴

登録	2016年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j2t.cif.gz	907.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j2t.ent.gz	746.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j2t_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j2t_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5j2t_validation.xml.gz	83.4 KB	表示
CIF形式データ	5j2t_validation.cif.gz	113 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j2t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5iyzC 5j2uC 4i4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m8g-d 4tuy-d 5ezy-d 6fkj-d 5ca0-d 5ylj-d 6brf-d 5iyz-d 5kx5-d 5la6-d 4zhq-d 5bmv-d 5lp6-d 5yl2-d 4tv9-d 5osk-d 5yz3-d 5h7o-d 5xkg-d 6lsm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (29) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: TUBULIN-TYROSINE LIGASE

B: Tubulin beta-2B chain

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.250, 157.740, 182.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACDBEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	TUBULIN-TYROSINE LIGASE 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 7種, 340分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-VLB / (2ALPHA,2'BETA,3BETA,4ALPHA,5BETA)-VINCALEUKOBLASTINE / VINBLASTINE / (2′R)-ビンカロイコブラスチン分子量: 810.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₅₈N₄O₉ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 6% PEG, 12% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.2 Å / Num. obs: 150857 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 12.9 % / R_sym value: 0.158 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / R_sym value: 3.461 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.2→48.168 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	7494	4.97 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1959	150775	97.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17264	0	195	330	17789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	24474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.213	6688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2686
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3169

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.457	207	0.4054	4228	X-RAY DIFFRACTION	87
2.225-2.2512	0.3541	275	0.3504	4551	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2512-2.2786	0.3863	242	0.3519	4775	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2786-2.3075	0.3621	247	0.3302	4830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3075-2.3378	0.3816	264	0.3104	4771	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3378-2.3699	0.3253	264	0.294	4766	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3699-2.4037	0.3261	257	0.29	4782	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4037-2.4396	0.3313	260	0.2865	4800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4396-2.4777	0.3289	239	0.2754	4803	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4777-2.5183	0.3221	240	0.2662	4801	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5183-2.5618	0.3031	225	0.2508	4860	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5618-2.6083	0.2914	258	0.2316	4785	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6083-2.6585	0.2662	254	0.2315	4801	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6585-2.7128	0.3267	247	0.2353	4857	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7128-2.7717	0.2926	234	0.2376	4867	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7717-2.8362	0.3063	254	0.247	4618	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8362-2.9071	0.3293	216	0.23	4476	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9071-2.9857	0.2813	256	0.217	4841	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9857-3.0736	0.2601	269	0.1989	4799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0736-3.1728	0.243	262	0.1894	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1728-3.2861	0.2842	245	0.1966	4872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2861-3.4177	0.2702	288	0.1895	4801	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4177-3.5732	0.217	246	0.1762	4909	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5732-3.7615	0.2177	238	0.1686	4901	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7615-3.997	0.196	249	0.1619	4814	X-RAY DIFFRACTION	99
3.997-4.3055	0.2408	234	0.1964	4516	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3055-4.7384	0.1856	251	0.1352	4901	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7384-5.4233	0.1931	253	0.1408	4936	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4233-6.8296	0.2298	265	0.1769	4815	X-RAY DIFFRACTION	97
6.8296-48.1794	0.1875	255	0.1648	4917	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7295	0.1272	-0.0725	1.7406	0.7397	1.5758	-0.0675	0.1351	-0.0402	-0.4103	0.3084	-0.2955	-0.5642	0.454	0.0006	0.551	-0.1673	0.133	0.5331	-0.1937	0.4664	32.7487	88.1288	52.4884
2	0.3036	-0.0031	-0.1706	1.6465	0.5076	2.0177	0.211	-0.0211	0.0681	0.1679	0.0118	-0.0041	-0.137	0.1257	-0.0002	0.3552	-0.0115	0.0619	0.3832	-0.147	0.4049	19.923	82.5062	66.3748
3	0.7531	0.0218	0.4071	1.2874	0.9093	1.1978	0.0064	-0.1369	0.0129	0.4145	-0.0088	0.2153	0.0277	0.0936	0.0001	0.5949	0.0022	0.0964	0.4653	-0.1006	0.4538	19.4745	83.5101	73.9293
4	0.1222	0.3759	0.1243	0.8518	0.2144	0.2702	-0.0411	-0.0483	-0.2075	0.4407	0.4434	-0.5116	0.6138	0.9693	0.0228	0.4675	0.1957	-0.0964	0.6871	-0.2383	0.5915	32.7185	61.5954	60.8711
5	0.0607	0.1316	-0.0104	0.1508	0.0511	0.0169	-0.1131	0.0085	-0.1722	0.0272	0.0616	-0.0299	0.2438	-0.2161	-0.001	0.5386	-0.0292	0.0476	0.5529	-0.1254	0.5453	23.325	72.8256	62.7809
6	0.8023	-0.6414	0.412	0.5433	-0.4988	0.8116	0.1011	0.2354	0.1476	-0.4239	0.0158	0.0753	-0.5951	-0.0622	-0.0001	0.6388	-0.015	0.0339	0.3555	-0.0328	0.466	16.9398	70.9123	19.4295
7	0.2119	-0.2671	-0.2861	0.2838	0.2558	0.8355	0.0114	0.1195	-0.1334	-0.4917	0.2164	-0.2919	-0.2669	0.429	-0.0001	0.3938	-0.1325	0.0607	0.4743	-0.1084	0.3921	29.1279	56.5875	14.5982
8	0.7773	-0.5509	-0.8333	0.4208	0.4759	1.1115	-0.0391	-0.1054	-0.0187	-0.096	0.1876	-0.1274	-0.0985	0.2519	0.0001	0.3163	-0.0275	0.018	0.4045	-0.0986	0.3963	24.0469	53.5926	26.0306
9	0.2647	-0.3132	-0.1911	0.4205	0.3815	0.3004	0.1745	-0.3594	0.0442	-0.0925	-0.2494	0.1342	0.1311	-0.3079	0.0001	0.3157	-0.0047	-0.0284	0.4814	-0.1283	0.4713	5.0927	52.1505	28.0742
10	0.3775	-0.0725	-0.0234	0.9209	1.4813	2.2515	0.0082	-0.0687	0.1294	-0.1925	-0.1141	0.1114	-0.4052	-0.2518	-0.0024	0.3838	0.0641	-0.0172	0.4242	-0.1181	0.5098	9.5876	62.8925	35.1681
11	0.5495	-0.4394	-0.0287	0.5828	0.744	1.1822	-0.0663	-0.1393	0.0447	0.1026	-0.1566	0.2643	-0.008	-0.5923	0.0001	0.3773	0.0708	0.011	0.5273	-0.1315	0.4778	6.5211	61.9734	44.8178
12	0.0249	-0.0643	0.452	0.0366	0.1244	0.6713	-0.0929	-0.1881	0.0019	0.2761	0.0925	0.1107	0.3642	0.0344	-0.0005	0.3923	0.0105	0.0335	0.4178	-0.063	0.421	14.6032	42.9734	34.0102
13	0.3568	0.0626	0.2687	0.7663	0.0351	0.1355	-0.1604	-0.0989	-0.3489	0.3668	0.0647	-0.234	0.5069	0.3915	0.0003	0.3847	0.0658	-0.0652	0.4165	-0.0175	0.4094	24.7079	38.533	30.9416
14	0.5921	-0.4851	-0.1376	1.5525	0.2943	1.4872	-0.0107	0.2029	0.0177	-0.2354	0.0894	-0.0347	-0.1257	0.1692	0	0.2931	-0.096	0.0275	0.324	-0.0205	0.3248	19.5686	33.0357	-12.0607
15	0.3239	0.0872	-0.2025	0.8749	0.9299	1.4097	-0.0614	0.0292	0.0816	0.0081	-0.0374	0.0775	0.1062	-0.214	0	0.2817	-0.0544	0.0143	0.3387	-0.0354	0.3633	7.1307	26.0219	3.111
16	0.504	-0.4273	0.2106	0.4766	-0.2469	0.4562	-0.3639	0.9814	0.1228	-0.3239	0.3654	0.2285	0.1305	-0.6628	0.0184	0.7649	-0.16	0.0435	1.1027	-0.1272	0.4735	16.5723	9.051	-44.0096
17	1.0929	0.4635	-1.1908	1.1053	0.2101	2.3349	-0.3456	0.5814	-0.1794	-0.3247	0.1408	-0.1246	0.3546	-0.3079	-0.1	0.6032	-0.187	0.1076	0.692	-0.257	0.4328	20.1231	-2.5761	-33.2814
18	0.4498	0.0339	-0.1847	0.8931	-0.2219	1.72	-0.3009	0.4653	-0.2611	-0.0324	0.1471	0.1217	0.4101	-0.4907	0.0097	0.6313	-0.216	0.1005	0.6075	-0.1673	0.5299	8.4938	-4.1582	-20.8802
19	0.25	-0.3365	0.2486	0.32	-0.3152	0.2581	-0.4077	0.1203	-0.4289	0.4194	-0.0163	0.1662	1.1836	0.0979	-0.0034	0.9176	-0.0257	0.2199	0.5868	-0.2411	0.6706	29.9062	-16.4541	-23.6905
20	0.4103	0.1306	0.1881	0.2079	0.4622	0.4775	0.2283	-0.121	0.1825	0.1913	-0.0016	-0.5064	-0.1257	0.7864	0	0.8567	-0.0952	-0.0472	0.7002	-0.1433	0.5425	28.2721	92.3873	82.9339
21	0.1632	-0.373	-0.6542	-0.1422	0.3043	-0.0293	-0.0737	-0.0777	0.0434	0.5607	0.2284	-0.1523	0.6634	0.324	0.0537	0.5483	0.0453	0.0394	0.6861	-0.2777	0.5884	42.3815	29.0459	5.8051
22	0.7719	0.0569	-1.0756	0.4751	-0.1071	1.0909	-0.4277	0.3747	-0.565	0.0393	0.1647	0.0295	0.7092	-0.3111	0.0003	0.7779	-0.1116	0.1172	0.5481	-0.1037	0.6181	6.09	55.2399	69.9332
23	0.799	0.1114	0.335	0.7415	0.6262	0.4468	0.0841	-0.2687	-0.2856	0.3176	-0.0282	-0.3195	0.3314	0.7437	0.0001	0.8467	0.1401	-0.0338	0.9613	0.1859	0.7004	15.6154	57.5549	104.4257
24	1.3541	0.2786	-0.9526	0.827	0.2703	1.7946	-0.2818	0.0002	-0.3536	0.2983	0.1829	0.0868	0.4399	0.119	-0.0154	0.8155	0.1119	0.1647	0.3952	0.0802	0.572	-1.6852	54.3932	93.585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 437 through 450)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 128 through 197)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 198 through 223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 224 through 295)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 296 through 373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 374 through 401)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 402 through 438)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 198 through 440)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 2 through 88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 89 through 295)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 296 through 401)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 402 through 441)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 6 through 46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 47 through 144)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 1 through 66)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 67 through 198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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