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万見
- PDB-2xel: Molecular Mechanism of Pentachloropseudilin Mediated Inhibition o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xel
タイトルMolecular Mechanism of Pentachloropseudilin Mediated Inhibition of Myosin Motor Activity
要素MYOSIN-2 HEAVY CHAIN
キーワードMOTOR PROTEIN / CONTRACTILE PROTEIN / ALLOSTERIC INHIBITOR / NON-HYDROYLSABLE ATP ANALOGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / hypotonic response / actomyosin contractile ring / uropod / apical cortex / detection of mechanical stimulus / negative regulation of actin filament polymerization / actin-myosin filament sliding / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / filopodium assembly / myosin filament / early phagosome / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton organization / cortical actin cytoskeleton / microfilament motor activity / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / response to cAMP / 14-3-3 protein binding / extracellular matrix / cell motility / response to hydrogen peroxide / chemotaxis / actin filament binding / intracellular protein localization / regulation of cell shape / cell cortex / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP METAVANADATE / Chem-IA2 / Myosin-2 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chinthalapudi, K. / Taft, M.H. / Martin, R. / Hartmann, F.K. / Heissler, S.M. / Tsiavaliaris, G. / Gutzeit, H.O. / Knoelker, H.J. / Coluccio, L.M. / Fedorov, R. / Manstein, D.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Mechanism and Specificity of Pentachloropseudilin-Mediated Inhibition of Myosin Motor Activity.
著者: Chinthalapudi, K. / Taft, M.H. / Martin, R. / Heissler, S.M. / Preller, M. / Hartmann, F.K. / Brandstaetter, H. / Kendrick-Jones, J. / Tsiavaliaris, G. / Gutzeit, H.O. / Fedorov, R. / Buss, F. ...著者: Chinthalapudi, K. / Taft, M.H. / Martin, R. / Heissler, S.M. / Preller, M. / Hartmann, F.K. / Brandstaetter, H. / Kendrick-Jones, J. / Tsiavaliaris, G. / Gutzeit, H.O. / Fedorov, R. / Buss, F. / Knoelker, H.J. / Coluccio, L.M. / Manstein, D.J.
履歴
登録2010年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN-2 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3974
ポリマ－88,5141
非ポリマー8833
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.530, 147.490, 153.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MYOSIN-2 HEAVY CHAIN / MYOSIN II HEAVY CHAIN


分子量: 88513.969 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESUDES 2-761 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
プラスミド: PDXA-3H
発現宿主: DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: P08799
#2: 化合物 ChemComp-AD9 / ADP METAVANADATE / ADPバナジン酸


分子量: 527.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P2V
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IA2 / 2,4-DICHLORO-6-(3,4,5-TRICHLORO-1H-PYRROL-2YL)PHENOL / ペンタクロロプソイジリン


分子量: 331.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H4Cl5NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ADP-METAVANADATE: NON-HYDROLYSABLE ATP ANALOGUE. PENTACHLOROPSEUDILIN: 2,4-DICHLORO-6-(3,4,5- ...ADP-METAVANADATE: NON-HYDROLYSABLE ATP ANALOGUE. PENTACHLOROPSEUDILIN: 2,4-DICHLORO-6-(3,4,5-TRICHLORO-1H-PYRROL-2- YL)PHENOL
配列の詳細MOTOR DOMAIN(2-761)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50 MM HEPES PH 7.4, 140 MM NACL, 11% W/V PEG8000, 2% (V/V) MPD, 5 MM MGCL2, 5 MM DTT, 1 MM EGTA.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器タイプ: RAYONIX / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 35588 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.97
反射 シェル解像度: 2.5→2.8 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.99 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→24.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED RESIDUES 698 TO 777 ARE DISORDERED REGION. THEY WERE MODELED STEREOCHEMICALLY BASED ON THE STRUCTURE 2JHR
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1777 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 35532 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.6845 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.93 Å20 Å20 Å2
2--5.03 Å20 Å2
3----11.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6239 0 49 458 6746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
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X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ADPVO3.PARADPVO3.TOP
X-RAY DIFFRACTION5IA2.PARIA2.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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