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- PDB-5fbu: Crystal structure of rifampin phosphotransferase RPH-Lm from List... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fbu
タイトルCrystal structure of rifampin phosphotransferase RPH-Lm from Listeria monocytogenes in complex with rifampin-phosphate
要素Phosphoenolpyruvate synthase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / antibiotic resistance / rifamycins / rifampin / phosphotransferase / ATP grasp domain / phosphohistidine domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rifampicin phosphotransferase / kinase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / ATP-grasp fold, subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Rifampin-phosphate / Rifampicin phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Rifampin phosphotransferase is an unusual antibiotic resistance kinase.
著者: Stogios, P.J. / Cox, G. / Spanogiannopoulos, P. / Pillon, M.C. / Waglechner, N. / Skarina, T. / Koteva, K. / Guarne, A. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Structure summary
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0424
ポリマ－96,9921
非ポリマー1,0513
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area37020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.630, 151.630, 191.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

CL

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate synthase


分子量: 96991.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア)
遺伝子: LmNIHS28_01948 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0X1KHF9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-5WP / Rifampin-phosphate


分子量: 897.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H69N4O14P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Sequence matches to NCBI WP_010958733 but it is not available in UNP database yet.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5 mM rifampin, 5 mM ATP, 35% tacsimate, 10 mM potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→49.63 Å / Num. obs: 30989 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FBT

5fbt


解像度: 2.85→49.633 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2942 1463 4.73 %Random selection
Rwork0.2378 ---
obs0.2405 30933 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→49.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 0 71 167 5680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3417592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5162079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.95190.39511330.32322885X-RAY DIFFRACTION100
2.9519-3.07010.35471490.28982876X-RAY DIFFRACTION100
3.0701-3.20980.35491560.28552891X-RAY DIFFRACTION100
3.2098-3.3790.32991500.26692892X-RAY DIFFRACTION100
3.379-3.59060.35961450.25122914X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-3.86770.28291340.22572934X-RAY DIFFRACTION100
3.8677-4.25680.23351350.21112940X-RAY DIFFRACTION100
4.2568-4.87230.25551630.19662957X-RAY DIFFRACTION100
4.8723-6.13670.30141360.23743017X-RAY DIFFRACTION100
6.1367-49.64010.27681620.23713164X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4019-3.35643.88938.7974-0.1414.10430.0302-0.96060.18111.29450.15490.86871.05652.01030.01281.29940.1118-0.04811.7810.07631.1721-59.1797-43.3244-17.8078
25.1741.5978-0.16076.8966-4.19249.2689-1.0399-0.2849-0.2558-0.4433-0.17470.67360.57130.27461.31611.23070.23470.00061.2350.11051.4862-58.0753-64.0775-18.4592
31.3474-0.2165-1.01014.46470.48645.61880.52550.6317-0.221-2.0378-0.1011-0.0860.216-0.3942-0.27111.92720.5676-0.41630.6375-0.19891.1499-39.2979-35.4613-22.7884
41.4982-0.5535-0.27923.2314-0.4492.35740.2280.56730.4687-0.5928-0.2183-0.1512-0.94450.10750.15030.59520.23020.0337-0.00930.16231.0629-23.7558-28.74230.8091
52.02050.062-0.33771.66110.33951.16350.0045-0.3726-0.01860.0871-0.0270.0056-0.0840.0720.01270.26970.00690.03870.21360.03550.6186-15.4289-44.571720.0477
63.5709-1.0618-0.25681.47790.75121.39950.05060.3464-0.0518-0.3353-0.0418-0.0955-0.14610.07220.01490.3246-0.04610.07230.1880.00670.5974-13.2845-46.8247-0.3036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:35)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 36:178)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 179:309)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 310:430)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 431:723)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 724:867)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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