PDB-5fbs: Crystal structure of rifampin phosphotransferase RPH-Lm from List...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fbs

タイトル

Crystal structure of rifampin phosphotransferase RPH-Lm from Listeria monocytogenes in complex with ADP and magnesium

要素

Phosphoenolpyruvate synthase

キーワード

TRANSFERASE / antibiotic resistance / rifamycins / rifampin / phosphotransferase / ATP grasp domain / phosphohistidine domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Phosphohistidine domain / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Rifampin phosphotransferase is an unusual antibiotic resistance kinase.
著者: Stogios, P.J. / Cox, G. / Spanogiannopoulos, P. / Pillon, M.C. / Waglechner, N. / Skarina, T. / Koteva, K. / Guarne, A. / Savchenko, A. / Wright, G.D.

履歴

登録	2015年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fbs.cif.gz	328.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fbs.ent.gz	266.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fbs_validation.pdf.gz	753.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fbs_full_validation.pdf.gz	771.5 KB	表示
XML形式データ	5fbs_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	5fbs_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fbtSC 5fbuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hv2-d 5hv1-d 3kx4-d 5fbt-d 1og5-d 2dpi-1 5hv3-d 4f7u-d 4p3i-d 1t3n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95066 TargetTrack: IDP95066

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate synthase

ヘテロ分子

97.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.510, 58.510, 601.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate synthase 分子量: 96991.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア) プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Sequence matches to NCBI WP_010958733 which is not available in UNP database yet.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5 mM ADP, 20% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 2% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→50.54 Å / Num. obs: 34559 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.59→2.66 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FBT

5fbt

解像度: 2.59→50.54 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3177	1722	5 %	Random selection
R_work	0.2604	-	-	-
obs	0.2634	34559	99.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→50.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6161	0	28	49	6238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.161	8507
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.947	2370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	983
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5901-2.6305	0.3872	141	0.3579	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6305-2.6737	0.4223	143	0.3567	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6737-2.7198	0.4692	138	0.3554	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7198-2.7692	0.4313	149	0.3586	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7692-2.8225	0.3928	143	0.3526	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8225-2.8801	0.3593	135	0.3374	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8801-2.9427	0.3804	143	0.3301	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9427-3.0111	0.3324	139	0.3068	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0111-3.0864	0.3261	146	0.2985	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0864-3.1699	0.312	136	0.3003	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1699-3.2631	0.3426	148	0.2905	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2631-3.3684	0.3655	134	0.2904	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3684-3.4888	0.3191	147	0.2699	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4888-3.6284	0.3507	144	0.2482	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6284-3.7935	0.2957	144	0.2568	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7935-3.9935	0.3147	138	0.247	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9935-4.2435	0.2931	142	0.2329	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2435-4.571	0.2598	133	0.2218	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
4.571-5.0306	0.3074	133	0.2032	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0306-5.7577	0.2751	144	0.2346	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7577-7.2506	0.2938	136	0.2383	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2506-50.5502	0.286	139	0.2264	2579	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7476	0.6833	-0.9066	1.1583	0.4348	3.0328	0.1057	-0.0015	0.2733	0.1384	0.0727	0.1439	-0.0898	-0.3573	-0.1681	0.3521	0.1052	-0.002	0.3474	0.0669	0.3009	-20.3273	-10.9132	66.6786
2	5.0937	-1.5466	1.815	2.9702	-1.7764	8.3899	-0.106	-0.1447	-0.6071	-0.216	0.2254	-0.0753	0.4341	0.2694	-0.1335	0.3135	0.0555	0.0423	0.2151	-0.0795	0.3128	-11.7479	-16.1043	49.8806
3	2.6065	-0.2778	-0.1141	2.7871	0.9389	0.6544	-0.2305	0.2269	0.7044	-0.4901	0.0789	0.4208	-0.1655	-0.0201	0.1156	0.4098	-0.1193	-0.0969	0.4609	0.0131	0.5627	-33.4082	9.0256	21.8639
4	1.3852	0.8282	-1.8686	0.7308	-1.2961	2.6064	0.6303	-0.5129	0.33	0.6329	0.1319	0.4401	-0.466	0.2819	-0.3815	1.0243	-0.3099	-0.6366	0.6449	0.0255	1.2511	-24.0499	32.4412	8.4768
5	3.2305	0.6252	-0.0874	3.1849	0.6832	0.5405	-0.1817	-0.2147	0.5229	-0.1163	0.0799	0.0489	-0.0524	0.0937	0.1109	0.3114	-0.0211	-0.0377	0.4669	-0.0141	0.2971	-28.469	8.9429	30.6669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:265)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 266:326)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 327:612)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 613:658)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 659:865)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)