PDB-4p3i: Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p3i

タイトル

Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in complex with LeA HBGA.

要素

P domain of VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / P domain / Capsid protein / Norovirus / HBGA / LeA / Lewis HBGA / nonsecretor

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6941 Å

データ登録者

Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R. / Estes, M. / Prasad, B.V.V.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)		米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)		米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)		米国

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of determinants of histo-blood group antigen binding specificity in genogroup I noroviruses.
著者: Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月21日	Group: Database references
改定 2.0	2018年3月21日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / diffrn_detector / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support / Item: _chem_comp.type
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2020年8月5日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 3.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p3i.cif.gz	463.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p3i.ent.gz	380.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p3i_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p3i_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	4p3i_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	4p3i_validation.cif.gz	81.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4p12C 4p1vC 4p25C 4p26C 4p2nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p2n-2 4p1v-2 4p2n-1 4p1v-1 6gvy-d 4p12-1 6h1t-2 4p25-1 4p12-2 6n6q-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: P domain of VP1

B: P domain of VP1

C: P domain of VP1

D: P domain of VP1

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: P domain of VP1

B: P domain of VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: P domain of VP1

D: P domain of VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.168, 63.277, 90.400
Angle α, β, γ (deg.)	72.77, 82.20, 60.31
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

P domain of VP1

分子量: 32617.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8FL04

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis A antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3[LFucpa1-4]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(4+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Formate 0.1M Bis Tris Propane 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.694→40 Å / Num. obs: 122863 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.3

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.6941→38.92 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 17.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1774	6146	5.03 %	Random
R_work	0.1551	-	-	-
obs	0.1562	122269	96.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6941→38.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8686	0	144	1237	10067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	9096
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.461	12466
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.852	3297
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6941-1.7134	0.2606	138	0.2152	2741	X-RAY DIFFRACTION	67
1.7134-1.7335	0.2337	177	0.2105	3698	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7335-1.7547	0.2438	197	0.2002	3753	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7547-1.7769	0.2405	183	0.2026	3898	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7769-1.8003	0.239	207	0.1858	3859	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8003-1.8249	0.2144	208	0.1759	3788	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8249-1.851	0.1906	213	0.1663	3886	X-RAY DIFFRACTION	97
1.851-1.8786	0.1877	205	0.1672	3862	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8786-1.908	0.2076	218	0.1638	3885	X-RAY DIFFRACTION	97
1.908-1.9393	0.1843	209	0.1606	3870	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9393-1.9727	0.1923	214	0.1602	3935	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9727-2.0086	0.1854	217	0.1603	3909	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0086-2.0472	0.1993	205	0.156	3868	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0472-2.089	0.1888	196	0.1491	3879	X-RAY DIFFRACTION	97
2.089-2.1344	0.1783	199	0.1497	3930	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1344-2.1841	0.1784	212	0.1481	3926	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1841-2.2387	0.1584	226	0.1432	3892	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2387-2.2992	0.1755	200	0.1521	3963	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2992-2.3668	0.1772	210	0.1509	3922	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3668-2.4432	0.2028	219	0.1568	3933	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4432-2.5305	0.1737	199	0.1659	3934	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5305-2.6318	0.1816	232	0.1608	3938	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6318-2.7516	0.2032	193	0.1677	3985	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7516-2.8966	0.1889	203	0.1646	3939	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8966-3.078	0.1798	200	0.1581	3987	X-RAY DIFFRACTION	99
3.078-3.3155	0.1443	205	0.1412	4013	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3155-3.649	0.1539	209	0.1371	3967	X-RAY DIFFRACTION	99
3.649-4.1765	0.1436	228	0.1327	3981	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1765-5.2598	0.1492	192	0.1308	4014	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2598-38.9306	0.1849	232	0.177	3968	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0303	-0.1969	0.2268	1.0929	0.3882	1.4655	0.0071	0.0666	-0.0098	0.0224	-0.0114	-0.045	-0.0116	0.0378	0.0121	0.1092	-0.0243	0.0071	0.0872	0.0059	0.0791	99.0869	63.4804	-28.4556
2	2.2678	-0.5266	0.0257	0.8108	-0.0484	1.2111	-0.0314	-0.2818	-0.07	0.121	0.0586	0.0995	-0.0235	-0.3002	0.03	0.1486	-0.0265	0.0282	0.1868	0.0019	0.1009	79.0078	63.1104	-21.3153
3	1.8788	-0.2084	0.4121	1.4846	-0.0061	1.6465	-0.0314	-0.1601	0.1518	0.0615	0.0086	0.1184	-0.1404	-0.2315	0.0197	0.1186	0.0156	0.0297	0.1369	-0.0161	0.1128	77.6064	72.9355	-28.2088
4	1.6393	-0.3638	0.3807	0.5738	0.0235	0.2972	-0.099	-0.1713	0.1516	0.0888	0.0643	-0.0874	-0.097	-0.082	0.0394	0.149	-0.0165	-0.0065	0.1241	-0.0244	0.1296	96.3837	70.401	-24.0061
5	3.0425	0.0525	0.0874	1.932	0.0327	1.3609	0.0226	-0.1256	-0.4108	0.1414	0.0113	-0.0377	0.2542	0.1031	-0.0189	0.1602	-0.0002	-0.0124	0.0938	0.0089	0.1325	101.9756	51.9309	-24.0243
6	3.0063	0.3221	-0.1203	2.5288	-0.272	2.6283	0.0439	0.0062	-0.0883	-0.1144	-0.0467	-0.1358	0.0138	0.2885	-0.0266	0.1132	-0.0022	-0.015	0.088	-0.0095	0.1326	110.7156	59.7802	-28.5474
7	2.7078	0.2409	0.7535	2.7665	-0.7541	3.3521	-0.0074	-0.0657	-0.009	0.2087	0.0131	-0.2145	0.0001	0.3187	-0.0168	0.1153	0.0034	0.0002	0.1149	-0.0248	0.1553	111.846	58.3011	-26.7912
8	0.7865	0.1771	-0.0729	0.99	-0.2904	0.8891	0.0018	0.0784	-0.0269	-0.0425	-0.0027	0.0421	0.042	-0.0882	-0.0035	0.0832	-0.0184	-0.0059	0.1039	-0.0123	0.0843	81.8501	56.1131	-46.8455
9	0.3523	-0.6225	-0.3267	6.7223	-0.6642	0.4586	0.0212	0.1946	-0.1465	-0.1716	0.159	0.7048	0.008	-0.3664	-0.1431	0.1248	-0.0249	-0.0035	0.1814	0.026	0.1835	71.4922	51.1556	-39.1438
10	0.9938	-0.0116	-0.1852	1.2543	-0.4382	1.2427	-0.0093	-0.0273	-0.1949	0.0434	-0.0327	-0.0888	0.1163	0.0402	0.0583	0.1545	-0.0293	-0.013	0.092	0.015	0.1678	83.548	38.4169	-32.1275
11	4.5451	-0.7824	-0.1792	2.5859	-0.2934	0.4046	0.013	0.1185	-0.4442	-0.0124	-0.0771	0.1089	0.1585	-0.0442	0.0433	0.1917	-0.0493	-0.0074	0.137	0.035	0.1675	80.0418	33.1803	-30.169
12	1.7866	0.2937	-0.0694	0.8482	-0.0947	0.6236	-0.0242	-0.0386	0.0657	-0.0187	0.0432	0.0585	-0.0334	0.0207	-0.03	0.0709	0.0076	0.0008	0.0615	0.007	0.0678	81.4948	50.4135	8.3935
13	3.3884	1.1265	0.6742	1.3017	0.3523	0.7114	0.0403	0.1587	0.151	-0.3021	0.1002	-0.5202	-0.148	0.1426	0.1015	0.1343	-0.0091	0.0609	0.1238	-0.002	0.1704	102.7147	53.7401	3.487
14	2.0015	-0.0376	0.5415	1.186	-0.4874	1.6616	0.0121	0.0437	0.0291	-0.0214	-0.0748	-0.1522	0.0439	0.2334	0.022	0.0541	-0.008	0.0136	0.0981	-0.0076	0.082	100.9324	52.0186	13.3524
15	1.665	0.2571	0.2805	0.6511	-0.2908	0.8028	-0.0076	-0.0791	0.1448	-0.0262	0.0389	0.0585	-0.0949	-0.0144	-0.0105	0.0631	0.0088	0.0145	0.0601	-0.0072	0.0894	82.3885	54.4794	12.4457
16	1.7235	-0.3621	-0.0476	1.9684	-0.3667	2.6258	0.0176	-0.0499	0.0224	-0.078	0.0577	0.2801	-0.0497	-0.228	-0.0584	0.0691	0.0134	-0.0228	0.0976	0.0129	0.1251	63.3279	49.7548	7.5625
17	0.4674	-0.1429	-0.2161	0.563	0.3603	1.5744	-0.0008	-0.0491	-0.0631	-0.0173	-0.0078	0.0183	0.0072	0.0122	0.0066	0.0731	-0.0003	0.002	0.0562	0.0078	0.0714	86.3181	29.0919	12.8236
18	1.0508	0.0955	0.1731	0.9609	0.4157	1.1529	-0.0131	-0.2202	0.0176	0.106	-0.0113	-0.068	0.0288	0.0185	-0.005	0.0964	0.0059	-0.0035	0.1369	0.018	0.0787	93.4254	34.2885	27.9762
19	0.503	-0.165	0.1668	0.9312	0.7059	1.2493	0.024	-0.048	-0.0986	0.0808	0.011	-0.0363	0.1841	0.0892	-0.0185	0.0869	0.0169	0.0029	0.0914	0.0196	0.0812	93.6482	24.2372	11.7798
20	1.2794	0.0857	0.5164	2.3573	1.3344	1.8366	-0.0393	0.0713	-0.2002	-0.2173	-0.1009	0.3004	-0.1463	-0.3094	0.1629	0.1153	0.007	-0.026	0.1442	-0.0397	0.091	75.538	28.9351	-0.3806
21	1.2542	0.3188	0.6905	2.6488	-0.0939	1.3377	0.01	0.071	0.0567	-0.2185	-0.0303	-0.0918	-0.0033	0.2453	0.0289	0.1232	0.0187	0.0049	0.0977	-0.0177	0.0704	88.3825	26.9371	-10.8058
22	1.9427	0.3197	0.2944	1.3228	0.7431	1.2744	0.1645	0.1446	-0.1671	-0.241	-0.1591	-0.0704	0.023	0.0018	-0.0187	0.1699	0.0447	-0.0033	0.0847	-0.0107	0.0574	87.3713	24.8999	-11.4719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 231 through 270 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 271 through 317 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 318 through 397 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 398 through 448 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 449 through 473 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 474 through 500 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 501 through 525 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 232 through 425 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 426 through 441 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 442 through 500 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 501 through 525 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 232 through 297 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 298 through 319 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 320 through 377 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 378 through 458 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 459 through 526 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 232 through 331 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 332 through 377 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 378 through 448 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 449 through 465 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 466 through 500 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 501 through 526 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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