PDB-4p12: Native Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p12

タイトル

Native Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant.

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / P domain / Capsid protein / Norovirus / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6011 Å

データ登録者

Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R. / Estes, M. / Prasad, B.V.V.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of determinants of histo-blood group antigen binding specificity in genogroup I noroviruses.
著者: Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2014年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p12.cif.gz	471.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p12.ent.gz	387.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/4p12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/4p12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p1vC 4p25C 4p26C 4p2nC 4p3iC 2zl5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p2n-2 4p1v-1 4p3i-2 4p3i-1 4p1v-2 4p25-1 2zl7-d 4p2n-1 4p25-2 5n7m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

C: Major capsid protein

D: Major capsid protein

130 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Major capsid protein

D: Major capsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Major capsid protein

C: Major capsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.181, 63.179, 90.470
Angle α, β, γ (deg.)	99.51, 97.89, 119.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

Gel filtration shows dimer

#1: タンパク質	Major capsid protein 分子量: 32617.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8FL04
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Formate, 0.1M Bis Tris Propane, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 146576 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZL5

2zl5

解像度: 1.6011→39.018 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1817	7189	5.02 %	Random
R_work	0.1555	-	-	-
obs	0.1568	143078	94.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6011→39.018 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8888	0	0	1418	10306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.241	12576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.223	3287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	1392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6011-1.6193	0.267	130	0.2085	2703	X-RAY DIFFRACTION	55
1.6193-1.6384	0.2688	181	0.203	3503	X-RAY DIFFRACTION	74
1.6384-1.6584	0.246	222	0.1953	4201	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6584-1.6794	0.2278	242	0.187	4496	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6794-1.7015	0.2047	225	0.181	4524	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7015-1.7248	0.2328	256	0.1779	4569	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7248-1.7494	0.2126	230	0.1767	4561	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7494-1.7755	0.2241	222	0.1718	4674	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7755-1.8033	0.1921	256	0.1658	4569	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8033-1.8328	0.1915	246	0.1624	4596	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8328-1.8644	0.1884	236	0.1549	4621	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8644-1.8983	0.1638	234	0.1545	4598	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8983-1.9348	0.1744	240	0.1586	4646	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9348-1.9743	0.1983	244	0.1551	4666	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9743-2.0173	0.1807	245	0.1525	4564	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0173-2.0642	0.171	247	0.1505	4649	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0642-2.1158	0.1763	246	0.1506	4693	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1158-2.173	0.1719	277	0.1494	4590	X-RAY DIFFRACTION	97
2.173-2.2369	0.1885	250	0.1438	4654	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2369-2.3091	0.1722	250	0.152	4684	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3091-2.3917	0.1831	245	0.1569	4681	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3917-2.4874	0.2042	230	0.1641	4679	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4874-2.6006	0.19	263	0.1675	4695	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6006-2.7377	0.2007	234	0.1678	4725	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7377-2.9091	0.1988	257	0.1659	4714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9091-3.1337	0.19	276	0.1574	4681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1337-3.4488	0.1648	266	0.142	4677	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4488-3.9475	0.153	266	0.1371	4757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9475-4.9718	0.1381	252	0.1267	4711	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9718-39.03	0.1941	221	0.1701	4808	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4624	-0.1707	-0.0164	0.7045	-0.0174	0.9733	-0.0093	-0.081	0.0544	0.0737	0.0164	-0.0272	-0.0109	0.0967	0.0102	0.0816	-0.0266	-0.0064	0.0758	-0.003	0.0555	29.7204	14.1078	61.2547
2	1.4783	-0.1798	-0.1831	1.3642	0.0957	1.4486	-0.0312	-0.149	-0.0752	0.048	0.0187	-0.1268	0.0934	0.1907	0.042	0.0672	0.0043	-0.0221	0.095	0.0088	0.0844	41.1985	4.2641	57.6365
3	1.2135	-0.1887	-0.2915	0.9109	0.1007	0.6726	-0.0328	-0.1337	-0.0826	0.1147	0.0324	-0.0035	0.0339	0.0484	-0.0182	0.0745	-0.0167	-0.0021	0.0707	0.0118	0.0632	23.2315	9.7041	62.3504
4	2.2136	0.2347	0.3134	2.3071	0.4111	2.3332	0.0368	0.0194	0.1109	0.0458	-0.0197	0.2032	-0.1539	-0.2178	0.035	0.0714	0.0042	0.0304	0.0835	0.0078	0.1161	9.044	19.8342	59.2042
5	2.8397	0.3646	-1.2381	3.1068	1.0123	3.6228	0.0332	-0.0472	-0.0342	0.1507	0.0181	0.2725	0.0191	-0.2558	-0.0238	0.0689	0.0156	-0.0185	0.0951	0.0222	0.1115	6.6143	18.1962	58.7934
6	1.5852	0.1517	0.1664	1.2533	0.0308	1.039	-0.0078	0.0268	-0.0402	-0.0928	0.0004	-0.0983	0.0276	0.0612	0.0408	0.0757	0.0134	0.001	0.0732	-0.0089	0.0762	9.8115	-28.1114	92.2961
7	2.2893	0.5724	0.2177	0.9729	-0.129	0.2463	0.0038	0.0104	-0.155	-0.0712	0.0638	0.3514	0.0355	-0.258	0.068	0.1158	0.0027	-0.0319	0.1419	-0.0027	0.139	-15.5069	-30.6	90.3863
8	2.1169	0.0577	-0.4837	1.0243	0.2244	1.8118	-0.0058	0.0582	-0.0264	-0.0326	-0.0663	0.2018	0.0101	-0.273	0.0368	0.0623	0.0005	-0.0192	0.1168	-0.0026	0.0939	-13.8744	-30.1279	99.0183
9	1.7085	0.1445	-0.3512	0.4932	0.1722	0.842	-0.0435	-0.0669	-0.2028	-0.0102	0.0298	-0.0388	0.1309	0.0016	-0.0259	0.0846	0.0103	-0.0114	0.0623	-0.0031	0.087	4.3819	-33.3232	98.024
10	2.0727	-0.3813	-0.0584	2.0321	0.6102	2.7786	0.0003	-0.109	0.0012	-0.07	0.0278	-0.2511	0.0613	0.2785	-0.051	0.0838	0.0227	0.0218	0.1094	-0.0018	0.1263	23.8544	-28.0987	93.3212
11	0.5113	-0.157	0.2564	0.6502	-0.4675	1.4741	0.0197	-0.011	0.0228	-0.0931	-0.0287	0.0035	0.0536	-0.0182	0.0161	0.0813	0.0062	-0.0051	0.0597	-0.0114	0.0612	0.9756	-7.8854	97.7617
12	0.6447	0.1132	-0.3878	0.6835	-0.5634	1.5054	0.0163	-0.0573	0.0298	0.0252	-0.0044	0.054	-0.0851	-0.074	0.01	0.07	0.0089	-0.0121	0.0747	-0.0179	0.0627	-4.7454	-7.1684	102.6134
13	1.2036	0.0998	-0.4308	1.2328	-0.2635	1.6138	0.0513	0.143	0.0698	-0.2287	-0.0997	0.0146	0.0144	-0.0585	0.0257	0.1577	0.0476	-0.0044	0.098	0.0154	0.0643	0.8596	-3.9579	75.2772
14	0.6539	0.4447	0.2868	0.9979	0.4899	0.9935	0.0203	0.031	0.0431	-0.0016	0.0062	-0.0441	-0.0484	0.039	-0.0076	0.0544	-0.0139	0.0064	0.0623	0.0097	0.0716	33.7157	24.3662	42.0665
15	1.4928	-0.3913	-0.0164	1.7272	-0.2262	1.1646	0.0214	0.1029	-0.0577	-0.0916	-0.037	-0.0476	0.046	0.0667	0.0018	0.0552	-0.0092	0.0023	0.0697	-0.0178	0.0592	37.1068	11.5574	34.7889
16	1.0061	-0.5005	0.1151	1.0289	0.3704	1.6326	0.0846	0.0524	0.0902	-0.0366	-0.0379	-0.2725	-0.0003	0.2005	0.0247	0.0641	0.0076	0.0109	0.0787	-0.0008	0.1201	45.3563	15.7842	38.1211
17	3.1071	-0.1425	0.103	3.792	-0.0567	1.2055	-0.0673	0.6594	0.2136	-0.5613	0.056	0.4012	-0.24	0.0049	-0.0395	0.1975	-0.0319	-0.0038	0.2039	0.0448	0.1554	36.0164	29.7199	30.3612
18	0.7797	0.2406	0.1669	2.9567	-0.3836	0.9979	-0.0103	0.0751	0.1509	-0.2155	0.0625	-0.2575	-0.1196	0.1569	0.0124	0.0994	-0.0463	0.0089	0.0907	-0.0059	0.1291	45.0464	32.8515	45.689
19	0.5414	0.75	0.0181	1.2414	0.5355	1.3188	-0.0172	-0.0272	0.1936	0.0888	-0.0403	0.1998	-0.0597	-0.095	0.0437	0.1106	-0.0255	0.0067	0.0745	-0.024	0.1369	30.9337	35.9398	51.7219
20	1.0396	0.2327	-0.0186	1.1279	-0.1139	1.075	-0.0677	-0.0693	0.1127	0.066	0.0402	-0.0387	-0.1615	0.0451	0.0641	0.1035	-0.0245	0.0091	0.0687	-0.021	0.1506	40.1088	41.6201	55.8231
21	4.3634	-0.7091	0.4019	3.5972	-0.5929	0.2691	0.0096	0.0123	0.3053	0.011	-0.0821	-0.134	-0.0734	0.0969	0.0529	0.1303	-0.0384	0.0048	0.0915	-0.0488	0.0955	38.8026	43.6557	55.6088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 229 through 317 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 318 through 397 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 398 through 458 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 459 through 500 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 501 through 526 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 226 through 289 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 290 through 319 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 320 through 377 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 378 through 458 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 459 through 526 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 232 through 317 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 318 through 458 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 459 through 526 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 232 through 317 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 318 through 377 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 378 through 397 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 398 through 417 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 418 through 441 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 442 through 473 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 474 through 500 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 501 through 526 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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