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Yorodumi- PDB-4p1v: Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p1v | ||||||||||||
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Title | Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in complex with H-type 2 HBGA | ||||||||||||
Components | P domain of VPI | ||||||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / P domain / Capsid protein / Norovirus / HBGA / H-type2 / Secretor | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||||||||
Biological species | Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5497 Å | ||||||||||||
Authors | Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R. / Estes, M. / Prasad, B.V.V. | ||||||||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2014 Title: Structural analysis of determinants of histo-blood group antigen binding specificity in genogroup I noroviruses. Authors: Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p1v.cif.gz | 471.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p1v.ent.gz | 384.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p1v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/4p1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/4p1v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4p12SC 4p25C 4p26C 4p2nC 4p3iC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Oligomeric state confirmed by gel filtration |
-Components
#1: Protein | Mass: 32617.451 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G8FL04 #2: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / H type 2 antigen / beta anomer #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2M Sodium Formate 0.1M Bis Tris Propane 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97935 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray / Wavelength: 0.97935 Å |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5497→40 Å / Num. obs: 161305 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 3.7 % / Net I/σ(I): 14.6 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4P12 Resolution: 1.5497→38.954 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 16.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5497→38.954 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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