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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f7u | ||||||
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Title | The 6S snRNP assembly intermediate | ||||||
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![]() | SPLICING / Assembly Machine | ||||||
Function / homology | ![]() SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / snRNP Assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase II Transcription Termination / mRNA Splicing - Major Pathway / hair cycle / U7 snRNP / U12-type spliceosomal complex / methylosome ...SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / snRNP Assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase II Transcription Termination / mRNA Splicing - Major Pathway / hair cycle / U7 snRNP / U12-type spliceosomal complex / methylosome / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / cell volume homeostasis / telomerase holoenzyme complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / chloride transport / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grimm, C. / Pelz, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of assembly chaperone- mediated snRNP formation. Authors: Clemens Grimm / Ashwin Chari / Jann-Patrick Pelz / Jochen Kuper / Caroline Kisker / Kay Diederichs / Holger Stark / Hermann Schindelin / Utz Fischer / ![]() Abstract: Small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) represent key constituents of major and minor spliceosomes. snRNPs contain a common core, composed of seven Sm proteins bound to snRNA, which forms in a step- ...Small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) represent key constituents of major and minor spliceosomes. snRNPs contain a common core, composed of seven Sm proteins bound to snRNA, which forms in a step-wise and factor-mediated reaction. The assembly chaperone pICln initially mediates the formation of an otherwise unstable pentameric Sm protein unit. This so-called 6S complex docks subsequently onto the SMN complex, which removes pICln and enables the transfer of pre-assembled Sm proteins onto snRNA. X-ray crystallography and electron microscopy was used to investigate the structural basis of snRNP assembly. The 6S complex structure identifies pICln as an Sm protein mimic, which enables the topological organization of the Sm pentamer in a closed ring. A second structure of 6S bound to the SMN complex components SMN and Gemin2 uncovers a plausible mechanism of pICln elimination and Sm protein activation for snRNA binding. Our studies reveal how assembly factors facilitate formation of RNA-protein complexes in vivo. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2102C ![]() 4v98C ![]() 4f77 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 5 types, 10 molecules ACBDEHFIGJ
#1: Protein | Mass: 13310.653 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 13551.928 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 10817.601 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 9734.171 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 8508.084 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Protein , 1 types, 2 molecules QP
#6: Protein | Mass: 14661.660 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 2 types, 373 molecules ![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ChemComp-P6G / |
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#8: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Sequence details | THE SEQUENCE FOR CHAIN P AND Q (PICLN) MATCHES TO THE SEQEUNCE OF GENBANK ACCESSION NO AAF21126. ...THE SEQUENCE FOR CHAIN P AND Q (PICLN) MATCHES TO THE SEQEUNCE OF GENBANK ACCESSION NO AAF21126. THE MISMATCH TO UNP ACCESS A1ZAW5 AT POSITION 6 IS DUE TO POLYMORPHI |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 15% Jeffamine ED-2003 titrated to pH 7, 10% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2011 |
Radiation | Monochromator: XXX / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9393 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49.6 Å / Num. all: 91669 / Num. obs: 88058 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 2.69 % |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Redundancy: 2.71 % / Rsym value: 0.582 / % possible all: 96.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4F77 ![]() 4f77 Resolution: 1.898→49.627 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.99 / Phase error: 23.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.437 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.898→49.627 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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