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Yorodumi- PDB-6kx8: Crystal structure of mouse Cryptochrome 2 in complex with TH301 c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kx8 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of mouse Cryptochrome 2 in complex with TH301 compound | ||||||||||||
Components | Cryptochrome-2 | ||||||||||||
Keywords | CIRCADIAN CLOCK PROTEIN | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of sodium-dependent phosphate transport / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding / FAD binding ...regulation of sodium-dependent phosphate transport / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding / FAD binding / response to activity / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / response to insulin / regulation of circadian rhythm / kinase binding / circadian rhythm / protein import into nucleus / glucose homeostasis / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||||||||
Authors | Miller, S.A. / Aikawa, Y. / Hirota, T. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2020 Title: Isoform-selective regulation of mammalian cryptochromes. Authors: Miller, S. / Son, Y.L. / Aikawa, Y. / Makino, E. / Nagai, Y. / Srivastava, A. / Oshima, T. / Sugiyama, A. / Hara, A. / Abe, K. / Hirata, K. / Oishi, S. / Hagihara, S. / Sato, A. / Tama, F. / ...Authors: Miller, S. / Son, Y.L. / Aikawa, Y. / Makino, E. / Nagai, Y. / Srivastava, A. / Oshima, T. / Sugiyama, A. / Hara, A. / Abe, K. / Hirata, K. / Oishi, S. / Hagihara, S. / Sato, A. / Tama, F. / Itami, K. / Kay, S.A. / Hatori, M. / Hirota, T. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kx8.cif.gz | 457 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6kx8.ent.gz | 309.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kx8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6kx8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6kx8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6kx8_validation.xml.gz | 36.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6kx8_validation.cif.gz | 51.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kx8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6kx4C 6kx5C 6kx6C 6kx7C 4mlpS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 58847.195 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Cry2 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q9R194 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 100 mM HEPES-NaOH pH 7.0, 15% (w/v) PEG3350, 200 mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→47.11 Å / Num. obs: 53577 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.37 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7790 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.315 / Rrim(I) all: 0.576 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MLP Resolution: 2.25→47.08 Å / SU ML: 0.2492 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.7981
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→47.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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