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Structure paper

タイトルUncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
ジャーナル・号・ページEur. J. Med. Chem., Vol. 299, Page 118048-118048, Year 2025
掲載日2024年10月12日 (構造データの登録日)
著者Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.
リンクEur. J. Med. Chem. / PubMed:40803165
手法X線回折
解像度1.53 - 2.49 Å
構造データ

PDB-9jyo:
Crystal structure of the Pin1 and fragment 2 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9jyp:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 3 complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9jyr:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 4 complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-9jyt:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 1 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-9jyv:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 6 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9jz2:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 7 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-9jz3:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 8 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-9jz4:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 9 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-9jz6:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 11 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-9jzg:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 12 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-9jzs:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 13 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-9jzu:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 14 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-9jzv:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 15 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9ke7:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 23 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-9ke9:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 22 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-9keb:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 24 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-9kec:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 25 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-9kel:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 26 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-9keq:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 27 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-9kes:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 28 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-9kew:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 29 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9key:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 30 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

PDB-9kez:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 31 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-9kf0:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 32 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-9kfc:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 40 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-9kfh:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 52 complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-9kg9:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 18 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-9kx7:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 34 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-9kx9:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 35 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-9kxc:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 36 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-9kxd:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 37 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9kxe:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 38 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-9kxf:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 39 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.71 Å

PDB-9kxg:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 41 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-9kxh:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 42 complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-9kxi:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 31 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-9kxj:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 53 complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-9kxl:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 56 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9kxm:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 57 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-9kxn:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 58 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-9kxo:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 21 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-9kxp:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 33 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-9kxq:
Crystal structure of the PIN1 and fragment 55 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-9v92:
Crystal structure of the Pin1 and Frag61 complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

化合物

PDB-1edy:
CRYSTAL STRUCTURE OF RAT ALPHA 1-MACROGLOBULIN RECEPTOR BINDING DOMAIN

ChemComp-PE8:
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1edz:
STRUCTURE OF THE NAD-DEPENDENT 5,10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE

ChemComp-P33:
3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / 沈殿剤*YM

PDB-1ed0:
NMR structural determination of viscotoxin A3 from Viscum album L.

PDB-1edx:
SOLUTION STRUCTURE OF AMINO TERMINUS OF BOVINE RHODOPSIN (RESIDUES 1-40)

PDB-1ed2:
Unknown entry

PDB-1ed3:
CRYSTAL STRUCTURE OF RAT MINOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN COMPLEX RT1-AA/MTF-E.

PDB-1ed4:
BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WITH IPITU (H4B FREE)

PDB-1ed5:
BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WITH NNA(H4B FREE)

ChemComp-PE4:
2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / 沈殿剤*YM

PDB-1ed7:
SOLUTION STRUCTURE OF THE CHITIN-BINDING DOMAIN OF BACILLUS CIRCULANS WL-12 CHITINASE A1

PDB-1ed8:
STRUCTURE OF E. COLI ALKALINE PHOSPHATASE INHIBITED BY THE INORGANIC PHOSPHATE AT 1.75A RESOLUTION

PDB-1at6:
HEN EGG WHITE LYSOZYME WITH A ISOASPARTATE RESIDUE

PDB-1ed9:
STRUCTURE OF E. COLI ALKALINE PHOSPHATASE WITHOUT THE INORGANIC PHOSPHATE AT 1.75A RESOLUTION

PDB-1eea:
Acetylcholinesterase

PDB-1ee7:
NMR STRUCTURE OF THE PEPTAIBOL CHRYSOSPERMIN C BOUND TO DPC MICELLES

PDB-1bdv:
ARC FV10 COCRYSTAL

PDB-1ee8:
CRYSTAL STRUCTURE OF MUTM (FPG) PROTEIN FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8

PDB-1ee6:
CRYSTAL STRUCTURE OF PECTATE LYASE FROM BACILLUS SP. STRAIN KSM-P15.

PDB-1efa:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF

PDB-1efb:
Unknown entry

PDB-1efc:
INTACT ELONGATION FACTOR FROM E.COLI

PDB-1efd:
PERIPLASMIC FERRIC SIDEROPHORE BINDING PROTEIN FHUD COMPLEXED WITH GALLICHROME

PDB-1efe:
AN ACTIVE MINI-PROINSULIN, M2PI

ChemComp-DBJ:
2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-ylmethanol

PDB-1eff:
Unknown entry

PDB-1aya:
CRYSTAL STRUCTURES OF PEPTIDE COMPLEXES OF THE AMINO-TERMINAL SH2 DOMAIN OF THE SYP TYROSINE PHOSPHATASE

PDB-1efg:
THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP, AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION

PDB-1efp:
ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN (ETF) FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS

PDB-1ehc:
STRUCTURE OF SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CHEY

PDB-1ehd:
CRYSTAL STRUCTURE OF URTICA DIOICA AGGLUTININ ISOLECTIN VI

PDB-1ehe:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYTOCHROME P450NOR AND ITS MUTANTS (SER286 VAL, THR) IN THE FERRIC RESTING STATE AT CRYOGENIC TEMPERATURE: A COMPARATIVE ANALYSIS WITH MONOOXYGENASE CYTOCHROME P450S

ChemComp-53E:
2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid

PDB-1ehf:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYTOCHROME P450NOR AND ITS MUTANTS (SER286 VAL, THR) IN THE FERRIC RESTING STATE AT CRYOGENIC TEMPERATURE: A COMPARATIVE ANALYSIS WITH MONOOXYGENASE CYTOCHROME P450S

PDB-1ehg:
CRYSTAL STRUCTURES OF CYTOCHROME P450NOR AND ITS MUTANTS (SER286 VAL, THR) IN THE FERRIC RESTING STATE AT CRYOGENIC TEMPERATURE: A COMPARATIVE ANALYSIS WITH MONOOXYGENASE CYTOCHROME P450S

ChemComp-M4T:
~{N}-pyridin-3-ylethanamide

PDB-1eho:
Unknown entry

PDB-1ehy:
X-ray structure of the epoxide hydrolase from agrobacterium radiobacter ad1

PDB-1evl:
CRYSTAL STRUCTURE OF A TRUNCATED FORM OF THREONYL-TRNA SYNTHETASE WITH A THREONYL ADENYLATE ANALOG

PDB-1ehq:
Unknown entry

PDB-1erz:
CRYSTAL STRUCTURE OF N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE WITH A NOVEL CATALYTIC FRAMEWORK COMMON TO AMIDOHYDROLASES

PDB-1ehr:
Unknown entry

ChemComp-UUY:
2-[methyl(pyridin-2-yl)amino]ethan-1-ol

PDB-1ehb:
CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT TRYPSIN-SOLUBILIZED FRAGMENT OF CYTOCHROME B5


PDB 未公開エントリ

PDB-1ehp: CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF CAP, DNA AND C-TERMINAL DOMAIN OF ALPHA SUBUNIT OF RNA POLYMERASE FRO E. COLI.


化合物 画像なし

ChemComp-QCF:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli bl21(de3) (大腸菌)
キーワードISOMERASE / cis-trans isomerase / Inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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