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- PDB-1efp: ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN (ETF) FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1efp
タイトルELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN (ETF) FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS
要素(PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / FLAVOPROTEIN / GLUTARIC ACIDEMIA TYPE II
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Electron transfer flavoprotein, beta-subunit, conserved site / Electron transfer flavoprotein subunit alpha, conserved site / Electron transfer flavoprotein alpha-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein beta-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal ...Electron transfer flavoprotein, beta-subunit, conserved site / Electron transfer flavoprotein subunit alpha, conserved site / Electron transfer flavoprotein alpha-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein beta-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain / Electron transfer flavoprotein domain / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Electron transfer flavoprotein subunit alpha / Electron transfer flavoprotein subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Roberts, D.L. / Salazar, D. / Fulmer, J.P. / Frerman, F.E. / Kim, J.J.-P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of Paracoccus denitrificans electron transfer flavoprotein: structural and electrostatic analysis of a conserved flavin binding domain.
著者: Roberts, D.L. / Salazar, D. / Fulmer, J.P. / Frerman, F.E. / Kim, J.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Three-Dimensional Structure of Human Electron Transfer Flavoprotein to 2.1-A Resolution
著者: Roberts, D.L. / Frerman, F.E. / Kim, J.J.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Electron Transfer Flavoproteins from Human and Paracoccus Denitrificans
著者: Roberts, D.L. / Herrick, K.R. / Frerman, F.E. / Kim, J.J.
履歴
登録1998年12月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
B: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
C: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
D: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0648
ポリマ－115,7994
非ポリマー2,2664
水1,820101
1
A: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
B: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0324
ポリマ－57,8992
非ポリマー1,1332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
D: PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0324
ポリマ－57,8992
非ポリマー1,1332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.430, 80.530, 183.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.987, -0.161, 0.009), (-0.159, 0.982, 0.1), (-0.025, 0.098, -0.995)
ベクター: 68.693, -1.56, 133.502)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN) / ETF


分子量: 31192.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD AND AMP COFACTORS ARE NONCOVALENTLY BOUND
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
プラスミド: BLUESCRIPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 ALPHA / 参照: UniProt: P38974
#2: タンパク質 PROTEIN (ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN) / ETF


分子量: 26707.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD AND AMP COFACTORS ARE NONCOVALENTLY BOUND
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
プラスミド: BLUESCRIPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 ALPHA / 参照: UniProt: P38975
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 5.8
詳細: 18% PEG 8000, 25 MM KH2PO4, 100 UM FAD, AND 5 MM MGCL2, FINAL PH = 5.8. THE PROTEIN WAS MIXED WITH SOLUTION IN A 1:1 RATIO (PROTEIN WAS IN 10 MM TRIS, PH 7.4).
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
218 %(w/v)PEG80001reservoir
325 mMpotassium phosphate1reservoir
40.100 mMFAD1reservoir
55 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 28666 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054
反射
*PLUS
Num. measured all: 118452

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EFV

1efv


解像度: 2.6→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.0061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2197 7.5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 28666 87.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8038 0 152 101 8291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.75
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.242
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3395 147 8.3 %
Rwork0.259 1624 -
obs--51.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 7.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.242
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 8.3 % / Rfactor Rwork: 0.259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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